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- PDB-6z52: Crystal structure of CLK3 in complex with macrocycle ODS2003136 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6z52
タイトルCrystal structure of CLK3 in complex with macrocycle ODS2003136
要素Dual specificity protein kinase CLK3
キーワードTRANSFERASE (転移酵素) / kinase (キナーゼ) / kinase inhibitor / clk3 / macrocycle (大員環化合物) / nanocyclic / Structural Genomics (構造ゲノミクス) / Structural Genomics Consortium / SGC
機能・相同性
機能・相同性情報


dual-specificity kinase / intermediate filament cytoskeleton / regulation of RNA splicing / protein serine/threonine/tyrosine kinase activity / acrosomal vesicle / protein tyrosine kinase activity / nuclear speck / protein phosphorylation / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity ...dual-specificity kinase / intermediate filament cytoskeleton / regulation of RNA splicing / protein serine/threonine/tyrosine kinase activity / acrosomal vesicle / protein tyrosine kinase activity / nuclear speck / protein phosphorylation / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / RNA binding / 核質 / ATP binding / 生体膜 / identical protein binding / 細胞核
類似検索 - 分子機能
Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain ...Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
IODIDE ION / Chem-Q8T / Dual specificity protein kinase CLK3
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.12 Å
データ登録者Chaikuad, A. / Benderitter, P. / Hoflack, J. / Denis, A. / Knapp, S. / Structural Genomics Consortium (SGC)
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of CLK3 in complex with macrocycle ODS2003136
著者: Chaikuad, A. / Benderitter, P. / Hoflack, J. / Denis, A. / Knapp, S. / Structural Genomics Consortium (SGC)
履歴
登録2020年5月26日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年6月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月24日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Dual specificity protein kinase CLK3
B: Dual specificity protein kinase CLK3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)88,13332
ポリマ－84,6372
非ポリマー3,49630
水10,359575
1
A: Dual specificity protein kinase CLK3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,06716
ポリマ－42,3181
非ポリマー1,74815
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Dual specificity protein kinase CLK3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,06716
ポリマ－42,3181
非ポリマー1,74815
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)62.168, 116.909, 71.161
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 93.150, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
12A
22B

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Refine code: 4

Dom-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11SERSERGLUGLUAA129 - 2375 - 113
21SERSERGLUGLUBB129 - 2375 - 113
12LEULEUARGARGAA238 - 480114 - 356
22LEULEUARGARGBB238 - 480114 - 356

NCSアンサンブル:
ID
1
2

NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(1), (1), (1)
2given(-0.999999, 7.7E-5, -0.001312), (-8.8E-5, -0.999963, 0.008598), (-0.001311, 0.008598, 0.999962)27.24032, 20.76902, -0.10469
3given(1), (1), (1)
4given(-0.999994, -0.003274, 0.001185), (0.003281, -0.999975, 0.006332), (0.001164, 0.006336, 0.999979)27.303341, 20.725559, -0.04421

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Dual specificity protein kinase CLK3 / CDC-like kinase 3


分子量: 42318.414 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CLK3 / プラスミド: pNIC28-Bsa4 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): -R3-pRARE2 / 参照: UniProt: P49761, dual-specificity kinase

-
非ポリマー , 5種, 605分子

#2: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル / エチレングリコール


分子量: 62.068 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#3: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド / 塩化物


分子量: 35.453 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物
ChemComp-IOD / IODIDE ION / ヨ-ジド / ヨウ化物


分子量: 126.904 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 合成 / 式: I
#5: 化合物 ChemComp-Q8T / 11,15-dimethyl-6-(4-methylpiperazin-1-yl)-8-oxa-2,11,15,19,21,23-hexazatetracyclo[15.6.1.13,7.020,24]pentacosa-1(23),3(25),4,6,17,20(24),21-heptaen-10-one


分子量: 478.590 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C25H34N8O2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 575 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.05 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.68 %
結晶化温度: 277.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 20.0% PEG 3350, 0.20M NaI, 0.1M bis-tris propane pH 7.5, 10.0% ethylene glycol

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04-1 / 波長: 0.92 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年5月9日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.92 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.12→19.87 Å / Num. obs: 55923 / % possible obs: 97.2 % / 冗長度: 3.4 % / Rmerge(I) obs: 0.147 / Rpim(I) all: 0.093 / Rrim(I) all: 0.175 / Net I/av σ(I): 4.4 / Net I/σ(I): 6.3
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique obsRpim(I) allRrim(I) allRsym value% possible all
2.12-2.233.60.653282910.4040.770.65398.8
2.23-2.373.50.4491.778660.280.5310.44998.8
2.37-2.533.40.3442.173270.2180.4090.34498.9
2.53-2.743.10.248366190.1660.2990.24895.7
2.74-33.50.1893.963100.1180.2240.18998.7
3-3.353.50.1295.656750.0810.1530.12998
3.35-3.873.40.0976.849000.0610.1150.09795.9
3.87-4.743.20.0787.741070.0510.0940.07894.9
4.74-6.73.30.0757.931150.0480.090.07593.2
6.7-19.6553.70.0717.817130.0420.0830.07191

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SCALA3.3.20データスケーリング
REFMAC5.6.0117精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
XDSデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2eu9

2eu9


解像度: 2.12→19.58 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.95 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.916 / SU B: 9.587 / SU ML: 0.131 / SU R Cruickshank DPI: 0.1942 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.194 / ESU R Free: 0.177 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: U VALUES : WITH TLS ADDED HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2301 2839 5.1 %RANDOM
Rwork0.1779 ---
obs0.1806 53056 97.13 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 76.79 Å2 / Biso mean: 22.885 Å2 / Biso min: 8.56 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.32 Å20 Å2-0.02 Å2
2--0.35 Å20 Å2
3---0.97 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.12→19.58 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5836 0 130 575 6541
Biso mean--29.07 34.16 -
残基数----708
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0150.0196201
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.024368
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5641.9458367
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.932310565
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.115734
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.39223.458321
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.628151099
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.5791547
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0980.2867
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.027002
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021349
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free22.88159
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded22.963511
Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Auth asym-ID: A / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-ID数タイプRms dev position (Å)Weight position
11511MEDIUM POSITIONAL0.220.5
11511MEDIUM THERMAL1.792
23495MEDIUM POSITIONAL0.210.5
23495MEDIUM THERMAL2.572
LS精密化 シェル解像度: 2.12→2.174 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.389 213 -
Rwork0.277 3858 -
all-4071 -
obs--98.48 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.50870.299-0.01170.41340.19160.3574-0.0566-0.06330.0648-0.1353-0.01320.0502-0.0324-0.01640.06980.0714-0.002-0.01360.0173-0.02280.0422-2.1260.78812.4985
20.44780.1589-0.17050.423-0.21110.5896-0.0071-0.0917-0.0985-0.078-0.0555-0.03270.00220.04320.06270.02010.0112-0.0020.0340.02630.0433.1059-20.28126.0009
30.37250.3508-0.06080.8888-0.14520.1179-0.0195-0.0575-0.0638-0.1381-0.0411-0.03910.02770.03040.06060.03210.017-0.00190.04880.01190.041927.88118.339112.9227
40.39370.05380.00430.2020.30540.57560.0102-0.05130.0975-0.0252-0.04060.0167-0.018-0.00940.03040.01340.0212-0.00320.0458-0.02080.05725.967140.716824.1071
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A129 - 318
2X-RAY DIFFRACTION2A319 - 482
3X-RAY DIFFRACTION3B129 - 298
4X-RAY DIFFRACTION4B299 - 482

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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