PDB-6kia: NADH bound structure of FabMG, novel type of Enoyl-acyl carrier p...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6kia

タイトル

NADH bound structure of FabMG, novel type of Enoyl-acyl carrier protein reductase

要素

Enoyl-acyl carrier protein reductase

エノイル(アシル輸送タンパク質)レダクターゼ (NADH)

キーワード

OXIDOREDUCTASE (酸化還元酵素) /

Enoyl-acyl carrier protein reductase (エノイル(アシル輸送タンパク質)レダクターゼ (NADH)) / FabMG

機能・相同性

1,4-DIHYDRONICOTINAMIDE ADENINE DINUCLEOTIDE / SIR2_2 domain-containing protein

機能・相同性情報

生物種

uncultured bacterium (環境試料)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 1.5979826945 Å

データ登録者

Kim, S. / Rhee, S.

資金援助

韓国, 2件

引用

ジャーナル: Febs J. / 年: 2020
タイトル: A triclosan-resistance protein from the soil metagenome is a novel enoyl-acyl carrier protein reductase: Structure-guided functional analysis.
著者: Kim, S.H. / Khan, R. / Choi, K. / Lee, S.W. / Rhee, S.

履歴

登録	2019年7月17日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2020年5月20日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2020年11月25日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.2	2024年3月27日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ncs_dom_lim Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6kia.cif.gz	626.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6kia.ent.gz	426.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6kia.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ki/6kia ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ki/6kia	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6ki9C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6ob3-1 6ki9-1 6ob3-2 6ob2-2 4b2z-1 6hhh-d 6gwh-d 1f4u-1 6xix-3 6xix-4 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#102 - 2008年6月乳酸脱水素酵素 (Lactate Dehydrogenase) 類似性 (1) #93 - 2007年9月クエン酸合成酵素 (Citrate Synthase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Enoyl-acyl carrier protein reductase

B: Enoyl-acyl carrier protein reductase

C: Enoyl-acyl carrier protein reductase

ヘテロ分子

150 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Enoyl-acyl carrier protein reductase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
50.1 kDa, 1 ポリマー
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2

B: Enoyl-acyl carrier protein reductase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
50.1 kDa, 1 ポリマー
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3

C: Enoyl-acyl carrier protein reductase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
50.1 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	63.558, 138.219, 157.408
Angle α, β, γ (deg.)	90.0, 90.0, 90.0
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁
Space group name Hall	P2ac2ab
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: x+1/2,-y+1/2,-z #3: -x,y+1/2,-z+1/2 #4: -x+1/2,-y,z+1/2

