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- PDB-6r3u: Endo-levanase BT1760 mutant E221A from Bacteroides thetaiotaomicr... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6r3u
タイトルEndo-levanase BT1760 mutant E221A from Bacteroides thetaiotaomicron complexed with levantetraose
要素Glycoside hydrolase family 32
キーワードHYDROLASE (加水分解酵素) / glycoside hydrolase 32 (グリコシダーゼ) / 5-fold beta-propeller / beta-sandwich / substrate complex
機能・相同性
機能・相同性情報


スクラーゼ / hydrolase activity, hydrolyzing O-glycosyl compounds / carbohydrate metabolic process
類似検索 - 分子機能
GH32, BT1760-like, C-terminal domain / GH32, BT1760-like, C-terminal domain / Glycoside hydrolase, family 32 / Glycosyl hydrolase family 32, N-terminal / Glycosyl hydrolases family 32 N-terminal domain / Glycosyl hydrolases family 32 / Glycosyl hydrolase, five-bladed beta-propellor domain superfamily / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile. / Concanavalin A-like lectin/glucanase domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Bacteroides thetaiotaomicron (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Eek, P. / Ernits, K. / Lukk, T. / Alamae, T.
資金援助 Estonia, 2件
組織認可番号国
Estonian Research CouncilPUT1050 Estonia
Estonian Research CouncilIUT19-9 Estonia
引用ジャーナル: Sci Rep / 年: 2019
タイトル: First crystal structure of an endo-levanase - the BT1760 from a human gut commensal Bacteroides thetaiotaomicron.
著者: Ernits, K. / Eek, P. / Lukk, T. / Visnapuu, T. / Alamae, T.
履歴
登録2019年3月21日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年6月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年6月26日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: citation / citation_author / pdbx_database_proc
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_conn_angle / struct_asym / struct_conn / struct_conn_type / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.pdbx_formal_charge / _atom_site.type_symbol / _atom_site_anisotrop.id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_asym_id / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _entity.pdbx_number_of_molecules / _entity.src_method / _entity.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn_type.id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12024年1月24日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Glycoside hydrolase family 32
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)58,9347
ポリマ－57,8601
非ポリマー1,0746
水5,873326
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2300 Å2
ΔGint-29 kcal/mol
Surface area18990 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)78.114, 112.334, 174.135
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number23
Space group name H-MI222
Space group name HallI22
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x,-y,-z
#3: -x,y,-z
#4: -x,-y,z
#5: x+1/2,y+1/2,z+1/2
#6: x+1/2,-y+1/2,-z+1/2
#7: -x+1/2,y+1/2,-z+1/2
#8: -x+1/2,-y+1/2,z+1/2

-
要素

#1: タンパク質 Glycoside hydrolase family 32 /


分子量: 57860.004 Da / 分子数: 1 / 変異: E221A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bacteroides thetaiotaomicron (バクテリア)
遺伝子: BT_1760 / プラスミド: pURI3-Cter / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8A6W6
#2: 多糖 beta-D-fructofuranose-(2-6)-beta-D-fructofuranose-(2-6)-beta-D-fructofuranose-(2-6)-beta-D-fructofuranose


タイプ: oligosaccharideオリゴ糖 / 分子量: 666.578 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DFrufb2-6DFrufb2-6DFrufb2-6DFrufb2-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,4,3/[ha122h-2b_2-5]/1-1-1-1/a6-b2_b6-c2_c6-d2WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][b-D-Fruf]{[(6+2)][b-D-Fruf]{[(6+2)][b-D-Fruf]{[(6+2)][b-D-Fruf]{}}}}LINUCSPDB-CARE
#3: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル / グリセリン


分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 326 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.34 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.2 % / 解説: rod clusters
結晶化温度: 282 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 16 mg/ml protein; 12-14% (w/v) PEG 6000, 0.5 mM ZnCl2, 0.1 M MES-NaOH, pH 6.5; 2:1 ratio

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALBA / ビームライン: XALOC / 波長: 0.98 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年12月12日
放射モノクロメーター: Si(111) crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→47.21 Å / Num. obs: 60697 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 7.8 % / Biso Wilson estimate: 30.02 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.084 / Rpim(I) all: 0.032 / Rrim(I) all: 0.09 / Net I/σ(I): 15.6
反射 シェル解像度: 1.9→1.97 Å / 冗長度: 7.9 % / Rmerge(I) obs: 1.129 / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / Num. unique obs: 5956 / CC1/2: 0.74 / Rpim(I) all: 0.424 / Rrim(I) all: 1.208 / % possible all: 99.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータ削減
PHENIX1.15rc3_3435精密化
XDSデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6R3R

