PDB-6tg4: Tankyrase 2 in complex with an inhibitor (OM-1700)

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6tg4

タイトル

Tankyrase 2 in complex with an inhibitor (OM-1700)

要素

Tankyrase-2

キーワード

TRANSFERASE (転移酵素) / Inhibitor /

Complex /

Poly-ADP-ribosylation (ADPリボース化) /

Enzyme (酵素)

機能・相同性

機能・相同性情報

XAV939 stabilizes AXIN /

NAD+ ADP-ribosyltransferase / protein localization to chromosome, telomeric region / negative regulation of telomere maintenance via telomere lengthening / protein auto-ADP-ribosylation / protein poly-ADP-ribosylation /

中心体マトリックス / positive regulation of telomere capping / NAD+-protein ADP-ribosyltransferase activity /

NAD+ ADP-ribosyltransferase activity ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.76 Å

データ登録者

Sowa, S.T. / Lehtio, L.

資金援助

フィンランド, 2件

引用

ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2020
タイトル: Preclinical Lead Optimization of a 1,2,4-Triazole Based Tankyrase Inhibitor.
著者: Waaler, J. / Leenders, R.G.G. / Sowa, S.T. / Alam Brinch, S. / Lycke, M. / Nieczypor, P. / Aertssen, S. / Murthy, S. / Galera-Prat, A. / Damen, E. / Wegert, A. / Nazare, M. / Lehtio, L. / Krauss, S.

履歴

登録	2019年11月15日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2020年7月8日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2020年7月22日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 2.0	2024年1月24日	Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Source and taxonomy / Structure summary カテゴリ: atom_site / atom_type ...atom_site / atom_type / chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / entity / entity_src_gen / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_initial_refinement_model Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.type_symbol / _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z / _chem_comp.name / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _entity.pdbx_description / _entity_src_gen.gene_src_common_name / _pdbx_entity_nonpoly.name

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6tg4.cif.gz	173.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6tg4.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6tg4.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tg/6tg4 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tg/6tg4	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6tkmC 6tknC 6tkpC 6tkqC 6tkrC 6tksC 5nobS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6tkn-2 4aw8-d 5al5-1 5nob-2 4kzu-1 5aku-1 6tkp-1 4m7b-1 5nut-1 3ua9-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#250 - 2020年10月カプサイシン受容体TRPV1 (Capsaicin Receptor TRPV1) 類似性 (1) #60 - 2004年12月ユビキチン (Ubiquitin) 類似性 (1) #223 - 2018年7月ピエゾ1機械受容チャネル (Piezo1 Mechanosensitive Channel) 類似性 (1) #234 - 2019年6月 MDM2とがん (MDM2 and Cancer) 類似性 (1)

登録構造単位

AAA: Tankyrase-2

BBB: Tankyrase-2

ヘテロ分子

55.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

AAA: Tankyrase-2

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration, Based on gel filtration this runs as a monomer in solution.
27.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

BBB: Tankyrase-2

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
27.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	42.680, 77.900, 149.520
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン: (詳細: Chains A B)

#1: タンパク質	Tankyrase-2 / / TANK2 / ADP-ribosyltransferase diphtheria toxin-like 6 / ARTD6 / Poly [ADP-ribose] polymerase 5B / ...TANK2 / ADP-ribosyltransferase diphtheria toxin-like 6 / ARTD6 / Poly [ADP-ribose] polymerase 5B / TNKS-2 / TRF1-interacting ankyrin-related ADP-ribose polymerase 2 / Tankyrase II / Tankyrase-like protein / Tankyrase-related protein 分子量: 27299.764 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TNKS2, PARP5B, TANK2, TNKL / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: Q9H2K2, NAD+ ADP-ribosyltransferase, 転移酵素; グリコシル基を移すもの; 五炭糖残基を移すもの
#2: 化合物	ChemComp-N8K / N-[3-[5-(5-ethoxypyridin-2-yl)-4-(2-fluorophenyl)-1,2,4-triazol-3-yl]cyclobutyl]pyridine-2-carboxamide 分子量: 458.488 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₅H₂₃FN₆O₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 35 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.28 Å³/Da / 溶媒含有率: 45.96 %
結晶化	温度: 295.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 7.5-25% PEG 6000, Bicine, pH = 9.0

