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万見
- PDB-6ph7: Crystal structure of bovine opsin with nerol bound -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6ph7
タイトルCrystal structure of bovine opsin with nerol bound
要素
  • G protein CT2 peptide
  • Rhodopsinロドプシン
キーワードSIGNALING PROTEIN / Olfactory Receptor (嗅覚受容体) / Odorant (芳香化合物)
機能・相同性
機能・相同性情報


detection of light stimulus involved in visual perception / retinal cone cell development / Opsins / VxPx cargo-targeting to cilium / rod bipolar cell differentiation / rod photoreceptor outer segment / sperm head plasma membrane / podosome assembly / absorption of visible light / opsin binding ...detection of light stimulus involved in visual perception / retinal cone cell development / Opsins / VxPx cargo-targeting to cilium / rod bipolar cell differentiation / rod photoreceptor outer segment / sperm head plasma membrane / podosome assembly / absorption of visible light / opsin binding / The canonical retinoid cycle in rods (twilight vision) / detection of chemical stimulus involved in sensory perception of bitter taste / : / G protein-coupled photoreceptor activity / photoreceptor inner segment membrane / G protein-coupled opsin signaling pathway / 11-cis retinal binding / cellular response to light stimulus / G protein-coupled receptor complex / Inactivation, recovery and regulation of the phototransduction cascade / phototransduction, visible light / thermotaxis / Activation of the phototransduction cascade / outer membrane / detection of temperature stimulus involved in thermoception / arrestin family protein binding / photoreceptor cell maintenance / Ca2+ pathway / photoreceptor outer segment membrane / G alpha (i) signalling events / phototransduction / response to light stimulus / photoreceptor outer segment / G-protein alpha-subunit binding / sperm midpiece / photoreceptor inner segment / 視覚 / guanyl-nucleotide exchange factor activity / G protein-coupled receptor binding / G-protein beta/gamma-subunit complex binding / adenylate cyclase-modulating G protein-coupled receptor signaling pathway / microtubule cytoskeleton organization / photoreceptor disc membrane / heterotrimeric G-protein complex / cell-cell junction / 遺伝子発現 / G protein-coupled receptor signaling pathway / ゴルジ体 / GTPase activity / GTP binding / zinc ion binding / 生体膜 / identical protein binding / metal ion binding / 細胞膜
類似検索 - 分子機能
Rhodopsin, N-terminal / Amino terminal of the G-protein receptor rhodopsin / ロドプシン / Opsin / Visual pigments (opsins) retinal binding site / Visual pigments (opsins) retinal binding site. / Rhopdopsin 7-helix transmembrane proteins / Rhodopsin 7-helix transmembrane proteins / G-protein alpha subunit, group I / Serpentine type 7TM GPCR chemoreceptor Srsx ...Rhodopsin, N-terminal / Amino terminal of the G-protein receptor rhodopsin / ロドプシン / Opsin / Visual pigments (opsins) retinal binding site / Visual pigments (opsins) retinal binding site. / Rhopdopsin 7-helix transmembrane proteins / Rhodopsin 7-helix transmembrane proteins / G-protein alpha subunit, group I / Serpentine type 7TM GPCR chemoreceptor Srsx / G-alpha domain profile. / Guanine nucleotide binding protein (G-protein), alpha subunit / G protein alpha subunit, helical insertion / G-protein alpha subunit / G protein alpha subunit / G-protein coupled receptors family 1 signature. / G protein-coupled receptor, rhodopsin-like / GPCR, rhodopsin-like, 7TM / G-protein coupled receptors family 1 profile. / 7 transmembrane receptor (rhodopsin family) / Up-down Bundle / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
(2Z)-3,7-dimethylocta-2,6-dien-1-ol / パルミチン酸 / ロドプシン / Guanine nucleotide-binding protein G(t) subunit alpha-2
類似検索 - 構成要素
生物種Bos taurus (ウシ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.902 Å
データ登録者Eger, B.T. / Morizumi, T. / Ernst, O.P.
資金援助 カナダ, 1件
組織認可番号国
Canadian Institutes of Health Research (CIHR)Canada Research Excellence Chair カナダ
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Odorant-binding site in visual opsin
著者: Morizumi, T. / Kuroi, K. / Eger, B.T. / Ou, W.L. / Van Eps, N. / Tsukamoto, H. / Furutani, Y. / Ernst, O.P.
履歴
登録2019年6月25日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年7月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.02020年7月29日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / database_PDB_caveat / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / pdbx_validate_chiral / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _database_PDB_caveat.text / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.label_asym_id / _pdbx_validate_chiral.auth_asym_id / _pdbx_validate_chiral.auth_seq_id / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12024年3月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / software / struct_conn
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _software.name / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Rhodopsin
B: G protein CT2 peptide
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,7456
ポリマ－40,2932
非ポリマー1,4524
水0
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2400 Å2
ΔGint1 kcal/mol
Surface area16830 Å2
手法PISA
2
A: Rhodopsin
B: G protein CT2 peptide
ヘテロ分子

A: Rhodopsin
B: G protein CT2 peptide
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)83,48912
ポリマ－80,5864
非ポリマー2,9038
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_556y,x,-z+11
Buried area7670 Å2
ΔGint-11 kcal/mol
Surface area30780 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)243.137, 243.137, 108.427
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number155
Space group name H-MH32

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要素

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タンパク質 / タンパク質・ペプチド , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Rhodopsin / ロドプシン


