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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6sud | |||||||||
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タイトル | Structure of L320A mutant of Rex8A from Paenibacillus barcinonensis complexed with xylose. | |||||||||
要素 | Reducing-end xylose-releasing exo-oligoxylanase Rex8A | |||||||||
キーワード | HYDROLASE / Xylan / Exo-oligoxylanase / Xylanases / Xylooligosaccharides / Xylooligomers / Xylose / Hydrolysis / Polysaccharides / Glycan / Glycan degradation / Xylan degradation / Glycosidase / Carbohydrate metabolism. | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 oligosaccharide reducing-end xylanase / oligosaccharide reducing-end xylanase activity / xylan catabolic process 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Paenibacillus barcinonensis (バクテリア) | |||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.74 Å | |||||||||
データ登録者 | Jimenez-Ortega, E. / Ramirez-Escudero, M. / Sanz-Aparicio, J. | |||||||||
引用 | ジャーナル: Febs J. / 年: 2020 タイトル: Structural analysis of the reducing-end xylose-releasing exo-oligoxylanase Rex8A from Paenibacillus barcinonensis BP-23 deciphers its molecular specificity. 著者: Jimenez-Ortega, E. / Valenzuela, S. / Ramirez-Escudero, M. / Pastor, F.J. / Sanz-Aparicio, J. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6sud.cif.gz | 178.9 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6sud.ent.gz | 140.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6sud.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 6sud_validation.pdf.gz | 1.4 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 6sud_full_validation.pdf.gz | 1.4 MB | 表示 | |
XML形式データ | 6sud_validation.xml.gz | 37.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 6sud_validation.cif.gz | 54.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/su/6sud ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/su/6sud | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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2 |
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCSドメイン:
NCSドメイン領域: Component-ID: _ / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: LYS / Beg label comp-ID: LYS / End auth comp-ID: GLN / End label comp-ID: GLN / Refine code: _ / Auth seq-ID: 6 - 382 / Label seq-ID: 6 - 382
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 44481.145 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Paenibacillus barcinonensis (バクテリア) 遺伝子: rex8A, DFQ00_11062 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) 参照: UniProt: A0A0S2UQQ5, oligosaccharide reducing-end xylanase #2: 化合物 | ChemComp-EDO / #3: 化合物 | ChemComp-GOL / #4: 糖 | #5: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.6 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.68 % / 解説: Bar |
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結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 詳細: 22% PEG 6000, 0.1 M HEPES pH 7, 0.2 M MgCl2, 6% glycerol, 0.01 M Hexammine cobalt (III) chloride. Microseeding. Soaking: 50 mM xylose, 100 mM arabinose. Cryoprotectant solution: mother liquor ...詳細: 22% PEG 6000, 0.1 M HEPES pH 7, 0.2 M MgCl2, 6% glycerol, 0.01 M Hexammine cobalt (III) chloride. Microseeding. Soaking: 50 mM xylose, 100 mM arabinose. Cryoprotectant solution: mother liquor plus 20% ethylene glycol |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ALBA / ビームライン: XALOC / 波長: 0.97949 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年4月12日 / 詳細: KB Mirrors |
放射 | モノクロメーター: Si(111) channel-cut, cryocooled / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97949 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.74→57.11 Å / Num. obs: 87761 / % possible obs: 96.6 % / 冗長度: 3 % / CC1/2: 0.987 / Rmerge(I) obs: 0.098 / Rpim(I) all: 0.067 / Rrim(I) all: 0.119 / Net I/σ(I): 7.1 |
反射 シェル | 解像度: 1.74→1.77 Å / 冗長度: 3.1 % / Rmerge(I) obs: 0.628 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Num. unique obs: 4448 / CC1/2: 0.787 / Rpim(I) all: 0.423 / Rrim(I) all: 0.759 / % possible all: 95 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 1WU4 解像度: 1.74→57.11 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.917 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.886 / SU B: 3.294 / SU ML: 0.107 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.153 / ESU R Free: 0.143 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 47.94 Å2 / Biso mean: 14.37 Å2 / Biso min: 3 Å2
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精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 1.74→57.11 Å
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拘束条件 |
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Refine LS restraints NCS | Ens-ID: 1 / 数: 13846 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Rms dev position: 0.06 Å / Weight position: 0.05
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.74→1.785 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
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