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万見
- PDB-6kaf: C2S2M2N2-type PSII-LHCII -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6kaf
タイトルC2S2M2N2-type PSII-LHCII
要素
  • (Chlorophyll a-b binding protein, ...) x 2
  • (Cytochrome b559 subunit ...) x 2
  • (Photosystem II ...) x 14
  • 4.1 kDa photosystem II subunit
  • Chlorophyll a-b binding protein CP29
  • Oxygen-evolving enhancer protein 1 of photosystem II
キーワードPHOTOSYNTHESIS / Photosystem II / C2S2M2N2-type PSII-LHCII
機能・相同性
機能・相同性情報


thylakoid light-harvesting complex / photosystem II antenna complex / nonphotochemical quenching / PSII associated light-harvesting complex II / plastoglobule / photosystem II oxygen evolving complex / photosystem II assembly / photosynthesis, light harvesting in photosystem I / oxygen evolving activity / photosystem II stabilization ...thylakoid light-harvesting complex / photosystem II antenna complex / nonphotochemical quenching / PSII associated light-harvesting complex II / plastoglobule / photosystem II oxygen evolving complex / photosystem II assembly / photosynthesis, light harvesting in photosystem I / oxygen evolving activity / photosystem II stabilization / photosystem II / photosystem II reaction center / chloroplast envelope / oxidoreductase activity, acting on diphenols and related substances as donors, oxygen as acceptor / photosystem I / photosynthetic electron transport chain / response to herbicide / photosystem II / chlorophyll binding / photosynthesis, light reaction / electron transporter, transferring electrons within the cyclic electron transport pathway of photosynthesis activity / phosphate ion binding / chloroplast thylakoid membrane / response to light stimulus / photosynthetic electron transport in photosystem II / photosynthesis / protein stabilization / electron transfer activity / iron ion binding / protein domain specific binding / mRNA binding / heme binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Photosystem II PsbW, class 2 / Photosystem II reaction centre W protein (PsbW) / Photosystem II PsbO, manganese-stabilising / Manganese-stabilising protein / photosystem II polypeptide / Photosystem II reaction centre M protein (PsbM) / Photosystem II PsbM superfamily / Photosystem II PsbM / Photosystem II PsbZ, reaction centre / Photosystem II PsbZ superfamily / YCF9 ...Photosystem II PsbW, class 2 / Photosystem II reaction centre W protein (PsbW) / Photosystem II PsbO, manganese-stabilising / Manganese-stabilising protein / photosystem II polypeptide / Photosystem II reaction centre M protein (PsbM) / Photosystem II PsbM superfamily / Photosystem II PsbM / Photosystem II PsbZ, reaction centre / Photosystem II PsbZ superfamily / YCF9 / Photosystem II PsbX / Photosystem II reaction centre X protein (PsbX) / Photosystem II CP43 reaction centre protein superfamily / Photosystem II PsbT / Photosystem II PsbL / Photosystem II PsbL superfamily / Photosystem II PsbT superfamily / Photosystem II reaction centre T protein / PsbL protein / Photosystem II CP43 reaction centre protein / Photosystem II PsbK / Photosystem II PsbK superfamily / Photosystem II 4 kDa reaction centre component / Photosystem II CP47 reaction centre protein / Photosystem II PsbI / Photosystem II PsbI superfamily / Photosystem II reaction centre I protein (PSII 4.8 kDa protein) / Chlorophyll A-B binding protein, plant and chromista / Photosystem II reaction centre protein H / Photosystem II protein D1 / Photosystem II D2 protein / Photosystem II cytochrome b559, conserved site / Photosystem II cytochrome b559, alpha subunit / Photosystem II cytochrome b559, beta subunit / Photosystem II cytochrome b559, N-terminal / Photosystem II cytochrome b559, alpha subunit, lumenal region / Photosystem II reaction centre protein H superfamily / Photosystem II cytochrome b559, alpha subunit superfamily / Cytochrome b559, alpha (gene psbE) and beta (gene psbF)subunits / Lumenal portion of Cytochrome b559, alpha (gene psbE) subunit / Photosystem II 10 kDa phosphoprotein / Cytochrome b559 subunits heme-binding site signature. / Chlorophyll A-B binding protein / Chlorophyll A-B binding protein / Photosystem antenna protein-like / Photosystem antenna protein-like superfamily / Photosystem II protein / Outer membrane protein/outer membrane enzyme PagP, beta-barrel / Photosynthetic reaction centre, L/M / Photosystem II protein D1/D2 superfamily / Photosynthetic reaction centre protein / Photosynthetic reaction center proteins signature.
