PDB-6u45: Crystal structure of Methanoperedens nitroreducens elongation fac...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6u45

タイトル

Crystal structure of Methanoperedens nitroreducens elongation factor 2 bound to GMPPCP and magnesium

要素

Elongation factor 2

EEF2

キーワード

TRANSLATION (翻訳 (生物学)) /

GTPase (GTPアーゼ) / ribosomal translocase / elongation

機能・相同性

機能・相同性情報

translation elongation factor activity /

GTPase activity / GTP binding /

細胞質
類似検索 - 分子機能

生物種

Candidatus Methanoperedens nitroreducens (古細菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.35 Å

データ登録者

Fenwick, M.K. / Ealick, S.E.

引用

ジャーナル: Curr Res Struct Biol / 年: 2020
タイトル: Structural basis of elongation factor 2 switching
著者: Fenwick, M.K. / Ealick, S.E.

履歴

登録	2019年8月22日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2020年3月18日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年3月13日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id
改定 1.2	2024年4月3日	Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6u45.cif.gz	581.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6u45.ent.gz	476.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6u45.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/u4/6u45 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/u4/6u45	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6u43C 6u44C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6u43-d 6d8f-1 6d95-1 5hlp-d 6u44-2 6gjo-d 5t98-1 4ypj-2 4qhp-d 5uzp-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#81 - 2006年9月伸長因子 (Elongation Factors) 類似性 (16) #121 - 2010年1月 70Sリボソーム (70S Ribosomes) 類似性 (16) #245 - 2020年5月スプライソソーム (Spliceosomes) 類似性 (12) #104 - 2008年8月セレノシステイン合成酵素 (Selenocysteine Synthase) 類似性 (5) #157 - 2013年1月転移伝令RNA (Transfer-Messenger RNA) 類似性 (7)

登録構造単位

A: Elongation factor 2

B: Elongation factor 2

ヘテロ分子

163 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Elongation factor 2

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
81.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Elongation factor 2

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
81.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	93.699, 134.375, 150.485
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Elongation factor 2 / EEF2 / EF-2 分子量: 80840.562 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Candidatus Methanoperedens nitroreducens (古細菌) 遺伝子: fusA, ANME2D_00299 / プラスミド: pET-28a / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A062V290
#2: 化合物	ChemComp-GCP / PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID GUANYLATE ESTER / グアニリルメチレンジホスホン酸分子量: 521.208 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₁H₁₈N₅O₁₃P₃ コメント: GMP-PCP, エネルギー貯蔵分子類似体*YM
#3: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド / 塩化物分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 580 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3 Å³/Da / 溶媒含有率: 58.98 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 100 mM HEPES or imidazole, pH 8.3, 200 mM sodium malonate, 16-18 % (w/v) PEG4000, 9 mM GppCp, and 15 mM MgCl2

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.9791 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年2月20日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9791 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.35→150.5 Å / Num. obs: 79562 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 10.3 % / CC_1/2: 0.998 / R_merge(I) obs: 0.072 / Net I/σ(I): 15
反射シェル	解像度: 2.35→2.4 Å / R_merge(I) obs: 0.715 / Mean I/σ(I) obs: 1.2 / Num. unique obs: 4201 / CC_1/2: 0.715

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.14_3211	精密化
PDB_EXTRACT	3.22	データ抽出
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: Methanoperedens nitroreducens elongation factor 2 H595N (triclinic crystal form)

解像度: 2.35→100.231 Å / SU ML: 0.36 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 27.26

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2244	3993	5.03 %
R_work	0.1684	-	-
obs	0.1713	79362	99.53 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso max: 175.84 Å² / B_iso mean: 71.3992 Å² / B_iso min: 30.38 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.35→100.231 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	10917	0	68	580	11565
B_iso mean	-	-	51.94	71.11	-
残基数	-	-	-	-	1429

