PDB-6nv9: BACE1 in complex with a macrocyclic inhibitor

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6nv9

タイトル

BACE1 in complex with a macrocyclic inhibitor

要素

Beta-secretase 1

Β-セクレターゼ1

キーワード

PEPTIDE BINDING PROTEIN /

protease (プロテアーゼ) /

inhibitor complex (酵素阻害剤)

機能・相同性

機能・相同性情報

Β-セクレターゼ1 / Golgi-associated vesicle lumen / signaling receptor ligand precursor processing /

beta-aspartyl-peptidase activity / amyloid precursor protein catabolic process / amyloid-beta formation /

membrane protein ectodomain proteolysis / cellular response to manganese ion /

prepulse inhibition / amyloid-beta metabolic process ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.13 Å

データ登録者

Yen, Y.C. / Ghosh, A.K. / Mesecar, A.D.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: Biochemistry / 年: 2019
タイトル: Development of an Efficient Enzyme Production and Structure-Based Discovery Platform for BACE1 Inhibitors.
著者: Yen, Y.C. / Kammeyer, A.M. / Jensen, K.C. / Tirlangi, J. / Ghosh, A.K. / Mesecar, A.D.

履歴

登録	2019年2月4日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2019年10月9日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年11月20日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.2	2020年1月1日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.3	2023年10月11日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6nv9.cif.gz	473.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6nv9.ent.gz	390.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6nv9.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nv/6nv9 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nv/6nv9	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6nv7SC 6nw3C S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	2ph6-d 3fkt-d 6dmi-d 3ivi-3 3dv1-1 4gmi-d 6qug-7 4b1d-d 2hiz-1 4d83-2 6jsg-d 5qdb-2 4acx-d 3k5g-1 5qcx-2 2f3e-2 5qcz-2 5qcp-1 4rwk-1 3ivh-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#115 - 2009年7月 β-セクレターゼ (beta-Secretase) 類似性 (5) #79 - 2006年7月アミロイドβ前駆体タンパク質 (Amyloid-beta Precursor Protein) 類似性 (5)

登録構造単位

A: Beta-secretase 1

B: Beta-secretase 1

C: Beta-secretase 1

ヘテロ分子

132 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Beta-secretase 1

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
44.2 kDa, 1 ポリマー
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2

B: Beta-secretase 1

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
44.2 kDa, 1 ポリマー
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3

C: Beta-secretase 1

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
44.2 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	82.194, 103.052, 101.470
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 104.23, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Beta-secretase 1 / Β-セクレターゼ1 / Aspartyl protease 2 / Asp 2 / Beta-site amyloid precursor protein cleaving enzyme 1 / Beta-site APP ...Aspartyl protease 2 / Asp 2 / Beta-site amyloid precursor protein cleaving enzyme 1 / Beta-site APP cleaving enzyme 1 / Memapsin-2 / Membrane-associated aspartic protease 2 分子量: 43425.961 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: BACE1, BACE, KIAA1149 発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌) 参照: UniProt: P56817, Β-セクレターゼ1
#2: 化合物	ChemComp-L3M / (3S)-3-hydroxy-N-(2-methylpropyl)-N~2~-{[(4S)-17-[(methylsulfonyl)(propyl)amino]-2-oxo-3-azatricyclo[13.3.1.1~6,10~]icosa-1(19),6(20),7,9,15,17-hexaen-4-yl]methyl}-L-norleucinamide 分子量: 628.865 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃₄H₅₂N₄O₅S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン / 硫酸塩分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#4: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 616 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.2 Å³/Da / 溶媒含有率: 61.53 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.2 M MgSO4 0.1 M Na citrate 14-20 % PEG 4000 / PH範囲: 5-6

-
データ収集

回折	平均測定温度: 77 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 31-ID / 波長: 0.9793 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 R CdTe 300K / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年8月18日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.13→98 Å / Num. obs: 91867 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 3.8 % / CC_1/2: 0.995 / R_pim(I) all: 0.046 / Net I/σ(I): 10.7
反射シェル	解像度: 2.13→2.2 Å / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / CC_1/2: 0.785 / R_pim(I) all: 0.334 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.9_1692	精密化
MOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 6NV7

6nv7

解像度: 2.13→79.67 Å / SU ML: 0.23 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 18.81

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1902	1999	2.18 %
R_work	0.1551	-	-
obs	0.1559	91791	99.52 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.13→79.67 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	8780	0	147	616	9543

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.012	9161
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.289	12436
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.756	3273
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.061	1340
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	1590

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.1257-2.1789	0.2587	142	0.2146	6381	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1789-2.2378	0.2782	143	0.2032	6442	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2378-2.3036	0.2492	143	0.1917	6390	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3036-2.378	0.208	143	0.1783	6437	X-RAY DIFFRACTION	100
2.378-2.463	0.2144	143	0.1831	6413	X-RAY DIFFRACTION	100
2.463-2.5616	0.2548	143	0.1738	6412	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5616-2.6782	0.2032	143	0.1736	6439	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6782-2.8194	0.2096	143	0.1787	6420	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8194-2.9961	0.2307	143	0.1707	6463	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9961-3.2274	0.2032	143	0.1659	6411	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2274-3.5522	0.174	144	0.1554	6441	X-RAY DIFFRACTION	100
3.5522-4.0662	0.1949	142	0.1362	6420	X-RAY DIFFRACTION	99
4.0662-5.1228	0.1255	144	0.1173	6439	X-RAY DIFFRACTION	99
5.1228-79.7262	0.1808	140	0.1501	6284	X-RAY DIFFRACTION	96