類似検索 - ドメイン・相同性
BETA-CAROTENE / BICARBONATE ION / CHLOROPHYLL B / CHLOROPHYLL A / DIGALACTOSYL DIACYL GLYCEROL (DGDG) / : / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE / 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE / Chem-LUT ...BETA-CAROTENE / BICARBONATE ION / CHLOROPHYLL B / CHLOROPHYLL A / DIGALACTOSYL DIACYL GLYCEROL (DGDG) / : / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE / 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE / Chem-LUT / Chem-NEX / PHEOPHYTIN A / Chem-PL9 / Chem-SQD / Chem-XAT / Uncharacterized protein / Oxygen-evolving enhancer protein 1 of photosystem II / Photosystem II D2 protein / Photosystem II protein D1 / Photosystem II CP43 reaction center protein / Photosystem II reaction center protein K / Photosystem II reaction center protein H / Photosystem II reaction center protein L / Photosystem II CP47 reaction center protein / Photosystem II reaction center protein T / Cytochrome b559 subunit alpha / Photosystem II reaction center protein I / Photosystem II reaction center protein Z / Photosystem II reaction center protein M / Cytochrome b559 subunit beta / Chlorophyll a-b binding protein CP29 / Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic / Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic / Photosystem II reaction center W protein, chloroplastic
類似検索 - 構成要素
生物種Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.73 Å
データ登録者Chang, S.H. / Shen, L.L. / Huang, Z.H. / Wang, W.D. / Han, G.Y. / Shen, J.R. / Zhang, X.
資金援助 中国, 3件
組織認可番号国
Chinese Academy of SciencesQYZDY-SSW-SMC003 中国
Chinese Academy of SciencesXDB17000000 中国
National Basic Research Program of China(973 Program)2015CB150100 中国
引用ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / 年: 2019
タイトル: Structure of a CSMN-type PSII-LHCII supercomplex from the green alga .
著者: Liangliang Shen / Zihui Huang / Shenghai Chang / Wenda Wang / Jingfen Wang / Tingyun Kuang / Guangye Han / Jian-Ren Shen / Xing Zhang /
要旨: Photosystem II (PSII) in the thylakoid membranes of plants, algae, and cyanobacteria catalyzes light-induced oxidation of water by which light energy is converted to chemical energy and molecular ...Photosystem II (PSII) in the thylakoid membranes of plants, algae, and cyanobacteria catalyzes light-induced oxidation of water by which light energy is converted to chemical energy and molecular oxygen is produced. In higher plants and most eukaryotic algae, the PSII core is surrounded by variable numbers of light-harvesting antenna complex II (LHCII), forming a PSII-LHCII supercomplex. In order to harvest energy efficiently at low-light-intensity conditions under water, a complete PSII-LHCII supercomplex (CSMN) of the green alga (Cr) contains more antenna subunits and pigments than the dominant PSII-LHCII supercomplex (CSM) of plants. The detailed structure and energy transfer pathway of the Cr-PSII-LHCII remain unknown. Here we report a cryoelectron microscopy structure of a complete, CSMN-type PSII-LHCII supercomplex from at 3.37-Å resolution. The results show that the Cr-CSMN supercomplex is organized as a dimer, with 3 LHCII trimers, 1 CP26, and 1 CP29 peripheral antenna subunits surrounding each PSII core. The N-LHCII trimer partially occupies the position of CP24, which is present in the higher-plant PSII-LHCII but absent in the green alga. The M trimer is rotated relative to the corresponding M trimer in plant PSII-LHCII. In addition, some unique features were found in the green algal PSII core. The arrangement of a huge number of pigments allowed us to deduce possible energy transfer pathways from the peripheral antennae to the PSII core.
履歴
登録2019年6月22日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02019年10月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年10月30日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.22019年11月20日Group: Derived calculations / カテゴリ: pdbx_struct_conn_angle / struct_conn

