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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6otq | ||||||
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タイトル | Carbonic Anhydrase II complexed with ureic benzene sulfonamide MB10-596B | ||||||
要素 | Carbonic anhydrase 2炭酸脱水酵素 | ||||||
キーワード | lyase/lyase inhibitor / benzene sulfonamide / carbonic anhydrase (炭酸脱水酵素) / inhibitor (酵素阻害剤) / LYASE (リアーゼ) / lyase-lyase inhibitor complex | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 positive regulation of cellular pH reduction / positive regulation of dipeptide transmembrane transport / regulation of monoatomic anion transport / 分泌 / cyanamide hydratase / cyanamide hydratase activity / arylesterase activity / regulation of chloride transport / Reversible hydration of carbon dioxide / angiotensin-activated signaling pathway ...positive regulation of cellular pH reduction / positive regulation of dipeptide transmembrane transport / regulation of monoatomic anion transport / 分泌 / cyanamide hydratase / cyanamide hydratase activity / arylesterase activity / regulation of chloride transport / Reversible hydration of carbon dioxide / angiotensin-activated signaling pathway / positive regulation of synaptic transmission, GABAergic / regulation of intracellular pH / morphogenesis of an epithelium / 炭酸脱水酵素 / carbonate dehydratase activity / carbon dioxide transport / Erythrocytes take up oxygen and release carbon dioxide / Erythrocytes take up carbon dioxide and release oxygen / neuron cellular homeostasis / one-carbon metabolic process / apical part of cell / 髄鞘 / extracellular exosome / zinc ion binding / 細胞膜 / 細胞質基質 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.467 Å | ||||||
データ登録者 | Kota, A. / McKenna, R. | ||||||
引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: Carbonic Anhydrase II complexed with benzene sulfonamide MB9-561B 著者: Kota, A. / McKenna, R. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6otq.cif.gz | 75.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6otq.ent.gz | 52.6 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6otq.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ot/6otq ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ot/6otq | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 3ks3S S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 28932.641 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CA2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P00918, 炭酸脱水酵素 | ||
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#2: 化合物 | ChemComp-ZN / | ||
#3: 化合物 | ChemComp-N7S / | ||
#4: 化合物 | #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.1 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.31 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.8 / 詳細: 1.6M sodium citrate, 50mM Tris-HCl, pH 7.8 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: CHESS / ビームライン: F1 / 波長: 0.9775 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年3月7日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9775 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.467→30.514 Å / Num. obs: 40673 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 3.3 % / Biso Wilson estimate: 15.78 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.03 / Net I/σ(I): 18.63 |
反射 シェル | 解像度: 1.467→1.52 Å / Rmerge(I) obs: 0.56 / Num. unique obs: 3914 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 3KS3 解像度: 1.467→30.514 Å / SU ML: 0.19 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 17.96
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 81.73 Å2 / Biso mean: 19.7935 Å2 / Biso min: 8.17 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 1.467→30.514 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 14
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