PDB-6yji: Structure of FgCelDH7C

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6yji

タイトル

Structure of FgCelDH7C

要素

FAD-binding PCMH-type domain-containing protein

キーワード

OXIDOREDUCTASE (酸化還元酵素) / FAD / linking

機能・相同性

機能・相同性情報

FAD binding /

oxidoreductase activity
類似検索 - 分子機能

生物種

Gibberella zeae (ムギノアカカビ病菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.64 Å

データ登録者

Haddad Momeni, M. / Fredslund, F. / Berrin, J.G. / Abou Hachem, M. / Welner, D.H.

資金援助

デンマーク, 1件

引用

ジャーナル: Nat Commun / 年: 2021
タイトル: Discovery of fungal oligosaccharide-oxidising flavo-enzymes with previously unknown substrates, redox-activity profiles and interplay with LPMOs.
著者: Haddad Momeni, M. / Fredslund, F. / Bissaro, B. / Raji, O. / Vuong, T.V. / Meier, S. / Nielsen, T.S. / Lombard, V. / Guigliarelli, B. / Biaso, F. / Haon, M. / Grisel, S. / Henrissat, B. / ...

履歴

登録	2020年4月3日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2021年3月3日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2021年3月31日	Group: Database references / Structure summary / カテゴリ: audit_author / citation / citation_author Item: _audit_author.identifier_ORCID / _audit_author.name ..._audit_author.identifier_ORCID / _audit_author.name / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2021年4月21日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.3	2021年4月28日	Group: Structure summary / カテゴリ: audit_author / Item: _audit_author.name
改定 1.4	2024年1月24日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6yji.cif.gz	686.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6yji.ent.gz	470.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6yji.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yj/6yji ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yj/6yji	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6yjoC 5k8eS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6at4-1 1k3c-d 2ya7-1 4x47-d 6asm-d 1wam-d 6asi-d 4ynu-d 2bvg-1 1aq2-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#117 - 2009年9月キサンチン酸化還元酵素 (Xanthine Oxidoreductase) 類似性 (3) #190 - 2015年10月 2つの要素で構成される検知・応答系 (Two-component Systems) 類似性 (1)

登録構造単位

A: FAD-binding PCMH-type domain-containing protein

B: FAD-binding PCMH-type domain-containing protein

ヘテロ分子

111 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: FAD-binding PCMH-type domain-containing protein

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
55.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: FAD-binding PCMH-type domain-containing protein

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
55.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	96.536, 187.821, 55.447
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁2₁2
Space group name Hall	P22ab
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: x+1/2,-y+1/2,-z #3: -x+1/2,y+1/2,-z #4: -x,-y,z

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質	FAD-binding PCMH-type domain-containing protein 分子量: 53287.961 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Gibberella zeae (strain PH-1 / ATCC MYA-4620 / FGSC 9075 / NRRL 31084) (ムギノアカカビ病菌) 株: PH-1 / ATCC MYA-4620 / FGSC 9075 / NRRL 31084 / 遺伝子: FG08824.1, FGRAMPH1_01T10923 / 発現宿主: Komagataella pastoris (菌類) / 参照: UniProt: I1RWY4

#1: タンパク質

FAD-binding PCMH-type domain-containing protein

分子量: 53287.961 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Gibberella zeae (strain PH-1 / ATCC MYA-4620 / FGSC 9075 / NRRL 31084) (ムギノアカカビ病菌)
株: PH-1 / ATCC MYA-4620 / FGSC 9075 / NRRL 31084 / 遺伝子: FG08824.1, FGRAMPH1_01T10923 / 発現宿主:

Komagataella pastoris (菌類) / 参照: UniProt: I1RWY4

-
糖 , 2種, 6分子

#2: 多糖

2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

タイプ: oligosaccharide

オリゴ糖 / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成

記述子	タイプ	プログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-	Glycam Condensed Sequence	GMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1	WURCS	PDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}	LINUCS	PDB-CARE

#4: 糖

ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン /

N-アセチルグルコサミン

タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₅NO₆

識別子	タイプ	プログラム
DGlcpNAcb	CONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamine	COMMON NAME	GMML 1.0
b-D-GlcpNAc	IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	PDB-CARE 1.0
GlcNAc	SNFG CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0

-
非ポリマー , 7種, 961分子

#3: 化合物	ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FAD / フラビンアデニンジヌクレオチド分子量: 785.550 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₇H₃₃N₉O₁₅P₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: FAD*YM
#5: 化合物	ChemComp-SCN / THIOCYANATE ION / チオシアン酸アニオン / チオシアン酸塩分子量: 58.082 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: CNS
#6: 化合物	ChemComp-1PE / PENTAETHYLENE GLYCOL / PEG400 / ペンタエチレングリコ-ル / ポリエチレングリコール分子量: 238.278 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: C₁₀H₂₂O₆ / コメント: 沈殿剤*YM
#7: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド / 塩化物分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 式: Cl
#8: 化合物	ChemComp-PG4 / TETRAETHYLENE GLYCOL / テトラエチレングリコ-ル / ポリエチレングリコール分子量: 194.226 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 式: C₈H₁₈O₅ / コメント: 沈殿剤*YM
#9: 化合物	ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル / ジエチレングリコール分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: C₄H₁₀O₃
#10: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 946 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.56 Å³/Da / 溶媒含有率: 51.92 %
結晶化	温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: PEG 3350 20% (w/v) Sodium thiocyanate 100 mM / Temp details: Non-controlled room temperature