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID30B / 波長: 0.9677 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年4月9日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9677 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.76→50 Å / Num. obs: 13394 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 6.16164 % / CC_1/2: 0.979 / Net I/σ(I): 5.33
反射シェル	解像度: 2.76→2.83 Å / Num. unique obs: 978 / CC_1/2: 0.498

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0257	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5NOB

5nob

解像度: 2.76→37.458 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.917 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.877 / WR_factor R_free: 0.243 / WR_factor R_work: 0.2 / SU B: 19.448 / SU ML: 0.353 / Average fsc free: 0.8506 / Average fsc work: 0.8687 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R Free: 0.406 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2809	670	5.002 %
R_work	0.2296	12724	-
all	0.232	-	-
obs	-	13394	99.495 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 44.877 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.391 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	2.608 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-3 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.76→37.458 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3250	0	70	35	3355

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.005	0.013	3410
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.018	2985
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.388	1.675	4595
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.207	1.601	6905
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.264	5	401
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	30.7	20.98	204
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	17.208	15	545
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	20.997	15	28
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.054	0.2	411
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr_other	1.524	0.2	8
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.004	0.02	3874
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	810
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.183	0.2	553
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.179	0.2	2698
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.163	0.2	1568
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.075	0.2	1533
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.129	0.2	71
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.052	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.136	0.2	6
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.219	0.2	15
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.12	0.2	3
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.456	4.746	1619
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.456	4.746	1618
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	4.099	7.104	2015
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	4.099	7.105	2016
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.527	4.983	1791
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.527	4.982	1792
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.153	7.357	2576
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	4.152	7.356	2577
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	6.565	52.596	3576
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	6.564	52.588	3577
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_1	0.105	0.05	6001

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.76-2.831	0.329	49	0.378	925	X-RAY DIFFRACTION	99.1853
2.831-2.909	0.338	46	0.334	877	X-RAY DIFFRACTION	99.7838
2.909-2.993	0.456	47	0.34	897	X-RAY DIFFRACTION	100
2.993-3.085	0.343	44	0.3	843	X-RAY DIFFRACTION	99.8874
3.085-3.187	0.296	44	0.271	832	X-RAY DIFFRACTION	100
3.187-3.298	0.278	43	0.254	817	X-RAY DIFFRACTION	100
3.298-3.423	0.322	40	0.244	749	X-RAY DIFFRACTION	100
3.423-3.562	0.343	40	0.301	760	X-RAY DIFFRACTION	98.7654
3.562-3.721	0.322	37	0.256	711	X-RAY DIFFRACTION	99.336
3.721-3.902	0.294	35	0.227	676	X-RAY DIFFRACTION	98.8873
3.902-4.113	0.317	34	0.242	637	X-RAY DIFFRACTION	97.3875
4.113-4.363	0.192	33	0.168	628	X-RAY DIFFRACTION	100
4.363-4.663	0.243	32	0.148	597	X-RAY DIFFRACTION	100
4.663-5.037	0.228	28	0.146	548	X-RAY DIFFRACTION	99.8267
5.037-5.517	0.217	28	0.171	521	X-RAY DIFFRACTION	100
5.517-6.167	0.213	24	0.179	470	X-RAY DIFFRACTION	99.798
6.167-7.119	0.217	23	0.175	423	X-RAY DIFFRACTION	100
7.119-8.714	0.277	19	0.17	356	X-RAY DIFFRACTION	100
8.714-12.302	0.188	15	0.181	285	X-RAY DIFFRACTION	99.6678

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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