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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6lye | |||||||||
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タイトル | Crystal Structure of mimivirus UNG Y322F in complex with UGI | |||||||||
要素 |
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キーワード | DNA BINDING PROTEIN/INHIBITOR / UDG / UNG / uracil DNA glycosylase / UGI / DNA BINDING PROTEIN-INHIBITOR complex | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | |||||||||
生物種 | Acanthamoeba polyphaga mimivirus (ミミウイルス) Bacillus phage PBS2 (ファージ) | |||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.1 Å | |||||||||
データ登録者 | Pathak, D. / Kwon, E. / Kim, D.Y. | |||||||||
資金援助 | 韓国, 2件
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引用 | ジャーナル: J.Struct.Biol. / 年: 2020 タイトル: Selective interactions between mimivirus uracil-DNA glycosylase and inhibitory proteins determined by a single amino acid. 著者: Pathak, D. / Kwon, E. / Kim, D.Y. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6lye.cif.gz | 84.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6lye.ent.gz | 62.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6lye.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ly/6lye ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ly/6lye | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 31831.734 Da / 分子数: 1 / 変異: Y322F / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Acanthamoeba polyphaga mimivirus (ミミウイルス) 遺伝子: UNG, MIMI_L249 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) 参照: UniProt: Q5UPT2, 加水分解酵素; 糖加水分解酵素; N-グリコシル化合物加水分解酵素 |
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#2: タンパク質 | 分子量: 9351.478 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus phage PBS2 (ファージ) / 遺伝子: UGI / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P14739 |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.16 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.14 % |
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結晶化 | 温度: 295 K / 手法: batch mode 詳細: 16.75% (v/v) PEG3350, 8% (v/v) PEG400, and 0.1 M sodium acetate/acetic acid pH 5.5 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 80 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 11C / 波長: 0.97933 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年3月12日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97933 Å / 相対比: 1 |
Reflection twin | Operator: h,-h-k,-l / Fraction: 0.34 |
反射 | 解像度: 3.1→45.133 Å / Num. obs: 9163 / % possible obs: 97.6 % / 冗長度: 4.25 % / Rmerge(I) obs: 0.127 / Net I/σ(I): 8.3 |
反射 シェル | 解像度: 3.1→3.31 Å / Rmerge(I) obs: 0.604 / Num. unique obs: 1685 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 5X55 解像度: 3.1→45.133 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 79.49 / 位相誤差: 25 / 立体化学のターゲット値: TWIN_LSQ_F
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 153.15 Å2 / Biso mean: 75.172 Å2 / Biso min: 39.46 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 3.1→45.133 Å
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 3
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