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: MAX IV / ビームライン: BioMAX / 波長: 0.976253 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年9月25日 / 詳細: KB mirrors
放射	モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.976253 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.64→53.18 Å / Num. obs: 119235 / % possible obs: 95.55 % / 冗長度: 13 % / B_iso Wilson estimate: 22.67 Å² / CC_1/2: 0.996 / CC star: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.1827 / R_pim(I) all: 0.05181 / Net I/σ(I): 6.22
反射シェル	解像度: 1.64→1.699 Å / 冗長度: 10.1 % / R_merge(I) obs: 1.547 / Mean I/σ(I) obs: 1.07 / Num. unique obs: 9035 / CC_1/2: 0.728 / CC star: 0.918 / R_pim(I) all: 0.5036 / % possible all: 73.16

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.17.1_3660	精密化
xia2		データ削減
xia2		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5K8E

5k8e

解像度: 1.64→53.18 Å / SU ML: 0.1826 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 23.7288

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2008	5910	4.97 %
R_work	0.1637	-	-
obs	0.1656	118799	95.43 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 32.36 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.64→53.18 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	7322	0	290	946	8558

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.009	7973
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.0205	10854
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0577	1175
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0069	1384
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.7268	2856

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.64-1.66	0.2264	131	0.2522	2626	X-RAY DIFFRACTION	67.74
1.66-1.68	0.2995	126	0.2504	2832	X-RAY DIFFRACTION	72.01
1.68-1.7	0.2942	161	0.2471	2983	X-RAY DIFFRACTION	77.19
1.7-1.72	0.303	169	0.2491	3207	X-RAY DIFFRACTION	81.43
1.72-1.74	0.2698	150	0.2336	3368	X-RAY DIFFRACTION	86.23
1.74-1.77	0.289	188	0.2289	3662	X-RAY DIFFRACTION	94.16
1.77-1.79	0.2502	228	0.2164	3840	X-RAY DIFFRACTION	97.86
1.79-1.82	0.2775	191	0.2095	3797	X-RAY DIFFRACTION	98.4
1.82-1.85	0.2352	200	0.1975	3874	X-RAY DIFFRACTION	98.52
1.85-1.88	0.2198	208	0.196	3808	X-RAY DIFFRACTION	98.48
1.88-1.91	0.2536	207	0.1853	3873	X-RAY DIFFRACTION	98.53
1.91-1.94	0.2262	204	0.1796	3818	X-RAY DIFFRACTION	98.6
1.94-1.98	0.2179	210	0.1769	3921	X-RAY DIFFRACTION	98.85
1.98-2.02	0.1997	229	0.1766	3823	X-RAY DIFFRACTION	98.93
2.02-2.06	0.2204	190	0.171	3889	X-RAY DIFFRACTION	98.93
2.06-2.11	0.2356	189	0.1763	3894	X-RAY DIFFRACTION	99.25
2.11-2.17	0.1773	187	0.1649	3902	X-RAY DIFFRACTION	99.46
2.17-2.22	0.2009	202	0.1611	3949	X-RAY DIFFRACTION	99.35
2.22-2.29	0.1963	199	0.1605	3889	X-RAY DIFFRACTION	99.49
2.29-2.36	0.213	195	0.1574	3930	X-RAY DIFFRACTION	99.49
2.36-2.45	0.1852	221	0.1525	3896	X-RAY DIFFRACTION	99.71
2.45-2.55	0.2215	217	0.1566	3938	X-RAY DIFFRACTION	99.66
2.55-2.66	0.222	186	0.1547	3973	X-RAY DIFFRACTION	99.81
2.66-2.8	0.202	209	0.1604	3950	X-RAY DIFFRACTION	99.88
2.8-2.98	0.2079	193	0.1658	3959	X-RAY DIFFRACTION	99.9
2.98-3.21	0.2062	202	0.1685	4004	X-RAY DIFFRACTION	99.9
3.21-3.53	0.1972	219	0.1588	3977	X-RAY DIFFRACTION	99.95
3.53-4.04	0.1811	221	0.1423	4030	X-RAY DIFFRACTION	100
4.04-5.09	0.1611	241	0.1276	4061	X-RAY DIFFRACTION	100
5.09-53.18	0.1856	237	0.1696	4216	X-RAY DIFFRACTION	99.6

