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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6seu | ||||||
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タイトル | X-ray structure of the gold/lysozyme adduct formed upon 21h exposure of protein crystals to compound 2 | ||||||
要素 | Lysozyme C | ||||||
キーワード | HYDROLASE (加水分解酵素) / gold compounds / protein interaction (タンパク質間相互作用) / adduct / soaking / gold binding sites | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 抗微生物ペプチド / Neutrophil degranulation / beta-N-acetylglucosaminidase activity / cell wall macromolecule catabolic process / リゾチーム / lysozyme activity / killing of cells of another organism / defense response to Gram-negative bacterium / defense response to Gram-positive bacterium / defense response to bacterium ...抗微生物ペプチド / Neutrophil degranulation / beta-N-acetylglucosaminidase activity / cell wall macromolecule catabolic process / リゾチーム / lysozyme activity / killing of cells of another organism / defense response to Gram-negative bacterium / defense response to Gram-positive bacterium / defense response to bacterium / 小胞体 / extracellular space / identical protein binding / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Gallus gallus (ニワトリ) | ||||||
手法 | X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.95 Å | ||||||
データ登録者 | Ferraro, G. / Giorgio, A. / Merlino, A. | ||||||
引用 | ジャーナル: Dalton Trans / 年: 2019 タイトル: Protein-mediated disproportionation of Au(i): insights from the structures of adducts of Au(iii) compounds bearing N,N-pyridylbenzimidazole derivatives with lysozyme. 著者: Ferraro, G. / Giorgio, A. / Mansour, A.M. / Merlino, A. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6seu.cif.gz | 43.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6seu.ent.gz | 28.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6seu.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/se/6seu ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/se/6seu | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 14331.160 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Gallus gallus (ニワトリ) / 参照: UniProt: P00698, リゾチーム | ||||||
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#2: 化合物 | ChemComp-EDO / | ||||||
#3: 化合物 | ChemComp-NO3 / #4: 化合物 | #5: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.01 Å3/Da / 溶媒含有率: 38.77 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.5 詳細: 20% ethylene glycol 0.1 M sodium acetate pH 4.5 0.6 M sodium nitrate |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU / 波長: 1.5418 Å |
検出器 | タイプ: RIGAKU SATURN 944 / 検出器: CCD / 日付: 2019年1月14日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.95→34.73 Å / Num. obs: 8955 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 13.8 % / CC1/2: 0.805 / Rmerge(I) obs: 0.141 / Rpim(I) all: 0.06 / Net I/σ(I): 13.8 |
反射 シェル | 解像度: 1.95→1.98 Å / 冗長度: 3.1 % / Rmerge(I) obs: 0.546 / Mean I/σ(I) obs: 1.5 / Num. unique obs: 423 / CC1/2: 0.951 / Rpim(I) all: 0.361 / % possible all: 99.8 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 193L 解像度: 1.95→34.73 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.949 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.911 / SU B: 5.14 / SU ML: 0.144 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.21 / ESU R Free: 0.191 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 62.69 Å2 / Biso mean: 22.647 Å2 / Biso min: 10.62 Å2
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精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 1.95→34.73 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.95→2 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
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