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万見
- PDB-6mrn: Crystal Structure of ChlaDUB2 DUB domain -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6mrn
タイトルCrystal Structure of ChlaDUB2 DUB domain
要素Deubiquitinase and deneddylase Dub2
キーワードHYDROLASE (加水分解酵素) / Chlamydia (性器クラミジア感染症) / Inclusion / Membrane (生体膜)
機能・相同性
機能・相同性情報


deNEDDylase activity / protein deneddylation / 宿主 / protein deubiquitination / cysteine-type deubiquitinase activity / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; システインプロテアーゼ / extracellular region / 生体膜
類似検索 - 分子機能
Ulp1 protease family, C-terminal catalytic domain / Ulp1 protease family, C-terminal catalytic domain / Papain-like cysteine peptidase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Deubiquitinase and deneddylase Dub2
類似検索 - 構成要素
生物種Chlamydia trachomatis serovar L2 (トラコーマクラミジア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.29 Å
データ登録者Hausman, J.M. / Das, C.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Human Genome Research Institute (NIH/NHGRI)2R01GM103401 米国
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2020
タイトル: The Two Deubiquitinating Enzymes fromChlamydia trachomatisHave Distinct Ubiquitin Recognition Properties.
著者: Hausman, J.M. / Kenny, S. / Iyer, S. / Babar, A. / Qiu, J. / Fu, J. / Luo, Z.Q. / Das, C.
履歴
登録2018年10月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年10月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年12月18日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.22020年4月22日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.32020年5月13日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title
改定 1.42023年10月11日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Deubiquitinase and deneddylase Dub2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,5341
ポリマ－28,5341
非ポリマー00
水57632
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area11780 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)40.363, 74.372, 77.407
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Deubiquitinase and deneddylase Dub2 / ChlaDub2


分子量: 28534.320 Da / 分子数: 1 / 断片: residues 93-339 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Chlamydia trachomatis serovar L2 (strain 434/Bu / ATCC VR-902B) (トラコーマクラミジア)
株: 434/Bu / ATCC VR-902B / 遺伝子: cdu2, CTL0246 / プラスミド: pGEX-6P-1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21
参照: UniProt: B0B999, 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; システインプロテアーゼ
#2: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 32 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.04 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.63 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 0.1M HEPES sodium pH 7.5, 2% (v/v) PEG 400, 2M ammonium sulfate, 0.3M NDSB-195

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データ収集

回折平均測定温度: 193 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-B / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年11月12日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.29→53.63 Å / Num. obs: 10827 / % possible obs: 98.72 % / 冗長度: 5.3 % / Biso Wilson estimate: 33.99 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.181 / Rpim(I) all: 0.107 / Rrim(I) all: 0.2 / Net I/σ(I): 17
反射 シェル解像度: 2.34→2.4 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0103精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5HAG

5hag


解像度: 2.29→53.63 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.953 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.917 / SU B: 9.357 / SU ML: 0.216 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.398 / ESU R Free: 0.251 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.24725 530 4.9 %RANDOM
Rwork0.1956 ---
obs0.19828 10306 98.72 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 41.496 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.47 Å2-0 Å2-0 Å2
2---3.27 Å20 Å2
3---5.74 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.29→53.63 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1911 0 0 32 1943
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0150.0191951
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.021783
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7921.9512654
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.06734117
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.7695238
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.70424.39691
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.86815321
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.5541511
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1010.2296
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.0212206
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02453
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it3.2323.95958
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other3.2323.948957
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it4.9295.9121194
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other4.9275.9141195
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.9174.351993
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other3.9154.352994
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other6.1466.3431461
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined8.15331.3772172
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other8.15531.3682169
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.292→2.351 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.323 34 -
Rwork0.29 696 -
obs--92.41 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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