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.9351	-0.1699	0.192	3.1994	1.1948	2.7013	-0.2222	0.0892	0.4385	-0.334	-0.0121	0.3027	-0.4644	-0.245	0.2355	0.5044	0.0474	-0.0743	0.3675	0.0243	0.3637	-15.179	-14.0107	24.2037
2	2.1669	0.2484	0.1217	2.4978	0.699	1.9993	-0.1446	-0.2972	0.4228	0.2609	0.0281	0.1211	-0.3329	-0.2236	0.1221	0.4501	0.0892	-0.0303	0.3501	-0.0487	0.3135	-14.5321	-13.4546	35.9786
3	2.4866	-0.4483	0.6764	3.5723	0.2269	2.6264	-0.0833	-0.0529	-0.0409	-0.132	0.1523	0.1881	-0.0719	-0.2202	0.0017	0.2678	-0.0339	0.0386	0.2572	0.0317	0.1873	-11.8463	-31.9175	26.8416
4	2.5617	-0.5985	-0.5557	3.651	0.0763	3.1633	-0.1729	-0.2359	-0.251	0.244	0.1741	-0.5574	0.2019	0.2944	-0.0774	0.2576	-0.0115	-0.0499	0.2728	-0.0121	0.3298	4.7879	-36.4945	31.2583
5	2.8807	-0.0505	-1.0795	2.8932	0.3637	2.7586	0.1569	-0.205	0.0478	-0.2357	0.1036	-1.3044	-0.6206	0.8164	-0.1412	0.3715	-0.1275	0.0686	0.4396	-0.1275	0.7493	15.9514	-27.6639	25.1926
6	3.5916	1.6096	-0.627	4.0679	-0.2851	2.4869	-0.1506	0.3442	0.3679	-0.51	0.2795	-0.3814	-0.4223	0.1186	-0.1381	0.406	-0.0474	0.0831	0.3028	-0.0056	0.3554	5.8038	-29.7449	18.126
7	3.7385	0.3409	-0.0832	2.7142	0.2493	1.5644	-0.0926	-0.0005	-0.0823	-0.0076	0.1447	-0.3322	-0.1321	0.1011	-0.0296	0.354	-0.0343	0.0155	0.2251	-0.0111	0.2264	-4.2415	-29.4479	28.2332
8	3.11	0.1506	-0.2328	3.6828	1.1549	0.798	-0.0347	0.1835	-0.0581	-0.1187	0.0615	-0.4001	-0.1227	0.1429	-0.0201	0.3083	-0.0368	0.051	0.3011	-0.0125	0.2824	-2.8344	-38.9111	23.1648
9	3.9655	-0.4023	0.8644	2.0001	-0.2603	2.9152	0.1675	0.504	-0.3473	-0.2513	-0.132	-0.2378	0.1795	0.8973	-0.0218	0.2911	0.0498	0.0084	0.5336	-0.0669	0.3148	17.1771	-11.1842	58.5316
10	3.375	-1.2301	0.5105	2.348	-0.0967	3.7187	0.0001	-0.4982	-0.9609	0.1876	0.2009	0.4053	0.4968	-0.1248	-0.0628	0.2822	-0.005	-0.0317	0.283	0.1095	0.5215	-3.2044	-17.5186	73.5497
11	2.8753	-0.1658	0.0836	0.7768	0.0606	3.295	0.1281	-0.0767	-1.065	0.1015	-0.0536	0.243	0.7036	-0.066	-0.053	0.332	-0.0125	-0.0463	0.2307	0.0171	0.6161	-6.2135	-19.2363	69.3049
12	3.5529	-0.458	-0.5879	1.841	-0.8049	3.1272	0.0109	-0.1572	-0.5802	-0.0511	0.1206	0.1549	0.1231	-0.2978	-0.1536	0.2937	0.0073	-0.0118	0.2628	0.0226	0.4066	-8.3553	-9.2016	70.5459
13	1.2564	0.2313	-0.5682	2.0514	-0.6013	3.3353	0.0347	0.0217	-0.1439	0.0514	-0.0176	0.1355	0.4043	-0.4337	-0.0106	0.3001	-0.036	-0.0466	0.3214	0.0124	0.3116	33.9061	-24.1489	91.519
14	2.2507	-0.0767	-0.7052	3.5444	-1.3403	3.4392	0.2388	-0.2728	0.526	0.5959	0.092	0.0447	-0.7881	-0.0892	-0.2416	0.4171	0.0227	0.0913	0.3097	-0.0195	0.3427	44.1853	3.3436	94.3684
15	1.7352	0.5926	-0.3992	3.0163	-0.5247	2.5814	0.1913	-0.0298	0.2663	0.2126	0.0438	0.2617	-0.3135	-0.3067	-0.2153	0.2723	0.0582	0.0415	0.3375	0.0504	0.3279	40.9429	-2.1609	87.2128
16	1.4509	1.4242	-0.845	3.0701	0.3131	2.3224	0.0569	-0.0213	0.0414	-0.0057	-0.0096	0.001	-0.1915	0.0374	-0.0877	0.3053	0.0615	0.0457	0.325	0.0345	0.3359	47.519	-6.4067	80.6336

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid -2 through 32 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 33 through 168 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 169 through 202 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 203 through 233 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 234 through 267 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 268 through 322 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 323 through 349 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 350 through 385 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid -1 through 168 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 169 through 270 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 271 through 346 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 347 through 386 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'C' and (resid -1 through 202 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'C' and (resid 203 through 276 )
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'C' and (resid 277 through 346 )
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'C' and (resid 347 through 385 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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