分子量: 39031.457 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: P02699
#2: タンパク質・ペプチド G protein CT2 peptide


分子量: 1261.487 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: P04696*PLUS

-
糖 , 2種, 2分子

#3: 多糖 beta-D-mannopyranose-(1-3)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4) ...beta-D-mannopyranose-(1-3)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharideオリゴ糖 / 分子量: 748.682 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpb1-3DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,4,3/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5]/1-1-2-2/a4-b1_b4-c1_c3-d1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][a-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][b-D-Manp]{}}}}}LINUCSPDB-CARE
#4: 糖 ChemComp-BOG / octyl beta-D-glucopyranoside / Beta-Octylglucoside / octyl beta-D-glucoside / octyl D-glucoside / octyl glucoside / オクチルβ-D-グルコピラノシド / Octyl glucoside


タイプ: D-saccharide / 分子量: 292.369 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C14H28O6 / コメント: 可溶化剤*YM
識別子タイププログラム
b-octylglucosideIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0

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非ポリマー , 2種, 2分子

#5: 化合物 ChemComp-PLM / PALMITIC ACID / パルミチン酸 / パルミチン酸


分子量: 256.424 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C16H32O2
#6: 化合物 ChemComp-NZZ / (2Z)-3,7-dimethylocta-2,6-dien-1-ol / nerol / ネロ-ル / ネロール


分子量: 154.249 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H18O / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 7.75 Å3/Da / 溶媒含有率: 84.14 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: 3.1-3.3 ammonium sulfate, 0.1M sodium acetate buffer, pH 5.5

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データ収集

回折平均測定温度: 173 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-B / 波長: 1.033 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年10月22日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.033 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.9→39.73 Å / Num. obs: 26899 / % possible obs: 99.1 % / 冗長度: 5.9 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.054 / Rpim(I) all: 0.024 / Rrim(I) all: 0.06 / Net I/σ(I): 20.6
反射 シェル解像度: 2.902→2.912 Å / 冗長度: 6.6 % / Rmerge(I) obs: 0.588 / Mean I/σ(I) obs: 2.9 / Num. unique obs: 1749 / CC1/2: 0.861 / Rpim(I) all: 0.33 / % possible all: 97.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.10_2155)精密化
XDSデータ削減
autoPROCデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.902→39.256 Å / SU ML: 0.36 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 29.21
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2247 1364 5.07 %
Rwork0.2139 --
obs0.2145 26877 99.01 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.902→39.256 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2681 0 98 0 2779
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0032880
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.6623918
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.7671736
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.043445
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005475
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.9021-3.00580.3621290.33762563X-RAY DIFFRACTION100
3.0058-3.12610.32421400.29912519X-RAY DIFFRACTION99
3.1261-3.26830.30771640.26222492X-RAY DIFFRACTION99
3.2683-3.44050.30671230.25382570X-RAY DIFFRACTION100
3.4405-3.6560.25011280.21962577X-RAY DIFFRACTION100
3.656-3.9380.22831280.19622556X-RAY DIFFRACTION100
3.938-4.33380.18851170.18762559X-RAY DIFFRACTION99
4.3338-4.95990.20531450.17532541X-RAY DIFFRACTION98
4.9599-6.24490.21791370.21282561X-RAY DIFFRACTION99
6.2449-39.25920.19861530.21512575X-RAY DIFFRACTION97
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.75911.0065-0.05112.1443-0.33471.6727-0.07330.06380.1430.00020.1039-0.4555-0.07330.08450.00010.55170.0334-0.04790.4850.08060.686319.979541.809239.3821
21.48080.0711-0.05090.38330.35640.3606-0.16990.9023-0.3336-0.43110.07060.90580.4043-0.63260.00441.1855-0.1507-0.05170.739-0.04390.79987.159126.08824.1722
31.21970.0216-0.3674-0.11710.05420.8144-0.28250.11820.9843-0.48180.1722-0.4687-0.68360.26210.02270.8265-0.0365-0.1530.5790.22990.88810.576749.538729.8266
43.3349-2.5283-0.4691.9074-0.19083.4888-0.21270.31830.4819-0.4240.16340.4588-0.1335-0.33970.00020.57060.0432-0.12640.67330.02470.7351-1.69535.000141.3843
51.22740.08021.09230.1837-0.38830.6539-0.16070.1447-0.26460.28060.3140.07310.12-0.15380.00020.7703-0.0142-0.12050.6235-0.01580.847413.226827.397246.1274
60.1521-0.03460.04240.0058-0.01550.0334-0.59510.358-0.9648-1.01670.101-0.67871.26641.2726-0.00131.4007-0.11240.05691.08460.13391.9334-2.809913.803136.8931
70.05510.02260.04530.046-0.01470.03030.5644-0.2453-0.42860.5160.95730.25690.6963-0.05670.00271.0481-0.2212-0.06181.05340.1261.28381.627116.775239.5409
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1(chain A and resid 1:139)
2X-RAY DIFFRACTION2(chain A and resid 140:168)
3X-RAY DIFFRACTION3(chain A and resid 169:222)
4X-RAY DIFFRACTION4(chain A and resid 223:287)
5X-RAY DIFFRACTION5(chain A and resid 288:326)
6X-RAY DIFFRACTION6(chain B and resid 340:344)
7X-RAY DIFFRACTION7(chain B and resid 345:350)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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