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.35-2.3777	0.4212	119	0.3738	2415	X-RAY DIFFRACTION	93
2.3777-2.4067	0.3506	148	0.3157	2505	X-RAY DIFFRACTION	97
2.4067-2.4371	0.369	144	0.2756	2546	X-RAY DIFFRACTION	99
2.4371-2.4692	0.3318	136	0.2652	2562	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4692-2.503	0.3007	137	0.2478	2582	X-RAY DIFFRACTION	100
2.503-2.5388	0.278	136	0.2355	2570	X-RAY DIFFRACTION	99
2.5388-2.5767	0.3201	137	0.2267	2552	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5767-2.617	0.3186	149	0.2351	2596	X-RAY DIFFRACTION	100
2.617-2.6599	0.335	130	0.2304	2564	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6599-2.7057	0.3203	122	0.2229	2599	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7057-2.7549	0.3094	123	0.2239	2609	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7549-2.8079	0.2964	130	0.2298	2593	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8079-2.8653	0.2996	144	0.217	2570	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8653-2.9276	0.2686	130	0.215	2635	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9276-2.9957	0.2754	122	0.2092	2585	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9957-3.0706	0.2907	137	0.2164	2581	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0706-3.1536	0.3053	146	0.2147	2602	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1536-3.2464	0.2466	124	0.196	2614	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2464-3.3512	0.2774	144	0.1969	2615	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3512-3.471	0.2389	132	0.1825	2613	X-RAY DIFFRACTION	100
3.471-3.61	0.2277	145	0.1789	2587	X-RAY DIFFRACTION	100
3.61-3.7743	0.236	143	0.1643	2611	X-RAY DIFFRACTION	100
3.7743-3.9733	0.2465	131	0.1526	2626	X-RAY DIFFRACTION	100
3.9733-4.2222	0.1865	136	0.1349	2634	X-RAY DIFFRACTION	100
4.2222-4.5482	0.1686	150	0.1206	2615	X-RAY DIFFRACTION	100
4.5482-5.0059	0.1816	123	0.1112	2673	X-RAY DIFFRACTION	100
5.0059-5.7302	0.1687	152	0.1291	2643	X-RAY DIFFRACTION	100
5.7302-7.2192	0.2066	164	0.1579	2676	X-RAY DIFFRACTION	100
7.2192-100.231	0.1676	159	0.1466	2796	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.7736	0.2235	-0.3575	1.2115	-0.2899	2.4758	-0.0734	0.0756	-0.0592	-0.0046	0.0279	0.15	0.2324	-0.176	0.0507	0.426	0.0601	0.0208	0.4237	-0.0471	0.4354	3.1596	6.1876	6.7154
2	1.6767	-0.2966	-0.5933	2.3935	0.9352	2.5989	-0.1489	-0.0756	-0.3878	-0.2291	0.0111	-0.2324	0.3023	0.3114	0.1778	0.3832	0.069	0.0699	0.3916	0.0406	0.4987	41.2099	-29.633	23.1164
3	1.7783	0.0077	0.993	1.6179	0.5998	4.7068	-0.0562	0.2785	-0.0675	-0.1724	0.0452	-0.0447	-0.5584	0.2803	0.0268	0.3925	0.0443	-0.0305	0.3906	0.0228	0.3838	33.9703	-3.9496	6.9414
4	3.7824	-0.5784	-0.0346	3.0965	-0.1979	3.859	-0.1225	-0.7428	0.4146	0.3212	0.1069	-0.1461	-0.5683	0.2983	0.0152	0.6604	0.0603	0.0455	0.5711	-0.1191	0.4347	6.437	31.4623	33.4117
5	2.7934	0.567	-0.6837	2.8401	-0.2638	2.6865	0.1048	0.2937	0.4722	-0.2896	-0.0535	0.0688	-0.8331	-0.3373	-0.0382	0.7468	0.14	0.0851	0.467	0.0251	0.4804	-3.6247	33.9353	9.7467

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 400 through 728 )	A	400 - 728
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'B' and (resid 4 through 450 )	B	4 - 450
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'B' and (resid 451 through 728 )	B	451 - 728
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 3 through 254 )	A	3 - 254
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 255 through 399 )	A	255 - 399

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