PDB-6qrw: X-ray radiation dose series on xylose isomerase - 3.25 MGy

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6qrw

タイトル

X-ray radiation dose series on xylose isomerase - 3.25 MGy

要素

Xylose isomerase

キシロースイソメラーゼ

キーワード

METAL BINDING PROTEIN /

Isomerase (異性化酵素)

機能・相同性

機能・相同性情報

キシロースイソメラーゼ / D-xylose metabolic process /

xylose isomerase activity / magnesium ion binding / identical protein binding /

細胞質
類似検索 - 分子機能

生物種

Streptomyces rubiginosus (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.17 Å

データ登録者

Taberman, H. / Bury, C.S. / van der Woerd, M.J. / Snell, E.H. / Garman, E.F.

資金援助

フィンランド, 1件

引用

ジャーナル: J.Synchrotron Radiat. / 年: 2019
タイトル: Structural knowledge or X-ray damage? A case study on xylose isomerase illustrating both.
著者: Taberman, H. / Bury, C.S. / van der Woerd, M.J. / Snell, E.H. / Garman, E.F.

履歴

登録	2019年2月19日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2019年7月17日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年1月24日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / refine / struct_conn Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _refine.pdbx_diffrn_id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6qrw.cif.gz	290.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6qrw.ent.gz	241.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6qrw.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qr/6qrw ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qr/6qrw	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6qrrSC 6qrsC 6qrtC 6qruC 6qrvC 6qrxC 6qryC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6qrx-1 6qrt-1 6qrr-1 6qru-1 6qrv-1 194 6qry-1 1xin-d 6qrs-1 2xis-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#74 - 2006年2月 α-アミラーゼ (alpha-Amylase) 類似性 (7) #70 - 2005年10月人工設計タンパク質 (Designer Proteins) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Xylose isomerase

ヘテロ分子

44.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Xylose isomerase

ヘテロ分子

A: Xylose isomerase

ヘテロ分子

A: Xylose isomerase

ヘテロ分子

A: Xylose isomerase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: SAXS
177 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	92.592, 97.609, 102.583
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	23
Space group name H-M	I222

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-408- EDO
2	1	A-614- HOH
3	1	A-939- HOH

-
タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質	Xylose isomerase / キシロースイソメラーゼ分子量: 43195.277 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Streptomyces rubiginosus (バクテリア) 遺伝子: xylA / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P24300, キシロースイソメラーゼ

-
非ポリマー , 6種, 545分子

#2: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル / エチレングリコール分子量: 62.068 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#3: 化合物	ChemComp-IPA / ISOPROPYL ALCOHOL / 2-PROPANOL / 2-プロパノ-ル / 2-プロパノール分子量: 60.095 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O / コメント: alkaloid*YM
#4: 化合物	ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION 分子量: 54.938 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#5: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#6: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#7: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 526 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.68 Å³/Da / 溶媒含有率: 54.15 %
結晶化	温度: 295.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 2-propanol, ethylene glycol, HEPES, magnesium chloride

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SSRL

/ ビームライン: BL11-1 / 波長: 0.954, 0.855

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2004年5月1日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

ID	波長 (Å)	相対比
1	0.954	1
2	0.855	1

反射

解像度: 1.17→39.8 Å / Num. obs: 154610 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 3.5 % / R_rim(I) all: 0.09 / Net I/σ(I): 10.2

反射シェル

解像度: 1.17→1.19 Å / R_rim(I) all: 0.734

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.14_3247: ???)	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
Coot		モデル構築

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 6QRR

6qrr

解像度: 1.17→39.793 Å / SU ML: 0.09 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 10.69

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1236	7728	5 %
R_work	0.1055	-	-
obs	0.1064	154595	99.32 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.17→39.793 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3040	0	58	526	3624

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.01	3755
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.174	5132
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	15.249	1450
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.086	511
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.009	716

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.17-1.1833	0.2472	244	0.241	4649	X-RAY DIFFRACTION	96
1.1833-1.1972	0.2202	251	0.2195	4777	X-RAY DIFFRACTION	97
1.1972-1.2118	0.2263	255	0.2019	4852	X-RAY DIFFRACTION	99
1.2118-1.2272	0.2123	259	0.1841	4893	X-RAY DIFFRACTION	100
1.2272-1.2433	0.2014	253	0.1666	4841	X-RAY DIFFRACTION	100
1.2433-1.2603	0.1613	260	0.1579	4865	X-RAY DIFFRACTION	100
1.2603-1.2784	0.1774	256	0.1563	4883	X-RAY DIFFRACTION	100
1.2784-1.2974	0.2016	256	0.1569	4880	X-RAY DIFFRACTION	100
1.2974-1.3177	0.1659	259	0.1385	4915	X-RAY DIFFRACTION	100
1.3177-1.3393	0.1395	257	0.1252	4908	X-RAY DIFFRACTION	100
1.3393-1.3624	0.1475	257	0.1181	4887	X-RAY DIFFRACTION	100
1.3624-1.3872	0.141	257	0.1091	4918	X-RAY DIFFRACTION	100
1.3872-1.4139	0.1232	258	0.1003	4865	X-RAY DIFFRACTION	100
1.4139-1.4427	0.1181	254	0.0958	4907	X-RAY DIFFRACTION	100
1.4427-1.4741	0.1015	262	0.0889	4897	X-RAY DIFFRACTION	100
1.4741-1.5084	0.108	257	0.0817	4929	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5084-1.5461	0.1097	255	0.0796	4879	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5461-1.5879	0.1119	261	0.0807	4927	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5879-1.6346	0.0974	257	0.0763	4912	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6346-1.6874	0.0912	259	0.0762	4928	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6874-1.7477	0.0979	261	0.0791	4919	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7477-1.8177	0.0974	259	0.0797	4930	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8177-1.9004	0.0973	260	0.0855	4912	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9004-2.0006	0.098	259	0.0853	4940	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0006-2.1259	0.0985	261	0.0898	4940	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1259-2.2901	0.0953	260	0.0885	4953	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2901-2.5205	0.1111	262	0.0904	4939	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5205-2.8851	0.1221	261	0.0978	4995	X-RAY DIFFRACTION	99
2.8851-3.6346	0.1249	260	0.1059	4988	X-RAY DIFFRACTION	99
3.6346-39.8164	0.1455	258	0.1304	4839	X-RAY DIFFRACTION	93

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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