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- PDB-6wtx: Structure of VcINDY in complex with terephthalate -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6wtx
タイトルStructure of VcINDY in complex with terephthalate
要素DASS family sodium-coupled anion symporter
キーワードTRANSPORT PROTEIN (運搬体タンパク質) / Transporter (運搬体タンパク質) / MEMBRANE PROTEIN (膜タンパク質)
機能・相同性
機能・相同性情報


succinate transmembrane transporter activity / 生体膜 / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
Citrate transporter-like domain / Citrate transporter / Sodium:sulfate symporter transmembrane region / Sodium/sulphate symporter, conserved site / Sodium:sulfate symporter family signature. / Solute carrier family 13
類似検索 - ドメイン・相同性
テレフタル酸 / Transporter, NadC family / Transporter, NadC family
類似検索 - 構成要素
生物種Vibrio cholerae (コレラ菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.92 Å
データ登録者Sauer, D.B. / Marden, J.J. / Wang, D.N.
資金援助 米国, 3件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of Neurological Disorders and Stroke (NIH/NINDS)R01NS108151 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01GM121994 米国
National Institutes of Health/National Institute of Diabetes and Digestive and Kidney Disease (NIH/NIDDK)R01DK099023 米国
引用ジャーナル: Elife / 年: 2020
タイトル: Structural basis for the reaction cycle of DASS dicarboxylate transporters.
著者: David B Sauer / Noah Trebesch / Jennifer J Marden / Nicolette Cocco / Jinmei Song / Akiko Koide / Shohei Koide / Emad Tajkhorshid / Da-Neng Wang /
要旨: Citrate, α-ketoglutarate and succinate are TCA cycle intermediates that also play essential roles in metabolic signaling and cellular regulation. These di- and tricarboxylates are imported into the ...Citrate, α-ketoglutarate and succinate are TCA cycle intermediates that also play essential roles in metabolic signaling and cellular regulation. These di- and tricarboxylates are imported into the cell by the divalent anion sodium symporter (DASS) family of plasma membrane transporters, which contains both cotransporters and exchangers. While DASS proteins transport substrates via an elevator mechanism, to date structures are only available for a single DASS cotransporter protein in a substrate-bound, inward-facing state. We report multiple cryo-EM and X-ray structures in four different states, including three hitherto unseen states, along with molecular dynamics simulations, of both a cotransporter and an exchanger. Comparison of these outward- and inward-facing structures reveal how the transport domain translates and rotates within the framework of the scaffold domain through the transport cycle. Additionally, we propose that DASS transporters ensure substrate coupling by a charge-compensation mechanism, and by structural changes upon substrate release.
履歴
登録2020年5月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年9月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月18日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
C: DASS family sodium-coupled anion symporter
D: DASS family sodium-coupled anion symporter
A: DASS family sodium-coupled anion symporter
B: DASS family sodium-coupled anion symporter
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)193,47816
ポリマ－192,6294
非ポリマー84812
水0
1
C: DASS family sodium-coupled anion symporter
D: DASS family sodium-coupled anion symporter
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)96,7398
ポリマ－96,3152
非ポリマー4246
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
A: DASS family sodium-coupled anion symporter
B: DASS family sodium-coupled anion symporter
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)96,7398
ポリマ－96,3152
非ポリマー4246
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)108.458, 103.062, 174.447
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 95.848, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
Space group name HallP2yb
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y+1/2,-z
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
d_1ens_1chain "A"
d_2ens_1(chain "B" and resid 18 through 462)
d_3ens_1(chain "C" and resid 18 through 462)
d_4ens_1(chain "D" and resid 18 through 462)

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDBeg label comp-IDEnd label comp-IDLabel asym-IDLabel seq-ID
d_11ens_1LEUGLNE1 - 445
d_21ens_1LEUGLNF1 - 445
d_31ens_1LEUGLNA1 - 445
d_41ens_1LEUGLNC1 - 445

NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(0.17881747953, -0.26769583762, -0.946764620978), (-0.263848609377, -0.940074780717, 0.215970641501), (-0.947843985234, 0.211183202886, -0.238732977349)-74.3699631073, -48.9424476476, -78.903405897
2given(-0.967565221173, -0.0128845403398, 0.252292551213), (-0.0135317278167, 0.999908097267, -0.000830278188599), (-0.252258667085, -0.00421730243238, -0.967650649377)-24.1344537603, 22.4611615268, -81.8146948528
3given(-0.408632630453, 0.323667314057, 0.853380831247), (-0.262338623631, -0.937204036619, 0.229841337221), (0.874184088096, -0.129954082487, 0.467882588439)28.4875520169, -25.3625225035, 13.5106053603

-
要素

#1: タンパク質
DASS family sodium-coupled anion symporter / Transporter / NadC family


分子量: 48157.359 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Vibrio cholerae (コレラ菌) / 遺伝子: VC0395_0108, GG844_00510 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A0H3AG83, UniProt: Q9KNE0*PLUS
#2: 化合物
ChemComp-UB7 / terephthalic acid / benzene-1,4-dicarboxylic acid / テレフタル酸 / テレフタル酸


分子量: 166.131 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H6O4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物
ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 5.04 Å3/Da / 溶媒含有率: 75.57 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 / 詳細: 30% PEG 550, 100mM Tris pH 8.0, 50mM NaCl

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.2 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年11月2日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.9→50 Å / Num. obs: 33199 / % possible obs: 97.4 % / 冗長度: 4.4 % / Biso Wilson estimate: 7.1 Å2 / Rsym value: 0.112 / Net I/σ(I): 13.3
反射 シェル解像度: 3.9→3.97 Å / Num. unique obs: 1665 / CC1/2: 0.814

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.18_3855精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5ul9

5ul9


解像度: 3.92→47.8 Å / SU ML: 0.5189 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 30.1207
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3084 2000 6.98 %
Rwork0.2902 26638 -
obs0.2915 28638 82.4 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 5.64 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.92→47.8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数13372 0 56 0 13428
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.005913736
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.16618728
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.06652320
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.01032268
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d6.07351824
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-IDRefine-IDタイプRms dev position (Å)
ens_1d_2BX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.347817121648
ens_1d_3CX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.251664234019
ens_1d_4DX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.30342712955
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.92-4.010.4453820.3531082X-RAY DIFFRACTION46.97
4.01-4.120.33071030.32571390X-RAY DIFFRACTION60.99
4.12-4.240.35751140.31251517X-RAY DIFFRACTION66.41
4.24-4.380.33341240.29931660X-RAY DIFFRACTION72.64
4.38-4.540.29011350.29181788X-RAY DIFFRACTION77.76
4.54-4.720.30331430.28671913X-RAY DIFFRACTION82.64
4.72-4.930.3011510.27592006X-RAY DIFFRACTION87.79
4.93-5.190.30581570.29292099X-RAY DIFFRACTION91.04
5.19-5.520.30341670.30082225X-RAY DIFFRACTION97
5.52-5.940.31511730.31192295X-RAY DIFFRACTION99.52
5.94-6.540.34751720.28542300X-RAY DIFFRACTION99.56
6.54-7.480.2441730.26332303X-RAY DIFFRACTION98.92
7.49-9.420.22541590.21322118X-RAY DIFFRACTION90.75
9.42-47.80.29891470.29231942X-RAY DIFFRACTION81.28

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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