6r3r


解像度: 1.9→47.21 Å / SU ML: 0.1833 / 交差検証法: FREE R-VALUE / 位相誤差: 19.2158
Rfactor反射数%反射
Rfree0.19 1438 2.37 %
Rwork0.161 --
obs-60564 99.8 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso mean: 42.63 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→47.21 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3969 0 65 326 4360
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.01174199
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.03345705
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0661586
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0075737
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.37021497
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.9-1.970.24621420.23025817X-RAY DIFFRACTION99.88
1.97-2.050.28241430.22035887X-RAY DIFFRACTION99.95
2.05-2.140.22451420.18825819X-RAY DIFFRACTION99.85
2.14-2.250.21411420.17555871X-RAY DIFFRACTION99.87
2.25-2.390.19671430.16285865X-RAY DIFFRACTION99.98
2.39-2.580.19551430.15975887X-RAY DIFFRACTION99.9
2.58-2.840.20181440.16095906X-RAY DIFFRACTION99.97
2.84-3.250.19871440.16775941X-RAY DIFFRACTION99.98
3.25-4.090.16161460.1485953X-RAY DIFFRACTION99.84
4.09-47.210.17881490.14896165X-RAY DIFFRACTION99.75
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.122994928079-0.035808939609-0.1848240025680.241314428841-0.1775337436220.759519266552-0.0144431293405-0.2889442171640.3683858369670.282637122286-0.0936281961225-0.0817796860837-0.07475156800530.16501256973-0.6033237466530.32176515083-0.0561741013843-0.02385457107870.344397107711-0.1830358394210.352143307311-9.01151724302-16.1861283628-10.4300419834
21.242263849230.246223909674-0.3330654010310.44635447238-0.07073924538550.4830126318760.0495543585961-0.1852386425030.165375692214-0.0692332270896-0.0179056416034-0.316079228979-0.08155408027860.2416077604690.004114001676980.263117348016-0.004562988111810.0330589651890.2854443267160.02049844280390.3445237298067.2675031032-28.9862090409-31.9466337946
30.46331904866-0.213134858987-0.2362253262980.892334458228-0.002126153033080.3463747943780.1232444522860.138302633051-0.0826511267291-0.285183840109-0.0841769908995-0.111326228445-0.0355270375217-0.0138985991183.46137896214E-50.3087223143080.04302852418880.03310959903490.2359317402810.006943401676550.277839230781-1.08801329133-40.5583621232-42.6802697547
41.45539165567-0.227362187439-0.3537339041960.7601211294990.3415365072510.6981298324840.0682697230947-0.0456521607608-0.0725978674938-0.0340377829114-0.006359854463290.0666605553456-0.01066063026630.0035089760244-3.52742012455E-80.2480494180550.00540521627324-0.008002064775270.191852790390.03681881947130.233502057996-12.3745639199-35.0190947049-30.0313127485
50.3509980486310.0931723605769-0.1511771802470.8014988646760.2782943322020.237567123738-0.134745249141-0.622966763926-0.284308493010.005694332284990.198191952569-0.08735544781010.1443852039330.336832195272-0.06676891412390.2958857363210.0314025144044-0.0006704210777170.4551397427420.0602755375280.295946007571-11.5451941156-40.1999883607-15.5189859344
60.202570108871-0.3158767906150.4546485554391.35722115681-0.3225859028031.203899107240.0191964538867-0.253053158244-0.05037529342070.3942855491020.1159922720520.2090190375360.005493432641340.5374087867470.5278785497460.473019705750.08435172662380.1010838264470.834968888647-0.09863215432740.191552430128-25.5396225872-21.53383547590.508100197878
71.5497759212-0.756963492696-0.2205335929260.6207108269390.263121851460.456489736296-0.0536395536187-0.5561662415990.05016275185860.1276541420230.1221750187210.1269780906670.00909339683603-0.04038291807760.008288547049940.3129662633990.01174159973350.05186981189790.412421115426-0.002877536984120.233628985184-23.9559005574-25.609487799-12.8191915922
80.0191751015505-0.006618667573090.01124236205190.04868108977610.001041753249030.004223174682070.2298756137420.1820671795280.35682049692-0.118785123579-0.4608628518390.364644416585-0.299947974851-0.216394892783-1.28777034442E-50.7111957120780.174721269605-0.01311411736861.08560287960.003243275881040.498170682131-3.85572367328-21.96157359743.88954249345
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1(chain A and resid 14:32)
2X-RAY DIFFRACTION2(chain A and resid 33:149)
3X-RAY DIFFRACTION3(chain A and resid 150:229)
4X-RAY DIFFRACTION4(chain A and resid 230:326)
5X-RAY DIFFRACTION5(chain A and resid 327:346)
6X-RAY DIFFRACTION6(chain A and resid 347:363)
7X-RAY DIFFRACTION7(chain A and resid 364:501)
8X-RAY DIFFRACTION8(chain A and resid 502:508)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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