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- PDB-6v9l: Expanding the Chemical Landscape of SOS1 Activators Using Fragmen... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6v9l
タイトルExpanding the Chemical Landscape of SOS1 Activators Using Fragment Based Methods
要素
  • (GTPase HRasHRAS) x 2
  • Son of sevenless homolog 1
キーワードSIGNALING PROTEIN / Ras / SOS / inhibitor (酵素阻害剤) / ONCOPROTEIN (がん遺伝子) / Protein-protein complex / MAPK
機能・相同性
機能・相同性情報


midbrain morphogenesis / regulation of pro-B cell differentiation / vitellogenesis / pericardium morphogenesis / cardiac atrium morphogenesis / heart trabecula morphogenesis / regulation of T cell differentiation in thymus / GTPase complex / positive regulation of small GTPase mediated signal transduction / Interleukin-15 signaling ...midbrain morphogenesis / regulation of pro-B cell differentiation / vitellogenesis / pericardium morphogenesis / cardiac atrium morphogenesis / heart trabecula morphogenesis / regulation of T cell differentiation in thymus / GTPase complex / positive regulation of small GTPase mediated signal transduction / Interleukin-15 signaling / Activation of RAC1 / oncogene-induced cell senescence / positive regulation of ruffle assembly / blood vessel morphogenesis / regulation of neurotransmitter receptor localization to postsynaptic specialization membrane / negative regulation of GTPase activity / positive regulation of miRNA metabolic process / positive regulation of epidermal growth factor receptor signaling pathway / T-helper 1 type immune response / Regulation of KIT signaling / epidermal growth factor receptor binding / positive regulation of wound healing / leukocyte migration / NRAGE signals death through JNK / regulation of T cell proliferation / roof of mouth development / eyelid development in camera-type eye / defense response to protozoan / Fc-epsilon receptor signaling pathway / Signaling by RAS GAP mutants / Signaling by RAS GTPase mutants / Activation of RAS in B cells / neurotrophin TRK receptor signaling pathway / GRB2:SOS provides linkage to MAPK signaling for Integrins / B cell homeostasis / RAS signaling downstream of NF1 loss-of-function variants / positive regulation of protein targeting to membrane / SOS-mediated signalling / RET signaling / Activated NTRK3 signals through RAS / Activated NTRK2 signals through RAS / hair follicle development / SHC1 events in ERBB4 signaling / Signalling to RAS / fibroblast growth factor receptor signaling pathway / SHC-related events triggered by IGF1R / Activated NTRK2 signals through FRS2 and FRS3 / Role of LAT2/NTAL/LAB on calcium mobilization / adipose tissue development / Signal attenuation / Estrogen-stimulated signaling through PRKCZ / Interleukin receptor SHC signaling / SHC-mediated cascade:FGFR3 / MET activates RAS signaling / positive regulation of phospholipase C activity / PTK6 Regulates RHO GTPases, RAS GTPase and MAP kinases / Schwann cell development / Signaling by PDGFRA transmembrane, juxtamembrane and kinase domain mutants / Signaling by PDGFRA extracellular domain mutants / SHC-mediated cascade:FGFR2 / SHC-mediated cascade:FGFR4 / Signaling by FGFR4 in disease / SHC-mediated cascade:FGFR1 / Erythropoietin activates RAS / protein-membrane adaptor activity / FRS-mediated FGFR3 signaling / Signaling by FLT3 ITD and TKD mutants / FRS-mediated FGFR2 signaling / FRS-mediated FGFR4 signaling / Signaling by FGFR3 in disease / FRS-mediated FGFR1 signaling / p38MAPK events / Tie2 Signaling / Signaling by FGFR2 in disease / GRB2 events in EGFR signaling / EPHB-mediated forward signaling / RAC1 GTPase cycle / SHC1 events in EGFR signaling / EGFR Transactivation by Gastrin / 髄鞘 / Signaling by FLT3 fusion proteins / FLT3 Signaling / Ras activation upon Ca2+ influx through NMDA receptor / GRB2 events in ERBB2 signaling / Signaling by FGFR1 in disease / NCAM signaling for neurite out-growth / CD209 (DC-SIGN) signaling / GTPase activator activity / SHC1 events in ERBB2 signaling / molecular condensate scaffold activity / Downstream signal transduction / Constitutive Signaling by Overexpressed ERBB2 / FCERI mediated Ca+2 mobilization / Insulin receptor signalling cascade / intrinsic apoptotic signaling pathway / guanyl-nucleotide exchange factor activity / 低分子量GTPアーゼ / insulin-like growth factor receptor signaling pathway / G protein activity / Signaling by phosphorylated juxtamembrane, extracellular and kinase domain KIT mutants
類似検索 - 分子機能
Ras guanine-nucleotide exchange factor, conserved site / Ras Guanine-nucleotide exchange factors domain signature. / RasGEF N-terminal motif / Guanine nucleotide exchange factor for Ras-like GTPases; N-terminal motif / Ras-like guanine nucleotide exchange factor, N-terminal / Ras guanine-nucleotide exchange factors N-terminal domain profile. / Ras-like guanine nucleotide exchange factor / Ras guanine-nucleotide exchange factor, catalytic domain superfamily / Ras guanine nucleotide exchange factor domain superfamily / RasGEF domain ...Ras guanine-nucleotide exchange factor, conserved site / Ras Guanine-nucleotide exchange factors domain signature. / RasGEF N-terminal motif / Guanine nucleotide exchange factor for Ras-like GTPases; N-terminal motif / Ras-like guanine nucleotide exchange factor, N-terminal / Ras guanine-nucleotide exchange factors N-terminal domain profile. / Ras-like guanine nucleotide exchange factor / Ras guanine-nucleotide exchange factor, catalytic domain superfamily / Ras guanine nucleotide exchange factor domain superfamily / RasGEF domain / Ras guanine-nucleotide exchange factors catalytic domain profile. / Guanine nucleotide exchange factor for Ras-like small GTPases / Ras guanine-nucleotide exchange factors catalytic domain / Dbl homology (DH) domain superfamily / RhoGEF domain / Guanine nucleotide exchange factor for Rho/Rac/Cdc42-like GTPases / Dbl homology (DH) domain / Dbl homology (DH) domain profile. / Small GTPase, Ras-type / small GTPase Ras family profile. / PH domain / PH domain profile. / Pleckstrin homology domain. / Pleckstrin homology domain / Rho (Ras homology) subfamily of Ras-like small GTPases / Ras subfamily of RAS small GTPases / 低分子量GTPアーゼ / 低分子量GTPアーゼ / Rab subfamily of small GTPases / Histone-fold / Small GTP-binding protein domain / PH-like domain superfamily / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
酢酸塩 / ギ酸 / PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER / 4-(3-chloro-4-fluorophenoxy)benzene-1-sulfonamide / GTPase HRas / Son of sevenless homolog 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.698 Å
データ登録者Phan, J. / Fesik, S.W.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
Lustgarten Foundation 米国
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2020
タイトル: Discovery of Sulfonamide-Derived Agonists of SOS1-Mediated Nucleotide Exchange on RAS Using Fragment-Based Methods.
著者: Sarkar, D. / Olejniczak, E.T. / Phan, J. / Coker, J.A. / Sai, J. / Arnold, A. / Beesetty, Y. / Waterson, A.G. / Fesik, S.W.
履歴
登録2019年12月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年8月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月11日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.22023年11月15日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: GTPase HRas
B: Son of sevenless homolog 1
C: GTPase HRas
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)95,76916
ポリマ－94,3783
非ポリマー1,39113
水19,7621097
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area9050 Å2
ΔGint-39 kcal/mol
Surface area35510 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)183.383, 183.383, 178.069
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number97
Space group name H-MI422
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-2800-