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID
1	1
2	1
3	1

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-ID	Component-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	MET	MET	PHE	PHE	chain 'A'	A	A	1 - 16	1 - 16
1	2	VAL	VAL	GLY	GLY	chain 'A'	A	A	21 - 54	21 - 54
1	3	ASN	ASN	ARG	ARG	chain 'A'	A	A	60 - 63	60 - 63
1	4	GLY	GLY	ILE	ILE	chain 'A'	A	A	78 - 81	78 - 81
1	5	ASN	ASN	VAL	VAL	chain 'A'	A	A	83 - 84	83 - 84
1	6	LEU	LEU	PRO	PRO	chain 'A'	A	A	86 - 95	86 - 95
1	7	GLU	GLU	CYS	CYS	chain 'A'	A	A	98 - 126	98 - 126
1	8	ALA	ALA	ARG	ARG	chain 'A'	A	A	128 - 133	128 - 133
1	9	LYS	LYS	VAL	VAL	chain 'A'	A	A	135 - 138	135 - 138
1	10	ALA	ALA	SER	SER	chain 'A'	A	A	155 - 220	155 - 220
1	11	ALA	ALA	GLU	GLU	chain 'A'	A	A	222 - 228	222 - 228
1	12	TYR	TYR	LYS	LYS	chain 'A'	A	A	236 - 278	236 - 278
1	13	GLY	GLY	GLU	GLU	chain 'A'	A	A	280 - 316	280 - 316
1	14	GLN	GLN	CYS	CYS	chain 'A'	A	A	325 - 329	325 - 329
1	15	THR	THR	HIS	HIS	chain 'A'	A	A	338 - 387	338 - 387
1	16	ALA	ALA	HIS	HIS	chain 'A'	A	A	392 - 437	392 - 437
2	17	MET	MET	PHE	PHE	chain 'B'	B	B	1 - 16	1 - 16
2	18	VAL	VAL	GLY	GLY	chain 'B'	B	B	21 - 54	21 - 54
2	19	ASN	ASN	ARG	ARG	chain 'B'	B	B	60 - 63	60 - 63
2	20	GLY	GLY	ILE	ILE	chain 'B'	B	B	78 - 81	78 - 81
2	21	ASN	ASN	VAL	VAL	chain 'B'	B	B	83 - 84	83 - 84
2	22	LEU	LEU	PRO	PRO	chain 'B'	B	B	86 - 95	86 - 95
2	23	GLU	GLU	CYS	CYS	chain 'B'	B	B	98 - 126	98 - 126
2	24	ALA	ALA	ARG	ARG	chain 'B'	B	B	128 - 133	128 - 133
2	25	LYS	LYS	VAL	VAL	chain 'B'	B	B	135 - 138	135 - 138
2	26	ALA	ALA	SER	SER	chain 'B'	B	B	155 - 220	155 - 220
2	27	ALA	ALA	GLU	GLU	chain 'B'	B	B	222 - 228	222 - 228
2	28	TYR	TYR	LYS	LYS	chain 'B'	B	B	236 - 278	236 - 278
2	29	GLY	GLY	GLU	GLU	chain 'B'	B	B	280 - 316	280 - 316
2	30	GLN	GLN	CYS	CYS	chain 'B'	B	B	325 - 329	325 - 329
2	31	THR	THR	HIS	HIS	chain 'B'	B	B	338 - 387	338 - 387
2	32	ALA	ALA	HIS	HIS	chain 'B'	B	B	392 - 437	392 - 437
3	33	MET	MET	PHE	PHE	chain 'C'	C	C	1 - 16	1 - 16
3	34	VAL	VAL	GLY	GLY	chain 'C'	C	C	21 - 54	21 - 54
3	35	ASN	ASN	ARG	ARG	chain 'C'	C	C	60 - 63	60 - 63
3	36	GLY	GLY	ILE	ILE	chain 'C'	C	C	78 - 81	78 - 81
3	37	ASN	ASN	VAL	VAL	chain 'C'	C	C	83 - 84	83 - 84
3	38	LEU	LEU	PRO	PRO	chain 'C'	C	C	86 - 95	86 - 95
3	39	GLU	GLU	CYS	CYS	chain 'C'	C	C	98 - 126	98 - 126
3	40	ALA	ALA	ARG	ARG	chain 'C'	C	C	128 - 133	128 - 133
3	41	LYS	LYS	VAL	VAL	chain 'C'	C	C	135 - 138	135 - 138
3	42	ALA	ALA	SER	SER	chain 'C'	C	C	155 - 220	155 - 220
3	43	ALA	ALA	GLU	GLU	chain 'C'	C	C	222 - 228	222 - 228
3	44	TYR	TYR	LYS	LYS	chain 'C'	C	C	236 - 278	236 - 278
3	45	GLY	GLY	GLU	GLU	chain 'C'	C	C	280 - 316	280 - 316
3	46	GLN	GLN	CYS	CYS	chain 'C'	C	C	325 - 329	325 - 329
3	47	THR	THR	HIS	HIS	chain 'C'	C	C	338 - 387	338 - 387
3	48	ALA	ALA	HIS	HIS	chain 'C'	C	C	392 - 437	392 - 437

