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- PDB-6sh0: Crystal structure of AcAChBP in complex with anatoxin -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6sh0
タイトルCrystal structure of AcAChBP in complex with anatoxin
要素Acetylcholine binding protein
キーワードSIGNALING PROTEIN / toxin (毒素) / acetylcholine binding protein
機能・相同性
機能・相同性情報


extracellular ligand-gated monoatomic ion channel activity / transmembrane signaling receptor activity / 生体膜 / identical protein binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Neurotransmitter-gated ion-channel / Neurotransmitter-gated ion-channel ligand-binding domain / Neurotransmitter-gated ion-channel ligand-binding domain superfamily / Neurotransmitter-gated ion-channel ligand binding domain
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-4P0 / 酢酸塩 / Soluble acetylcholine receptor
類似検索 - 構成要素
生物種Aplysia californica (ジャンボアメフラシ)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Hunter, W.N. / Dawson, A. / Parker, H.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2022
タイトル: Delineating the activity of the potent nicotinic acetylcholine receptor agonists (+)-anatoxin-a and (-)-hosieine-A
著者: Parker, H.P. / Dawson, A. / Jones, M.J. / Yan, R. / Ouyang, J. / Hong, R. / Hunter, W.N.
履歴
登録2019年8月5日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年8月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年9月7日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author / database_2
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.22024年1月31日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Acetylcholine binding protein
B: Acetylcholine binding protein
C: Acetylcholine binding protein
D: Acetylcholine binding protein
E: Acetylcholine binding protein
F: Acetylcholine binding protein
G: Acetylcholine binding protein
H: Acetylcholine binding protein
I: Acetylcholine binding protein
J: Acetylcholine binding protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)287,96244
ポリマ－283,26810
非ポリマー4,69434
水17,240957
1
A: Acetylcholine binding protein
B: Acetylcholine binding protein
C: Acetylcholine binding protein
D: Acetylcholine binding protein
E: Acetylcholine binding protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)144,11122
ポリマ－141,6345
非ポリマー2,47817
水905
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area16520 Å2
ΔGint-61 kcal/mol
Surface area42040 Å2
手法PISA
2
F: Acetylcholine binding protein
G: Acetylcholine binding protein
H: Acetylcholine binding protein
I: Acetylcholine binding protein
J: Acetylcholine binding protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)143,85022
ポリマ－141,6345
非ポリマー2,21617
水905
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area16510 Å2
ΔGint-62 kcal/mol
Surface area42510 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)211.968, 129.872, 131.322
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 103.170, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

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タンパク質 / 糖 , 2種, 19分子 ABCDEFGHIJ

#1: タンパク質
Acetylcholine binding protein


分子量: 28326.750 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Aplysia californica (ジャンボアメフラシ)
細胞株 (発現宿主): Sf9
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q8WSF8
#2: 糖
ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン / N-アセチルグルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

-
非ポリマー , 4種, 982分子

#3: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル / グリセリン


分子量: 92.094 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 化合物
ChemComp-4P0 / 1-[(1R,6R)-9-azabicyclo[4.2.1]non-2-en-2-yl]ethanone / アナトキシンa


分子量: 165.232 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15NO / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物
ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン / 酢酸塩


分子量: 59.044 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#6: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 957 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.76 Å3/Da / 溶媒含有率: 67.31 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.6
詳細: Reservoir solution: 8% PEG 4K, 0.1 M NaOAc pH 4.6 Protein buffer: 50 mM tris, 250 mM NaCl, pH 7.5, 4mg/ml

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU SATURN 944+ / 検出器: CCD / 日付: 2017年12月15日
放射モノクロメーター: Si / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→127.87 Å / Num. obs: 119138 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 11.8 % / Biso Wilson estimate: 23 Å2 / CC1/2: 0.982 / Rmerge(I) obs: 0.228 / Rpim(I) all: 0.089 / Net I/σ(I): 7.4
反射 シェル解像度: 2.5→2.54 Å / 冗長度: 9.3 % / Rmerge(I) obs: 0.662 / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / Num. unique obs: 5811 / CC1/2: 0.813 / Rpim(I) all: 0.286 / % possible all: 99.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0189精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
DIALSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2xys

2xys


解像度: 2.5→59.77 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.893 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.85 / SU B: 11.279 / SU ML: 0.243 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.419 / ESU R Free: 0.292
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.289 6041 5.1 %RANDOM
Rwork0.2528 ---
obs0.2546 113033 99.53 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 72.47 Å2 / Biso mean: 26.137 Å2 / Biso min: 4.96 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.24 Å20 Å2-1.1 Å2
2--2.12 Å20 Å2
3----0.32 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.5→59.77 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数16442 0 316 957 17715
Biso mean--42.51 23.46 -
残基数----2059
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0070.0217238
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.0215316
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.0931.96523528
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.8423.00135686
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.2445.0152057
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.53224.45800
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.629152750
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.5451596
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0640.22650
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.02119075
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.023465
LS精密化 シェル解像度: 2.5→2.565 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.343 449 -
Rwork0.335 8327 -
all-8776 -
obs--99.99 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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