HOH

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要素

-
タンパク質 , 3種, 3分子 ABC

#1: タンパク質 GTPase HRas / HRAS / H-Ras-1 / Ha-Ras / Transforming protein p21 / c-H-ras / p21ras


分子量: 18856.146 Da / 分子数: 1 / 変異: Y64A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: HRAS, HRAS1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P01112
#2: タンパク質 Son of sevenless homolog 1 / SOS-1


分子量: 56589.781 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SOS1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q07889
#3: タンパク質 GTPase HRas / HRAS / H-Ras-1 / Ha-Ras / Transforming protein p21 / c-H-ras / p21ras


分子量: 18932.242 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: HRAS, HRAS1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P01112

-
非ポリマー , 8種, 1110分子

#4: 化合物 ChemComp-GNP / PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER / Gpp(NH)p / 5'-Guanylyl imidodiphosphate


分子量: 522.196 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H17N6O13P3
コメント: GppNHp, GMPPNP, エネルギー貯蔵分子類似体*YM
#5: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#6: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン / 酢酸塩


分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#7: 化合物 ChemComp-QTJ / 4-(3-chloro-4-fluorophenoxy)benzene-1-sulfonamide


分子量: 301.721 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C12H9ClFNO3S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#8: 化合物
ChemComp-FMT / FORMIC ACID / ギ酸 / ギ酸


分子量: 46.025 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: CH2O2
#9: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル / グリセリン


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#10: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#11: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1097 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.97 Å3/Da / 溶媒含有率: 68.98 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4 / 詳細: 0.1 M sodium acetate, 2.0 M sodium formate, pH 4.0

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.98 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2019年3月9日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.698→50 Å / Num. obs: 164982 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 14.8 % / Rmerge(I) obs: 0.102 / Rpim(I) all: 0.027 / Rrim(I) all: 0.106 / Χ2: 1.05 / Net I/σ(I): 7.3
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
1.7-1.7314.40.95182040.8580.2590.9861.033100
1.73-1.7614.40.82581320.8890.2250.8551.072100
1.76-1.7914.50.71681740.9070.1940.7421.08100
1.79-1.8314.60.60782080.9370.1640.6291.09100
1.83-1.8714.60.53481660.9520.1440.5531.064100
1.87-1.9114.70.4681800.9620.1240.4761.079100
1.91-1.9614.70.38981950.9720.1050.4031.057100
1.96-2.0214.80.32981880.9770.0880.341.039100
2.02-2.0714.80.28781970.9820.0770.2971.087100
2.07-2.1414.90.24281920.9860.0650.251.02100
2.14-2.22150.20482540.9890.0540.2111.008100
2.22-2.31150.17481980.9930.0460.181.054100
2.31-2.41150.14682430.9940.0390.1511.048100
2.41-2.54150.12582330.9960.0330.1290.993100
2.54-2.7150.11682450.9960.0310.121.06100
2.7-2.91150.10282770.9970.0270.1061.052100
2.91-3.2150.07983170.9980.0210.0811.086100
3.2-3.66150.05983330.9990.0160.0611.021100
3.66-4.61150.04483870.9990.0120.0451.024100
4.61-5.65614.40.0486590.9990.0110.0411.03499.8

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHENIX1.14_3260精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4NYI