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
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  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-9957
  • UCSF Chimeraによる作画
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ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
r: Chlorophyll a-b binding protein CP29
a: Photosystem II protein D1
d: Photosystem II D2 protein
f: Cytochrome b559 subunit beta
h: Photosystem II reaction center protein H
i: Photosystem II reaction center protein I
j: Photosystem II reaction center protein J, PsbJ
k: Photosystem II reaction center protein K
l: Photosystem II reaction center protein L
m: Photosystem II reaction center protein M
o: Oxygen-evolving enhancer protein 1 of photosystem II
t: Photosystem II reaction center protein T
w: Photosystem II reaction center W protein, chloroplastic
x: 4.1 kDa photosystem II subunit
z: Photosystem II reaction center protein Z
Y: Photosystem II reaction center protein 30, Psb30
A: Photosystem II protein D1
E: Cytochrome b559 subunit alpha
F: Cytochrome b559 subunit beta
H: Photosystem II reaction center protein H
I: Photosystem II reaction center protein I
J: Photosystem II reaction center protein J, PsbJ
K: Photosystem II reaction center protein K
L: Photosystem II reaction center protein L
M: Photosystem II reaction center protein M
T: Photosystem II reaction center protein T
W: Photosystem II reaction center W protein, chloroplastic
Z: Photosystem II reaction center protein Z
y: Photosystem II reaction center protein 30, Psb30
1: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic
2: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic
3: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic
4: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic
5: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic
6: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic
v: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic
p: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic
q: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic
V: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic
P: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic
Q: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic
U: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic
N: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic
G: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic
u: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic
n: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic
g: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic
R: Chlorophyll a-b binding protein CP29
S: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic
C: Photosystem II CP43 reaction center protein
B: Photosystem II CP47 reaction center protein
O: Oxygen-evolving enhancer protein 1 of photosystem II
D: Photosystem II D2 protein
X: 4.1 kDa photosystem II subunit
b: Photosystem II CP47 reaction center protein
e: Cytochrome b559 subunit alpha
c: Photosystem II CP43 reaction center protein
s: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,662,088610
ポリマ－1,211,82658
非ポリマー450,263552
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

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タンパク質 , 3種, 6分子 rRoOxX

#1: タンパク質 Chlorophyll a-b binding protein CP29 / Lhcbm4


分子量: 29970.846 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
参照: UniProt: Q93WD2
#11: タンパク質 Oxygen-evolving enhancer protein 1 of photosystem II


分子量: 30614.748 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
参照: UniProt: A8J0E4
#14: タンパク質 4.1 kDa photosystem II subunit


分子量: 9894.716 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
参照: UniProt: A8I846

-
Photosystem II ... , 14種, 28分子 aAdDhHiIjJkKlLmMtTwWzZYyCcBb

#2: タンパク質 Photosystem II protein D1 / PSII D1 protein / 32 kDa thylakoid membrane protein / Photosystem II Q(B) protein


分子量: 39066.340 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
参照: UniProt: P07753, photosystem II
#3: タンパク質 Photosystem II D2 protein / PSII D2 protein / Photosystem Q(A) protein


分子量: 39474.031 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
参照: UniProt: P06007, photosystem II
#5: タンパク質 Photosystem II reaction center protein H / PSII-H / Photosystem II 8 kDa phosphoprotein


分子量: 9445.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
参照: UniProt: P22666
#6: タンパク質・ペプチド Photosystem II reaction center protein I / PSII-I / PSII 4.8 kDa protein


分子量: 4245.035 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
参照: UniProt: P59763
#7: タンパク質・ペプチド Photosystem II reaction center protein J, PsbJ


分子量: 5725.746 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
#8: タンパク質・ペプチド Photosystem II reaction center protein K / PSII-K


分子量: 5062.142 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
参照: UniProt: P18263
#9: タンパク質・ペプチド Photosystem II reaction center protein L / PSII-L


分子量: 4431.229 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
参照: UniProt: P32974
#10: タンパク質・ペプチド Photosystem II reaction center protein M / PSII-M


分子量: 3762.433 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
参照: UniProt: P92277
#12: タンパク質・ペプチド Photosystem II reaction center protein T / PSII-T


分子量: 3639.438 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
参照: UniProt: P37256
#13: タンパク質 Photosystem II reaction center W protein, chloroplastic / PSII 6.1 kDa protein


分子量: 12155.054 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
参照: UniProt: Q9SPI9
#15: タンパク質 Photosystem II reaction center protein Z / PSII-Z


分子量: 6565.863 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
参照: UniProt: P92276
#16: タンパク質・ペプチド Photosystem II reaction center protein 30, Psb30


分子量: 3333.058 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
#20: タンパク質 Photosystem II CP43 reaction center protein / PSII 43 kDa protein / Protein CP-43 / Protein P6


分子量: 50680.738 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
参照: UniProt: P10898
#21: タンパク質 Photosystem II CP47 reaction center protein / PSII 47 kDa protein / Protein CP-47


