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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6yzr | |||||||||
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タイトル | Carborane nido-butyl-sulfonamide in complex with CA II | |||||||||
要素 | Carbonic anhydrase 2炭酸脱水酵素 | |||||||||
キーワード | LYASE (リアーゼ) / CARBONIC ANHYDRASE (炭酸脱水酵素) / CA INHIBITOR | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 positive regulation of cellular pH reduction / positive regulation of dipeptide transmembrane transport / regulation of monoatomic anion transport / 分泌 / cyanamide hydratase / cyanamide hydratase activity / arylesterase activity / regulation of chloride transport / Reversible hydration of carbon dioxide / angiotensin-activated signaling pathway ...positive regulation of cellular pH reduction / positive regulation of dipeptide transmembrane transport / regulation of monoatomic anion transport / 分泌 / cyanamide hydratase / cyanamide hydratase activity / arylesterase activity / regulation of chloride transport / Reversible hydration of carbon dioxide / angiotensin-activated signaling pathway / positive regulation of synaptic transmission, GABAergic / morphogenesis of an epithelium / regulation of intracellular pH / 炭酸脱水酵素 / carbonate dehydratase activity / carbon dioxide transport / Erythrocytes take up oxygen and release carbon dioxide / Erythrocytes take up carbon dioxide and release oxygen / neuron cellular homeostasis / one-carbon metabolic process / apical part of cell / 髄鞘 / extracellular exosome / zinc ion binding / 細胞膜 / 細胞質基質 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | |||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 1.2 Å | |||||||||
データ登録者 | Kugler, M. / Brynda, J. / Pospisilova, K. / Rezacova, P. | |||||||||
資金援助 | チェコ, 2件
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引用 | ジャーナル: J Enzyme Inhib Med Chem / 年: 2020 タイトル: The structural basis for the selectivity of sulfonamido dicarbaboranes toward cancer-associated carbonic anhydrase IX. 著者: Kugler, M. / Holub, J. / Brynda, J. / Pospisilova, K. / Anwar, S.E. / Bavol, D. / Havranek, M. / Kral, V. / Fabry, M. / Gruner, B. / Rezacova, P. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6yzr.cif.gz | 133.9 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6yzr.ent.gz | 103 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6yzr.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yz/6yzr ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yz/6yzr | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 6yzjC 6yzkC 6yzlC 6yzmC 6yznC 6yzoC 6yzpC 6yzqC 6yzsC 6yztC 6yzuC 6yzvC 6yzwC 6yzxC 6z04C 4mdgS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 29289.062 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CA2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P00918, 炭酸脱水酵素 |
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#2: 化合物 | ChemComp-ZN / |
#3: 化合物 | ChemComp-Q3W / |
#4: 水 | ChemComp-HOH / |
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.08 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.79 % |
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結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.8 / 詳細: 1.6 M sodium citrate, 50 mM Tris-H2SO4 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.9184 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年11月15日 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.9184 Å / 相対比: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 1.2→40.9 Å / Num. obs: 74406 / % possible obs: 98.5 % / 冗長度: 4.647 % / Biso Wilson estimate: 16.778 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.047 / Rrim(I) all: 0.054 / Χ2: 0.842 / Net I/σ(I): 15.24 / Num. measured all: 345758 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: フーリエ合成 開始モデル: 4MDG 解像度: 1.2→40.9 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.981 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.972 / SU B: 1.34 / SU ML: 0.027 / SU R Cruickshank DPI: 0.0353 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.035 / ESU R Free: 0.036 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 62.84 Å2 / Biso mean: 17.516 Å2 / Biso min: 6.13 Å2
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精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 1.2→40.9 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.2→1.23 Å / Rfactor Rfree error: 0
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