4nyi


解像度: 1.698→42.584 Å / SU ML: 0.17 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 16.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1755 2015 1.22 %
Rwork0.1581 --
obs0.1583 164968 99.91 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 90.13 Å2 / Biso mean: 25.4866 Å2 / Biso min: 6.98 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.698→42.584 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6534 0 87 1102 7723
Biso mean--30.12 39.36 -
残基数----802
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
1.698-1.74040.26981450.22961142399
1.7404-1.78750.2241460.206911561100
1.7875-1.84010.1711340.17111541100
1.8401-1.89950.18471500.173311521100
1.8995-1.96740.20441430.1711600100
1.9674-2.04610.1881450.167511558100
2.0461-2.13930.19531350.161611570100
2.1393-2.2520.16461480.156211616100
2.252-2.39310.18161430.157211618100
2.3931-2.57790.19471400.160611661100
2.5779-2.83730.17651430.165611635100
2.8373-3.24770.16771430.157111712100
3.2477-4.09120.14361480.137211800100
4.0912-4.93470.17221520.147512137100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.02170.01460.02860.01170.00390.01880.10430.0109-0.04330.08760.00960.00340.08460.055-00.14180.0056-0.00750.1559-0.02720.156130.857145.680262.9939
20.0527-0.026-0.01140.01510.00150.00640.01220.01430.0317-0.0382-0.01970.14490.0462-0.1355-00.1348-0.03620.01250.1628-0.01330.161214.760851.900161.6693
30.04120.00790.08840.01990.01070.07690.0044-0.15990.0290.0790.0353-0.0308-0.05660.1275-00.1516-0.04650.01450.1827-0.01410.143529.22245.122456.373
40.0406-0.01080.04190.0123-0.00420.02650.0352-0.0993-0.16020.1113-0.08220.09480.05420.0072-00.1985-0.04970.03570.20190.00260.161619.773547.156872.3189
50.0063-0.0033-0.01010.0094-0.0080.00430.1496-0.0604-0.0116-0.02470.00440.01280.1442-0.07270.00010.4108-0.06040.01090.29860.04410.250326.921944.1575.9581
60.02490.0386-0.00070.0238-0.00720.04210.0556-0.08550.04330.1124-0.01690.06570.00170.081700.1471-0.01470.01050.1385-0.02550.155924.280256.888968.9149
70.0088-0.0020.02960.01950.01320.01410.078-0.3750.15780.2782-0.0339-0.0094-0.04380.010800.2037-0.0510.02480.2409-0.02630.128226.295756.528378.3843
80.02850.0354-0.02420.0370.00780.01920.1041-0.17310.07960.06080.02440.0504-0.05990.0626-00.1515-0.04070.00070.1869-0.0390.137232.758355.682571.0525
90.06970.1426-0.09850.1077-0.08480.07140.0728-0.0090.1745-0.0227-0.01220.0918-0.14340.075-00.1775-0.02730.03110.145-0.02150.20424.38565.951665.4675
100.0229-0.0268-0.03190.0032-0.00060.03060.07730.06950.06470.019-0.0953-0.0722-0.06770.0882-00.1559-0.0530.01740.1741-0.01250.140234.239554.077660.4094
110.081-0.1876-0.17520.17020.09590.2815-0.0135-0.01830.02690.02440.026-0.00340.01360.089700.1442-0.01860.00070.14640.00640.113915.415630.530979.5827
120.12910.1179-0.0914-0.0315-0.05720.46260.0038-0.00330.013-0.01250.00060.0336-0.0591-0.05810.00020.1025-0.0070.00290.11880.00470.12129.306840.114648.7946
130.19440.0298-0.11250.2457-0.1120.7208-0.03630.02980.0012-0.02870.0215-0.02830.0230.0504-0.00450.0734-0.02190.01140.0794-0.00570.078223.967233.05431.8949
140.0044-0.03750.03420.1163-0.0430.0294-0.10920.04290.13780.11920.0538-0.15540.02070.0051-00.12440.0226-0.00090.1250.0020.216331.47512.104141.5156
150.05710.0410.02890.02850.0110.01420.10030.0166-0.18270.11040.11720.01780.21590.06410.00920.33750.0725-0.19570.11020.14140.516632.062712.6255.5943
160.00530.0171-0.04080.0087-0.01630.0144-0.0252-0.07260.00190.0408-0.1608-0.1704-0.17680.1678-0.00010.25980.0584-0.09780.28270.02570.438739.94414.156945.75
170.02180.03340.08580.13160.08180.0682-0.0302-0.0038-0.0621-0.0341-0.0538-0.18280.00290.0113-0.00470.11860.00450.01750.10770.020.186629.390818.961336.0016
180.0305-0.023-0.05510.2432-0.01950.03190.08590.0445-0.0063-0.1438-0.03660.03670.0490.035700.1420.02350.02010.11940.00260.144523.27588.700631.4972
190.01050.00130.00190.0077-0.00510.009-0.0022-0.1436-0.02930.09440.04930.0220.028-0.095900.1575-0.00280.02850.1645-0.02780.311813.78610.549844.3181
200.0937-0.1880.04370.3305-0.050.0250.0557-0.0268-0.0033-0.069-0.0659-0.08780.10780.00740.00040.15240.03080.0130.1303-0.01070.170629.34460.87136.9609
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 1 through 10 )A1 - 10
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 11 through 36 )A11 - 36
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 37 through 52 )A37 - 52
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 53 through 67 )A53 - 67
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 68 through 74 )A68 - 74
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 75 through 86 )A75 - 86
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 87 through 104 )A87 - 104
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'A' and (resid 105 through 116 )A105 - 116
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'A' and (resid 117 through 151 )A117 - 151
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'A' and (resid 152 through 166 )A152 - 166
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 565 through 699 )B565 - 699
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'B' and (resid 700 through 818 )B700 - 818
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'B' and (resid 819 through 1046 )B819 - 1046
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'C' and (resid 0 through 24 )C0 - 24
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'C' and (resid 25 through 34 )C25 - 34
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'C' and (resid 35 through 48 )C35 - 48
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'C' and (resid 49 through 74 )C49 - 74
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'C' and (resid 75 through 117 )C75 - 117
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'C' and (resid 118 through 126 )C118 - 126
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'C' and (resid 127 through 166 )C127 - 166

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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