#1: タンパク質	Enoyl-acyl carrier protein reductase / エノイル(アシル輸送タンパク質)レダクターゼ (NADH) / FabMG 分子量: 49423.273 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) uncultured bacterium (環境試料) / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: A0A1C9HA64
#2: 化合物	ChemComp-NAI / 1,4-DIHYDRONICOTINAMIDE ADENINE DINUCLEOTIDE / NADH / NADH / ニコチンアミドアデニンジヌクレオチド分子量: 665.441 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₁H₂₉N₇O₁₄P₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 863 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.42 Å³/Da / 溶媒含有率: 49.2 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 / 詳細: 0.1M Bis-Tris(pH 6.5) and 23%(w/v) PEG 3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 7A (6B, 6C1) / 波長: 0.97934 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2015年10月27日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97934 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.59→50 Å / Num. obs: 183554 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 6.8 % / B_iso Wilson estimate: 22.5843519283 Å² / CC_1/2: 0.998 / R_merge(I) obs: 0.1 / Net I/av σ(I): 18.56 / Net I/σ(I): 18.5641
反射シェル	解像度: 1.6→1.66 Å / R_merge(I) obs: 1.718 / Mean I/σ(I) obs: 0.91 / Num. unique obs: 18110 / CC_1/2: 0.413

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.9_1692	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 1.5979826945→29.8088480406 Å / SU ML: 0.22355122888 / 交差検証法: NONE / σ(F): 1.32549687557 / 位相誤差: 27.9406550745

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.25863972043	1987	1.09312164073 %
R_work	0.224008913351	179786	-
obs	0.224383768772	181773	99.0232395977 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 40.0508075412 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.5979826945→29.8088480406 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	9669	0	132	863	10664

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.00793275714851	9995
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.18159848336	13531
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0531609553839	1513
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.00653322116033	1723
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.3267101223	3605

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.598-1.6379	0.38626709289	140	0.332052271082	12620	X-RAY DIFFRACTION	98.2520982521
1.6379-1.6822	0.316298604235	141	0.299536982126	12796	X-RAY DIFFRACTION	99.8071285295
1.6822-1.7317	0.305571782793	143	0.277562922726	12817	X-RAY DIFFRACTION	99.8613037448
1.7317-1.7876	0.320223730198	142	0.264515916737	12842	X-RAY DIFFRACTION	99.9461165422
1.7876-1.8515	0.260801516404	142	0.262951050269	12846	X-RAY DIFFRACTION	99.8232265007
1.8515-1.9256	0.390601803955	142	0.378357091157	12668	X-RAY DIFFRACTION	98.1910164035
1.9256-2.0132	0.349157790687	140	0.269993067631	12797	X-RAY DIFFRACTION	99.5077301746
2.0132-2.1193	0.220902908066	143	0.219089406063	12902	X-RAY DIFFRACTION	99.7400412876
2.1193-2.2521	0.291306024687	141	0.25889385497	12700	X-RAY DIFFRACTION	98.2854955989
2.2521-2.4259	0.301135287622	136	0.247340948253	12689	X-RAY DIFFRACTION	97.7291777795
2.4259-2.6699	0.255058897738	142	0.216629471672	12941	X-RAY DIFFRACTION	99.68
2.6699-3.0559	0.219581993181	145	0.210336190744	13000	X-RAY DIFFRACTION	99.605971054
3.0559-3.8488	0.248756076341	145	0.185246209625	13073	X-RAY DIFFRACTION	99.4806954166
3.8488-29.8	0.213021169374	145	0.18599593384	13095	X-RAY DIFFRACTION	96.5436779933

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: -15.4902999696 Å / Origin y: 22.3248696794 Å / Origin z: 31.654328472 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	0.13579946301 Å²	0.00911572628517 Å²	0.012352505718 Å²	-	0.234049889136 Å²	0.0569311446211 Å²	-	-	0.269619537206 Å²
L	0.0789678952009 °²	-0.0219963903254 °²	-0.015951023182 °²	-	0.26670197045 °²	-0.0389557712255 °²	-	-	0.124799730939 °²
S	-0.0166795782314 Å °	-0.0672644134411 Å °	-0.0366450982623 Å °	0.11739770867 Å °	0.0122883422945 Å °	0.0239798521048 Å °	0.00358792013975 Å °	-0.00463836053965 Å °	0.00706790132173 Å °

精密化 TLSグループ

Selection details: all

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