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.440712712354	-0.172683240245	0.607554443735	0.0655294236759	-0.220042880972	0.917126822267	-0.214414898175	-0.151829410167	0.402471405363	-0.248019297648	-0.133461555965	0.916501435194	-0.343525093164	-0.448132971188	0.0849506499998	0.37094135111	0.100350973172	-0.277036119223	0.291184300086	-0.06352134232	0.818211216543	-41.2923746301	39.8307180961	16.8274488772
2	0.975822212989	0.169620583245	0.237749521077	1.3077348624	0.261411964757	0.455585750118	-0.105726720154	0.0750911059762	0.20462277725	-0.239918700257	-0.0394080998622	0.450282177911	-0.104266002999	-0.062849382372	0.0711609713181	0.20547085572	0.0136727943631	-0.0768843583479	0.176235488854	-0.00556422569391	0.297606688554	-31.3402164019	21.6274834782	17.3217692595
3	1.02050322146	0.533636311305	-0.00581225787026	1.64104031927	-0.865953739444	2.19689426862	-0.109798963584	0.209759683693	0.0272786229362	-0.545548503895	0.0508014138055	0.271407734301	0.017417715902	0.120896907792	0.0339308346856	0.25729189477	0.00152530307537	-0.0647013742415	0.205352682873	-0.0172048287499	0.178373930201	-23.9772668644	18.1982303331	11.7943814632
4	1.00039927374	0.353796095912	0.501786543384	1.90124423739	0.75842704339	1.4320635056	0.0318864182384	-0.245476720562	-0.0743465814553	0.303600418092	-0.075945313745	-0.1540171598	0.104788412908	0.126007328809	0.027902751128	0.326186846795	0.0025894523069	-0.0137841419387	0.270970800382	0.0221006974347	0.164184266399	-10.5560045735	15.7946521754	44.3151735643
5	1.07503738656	0.543043712887	0.375066817996	1.70725152638	0.200425979732	0.796349791661	0.0524518568019	-0.0914914854758	0.0119885098049	0.173371315923	-0.0785700886224	0.117707568555	0.0116583340863	-0.00159842589404	0.0348556859121	0.183163377044	0.0129771399575	0.0297566713275	0.200180522677	-0.00371963929752	0.12957647535	-15.948028528	22.4482722647	35.6512348749
6	3.14240480595	-0.67852796219	1.61356385005	1.49558585987	-0.721947483621	5.09402442792	-0.180491050465	0.343182307576	0.149714713461	-0.438599283631	0.022740750421	0.162710142454	-0.415218115013	0.361666236752	0.161318830203	0.333902493391	-0.0601449288671	-0.053445491228	0.216421745074	0.0332607337954	0.19213718623	-16.1533229724	35.2985813671	11.9596253465
7	2.97951483084	0.702539126966	0.345990877013	2.25577211777	-0.246317142713	1.93460009471	-0.0812005783551	0.251816158465	-0.359121276398	-0.726213112042	0.157733261621	0.261684096456	0.720106579536	-0.459922863207	-0.0838040183554	0.53897607635	-0.0907715499715	-0.0822528656768	0.311216637792	-0.0327242337144	0.302435919229	11.0977252672	-2.10583587223	8.53210067378
8	1.77570197757	0.330779594401	-0.411318879966	1.65179747726	0.404693640004	1.52922128842	-0.00169967172727	0.231326443309	-0.142219279382	-0.20547813492	-0.00171827257704	0.047149476199	0.157405933713	-0.0815389897406	-0.0038480742752	0.238899070033	0.0234439961413	-0.0155346869525	0.188332287879	0.0248381135443	0.189544289862	19.8221070019	9.33859439257	10.9947526707
9	0.657957733929	-0.0808154752099	-0.0690786920009	0.586603559048	0.254445514184	0.669164356596	0.0502598040123	0.00307868631615	0.0795993542842	-0.0531784863313	0.0444891669309	-0.195213962096	-0.0446121513298	0.0840645303593	-0.105949142204	0.176928302085	0.000282382776376	0.0389524156424	0.162473538285	0.0127393669141	0.281224405634	33.6298061249	24.1250566255	25.4649630875
10	0.908981017729	-0.0781050606829	-0.0865579448475	0.669967306688	0.189741695943	0.880801257556	0.0737770635996	0.0484693134215	0.166949971863	-0.120648265026	-0.0214138526425	-0.0875825967307	-0.101997039165	-0.060772324194	-0.0333005222283	0.214736639556	0.0250224361169	0.0242130535095	0.203012034481	0.0481327097875	0.292756785046	16.2303705212	29.5178913629	24.0724872314

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 23 through 72 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 73 through 180 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 181 through 233 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 234 through 261 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 262 through 460 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 461 through 499 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 25 through 52 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 53 through 128 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 129 through 348 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 349 through 499 )

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

-
糖 , 2種, 6分子

-
非ポリマー , 7種, 961分子

-
詳細

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-タンパク質 , 1種, 2分子 AB

-糖 , 2種, 6分子

-非ポリマー , 7種, 961分子

-詳細

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

-
糖 , 2種, 6分子

-
非ポリマー , 7種, 961分子

-
詳細

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)