分子量: 56159.820 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
参照: UniProt: P37255

-
Cytochrome b559 subunit ... , 2種, 4分子 fFEe

#4: タンパク質・ペプチド Cytochrome b559 subunit beta / PSII reaction center subunit VI


分子量: 4986.013 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
参照: UniProt: Q08363
#17: タンパク質 Cytochrome b559 subunit alpha / PSII reaction center subunit V


分子量: 9312.598 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
参照: UniProt: P48268

-
Chlorophyll a-b binding protein, ... , 2種, 20分子 123456vpqVPQUNGungSs

#18: タンパク質
Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic


分子量: 27405.008 Da / 分子数: 18 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
参照: UniProt: Q93WL4
#19: タンパク質 Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic


分子量: 30742.830 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
参照: UniProt: Q9FEK6

-
糖 , 1種, 10分子

#36: 糖
ChemComp-DGD / DIGALACTOSYL DIACYL GLYCEROL (DGDG)


タイプ: saccharide / 分子量: 949.299 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: C51H96O15

-
非ポリマー , 15種, 542分子

#22: 化合物...
ChemComp-CLA / CHLOROPHYLL A


分子量: 893.489 Da / 分子数: 252 / 由来タイプ: 合成 / 式: C55H72MgN4O5 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#23: 化合物...
ChemComp-LUT / (3R,3'R,6S)-4,5-DIDEHYDRO-5,6-DIHYDRO-BETA,BETA-CAROTENE-3,3'-DIOL / (3R,3'R)-BETA,BETA-CAROTENE-3,3'-DIOL, LUTEIN


分子量: 568.871 Da / 分子数: 30 / 由来タイプ: 合成 / 式: C40H56O2
#24: 化合物
ChemComp-XAT / (3S,5R,6S,3'S,5'R,6'S)-5,6,5',6'-DIEPOXY-5,6,5',6'- TETRAHYDRO-BETA,BETA-CAROTENE-3,3'-DIOL / VIOLAXANTHIN / 13-cis-ビオラキサンチン


分子量: 600.870 Da / 分子数: 20 / 由来タイプ: 合成 / 式: C40H56O4
#25: 化合物...
ChemComp-LHG / 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE / ジパルミトイルホスファチジルグリセロ-ル


分子量: 722.970 Da / 分子数: 40 / 由来タイプ: 合成 / 式: C38H75O10P / コメント: リン脂質*YM
#26: 化合物...
ChemComp-CHL / CHLOROPHYLL B


分子量: 907.472 Da / 分子数: 122 / 由来タイプ: 合成 / 式: C55H70MgN4O6 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#27: 化合物
ChemComp-NEX / (1R,3R)-6-{(3E,5E,7E,9E,11E,13E,15E,17E)-18-[(1S,4R,6R)-4-HYDROXY-2,2,6-TRIMETHYL-7-OXABICYCLO[4.1.0]HEPT-1-YL]-3,7,12,16-TETRAMETHYLOCTADECA-1,3,5,7,9,11,13,15,17-NONAENYLIDENE}-1,5,5-TRIMETHYLCYCLOHEXANE-1,3-DIOL / (3S,5R,6R,3'S,5'R,6'S)-5',6'-EPOXY-6,7-DIDEHYDRO- 5,6,5',6'-TETRAHYDRO-BETA,BETA-CAROTENE-3,5,3'-TRIOL, 9'-CIS-NEOXANTHIN


分子量: 600.870 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 合成 / 式: C40H56O4
#28: 化合物 ChemComp-FE2 / FE (II) ION


分子量: 55.845 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe
#29: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#30: 化合物
ChemComp-PHO / PHEOPHYTIN A / 132α-(メトキシカルボニル)-31,32-ジデヒ(以下略)


分子量: 871.200 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C55H74N4O5 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#31: 化合物...
ChemComp-BCR / BETA-CAROTENE / β-カロチン


分子量: 536.873 Da / 分子数: 22 / 由来タイプ: 合成 / 式: C40H56
#32: 化合物
ChemComp-SQD / 1,2-DI-O-ACYL-3-O-[6-DEOXY-6-SULFO-ALPHA-D-GLUCOPYRANOSYL]-SN-GLYCEROL / SULFOQUINOVOSYLDIACYLGLYCEROL / (2S)-1-O,2-O-ジパルミトイル-3-O-(6-スルホ-6-デオキシ-α-D-グルコピラノシル)グリセロ-ル


分子量: 795.116 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C41H78O12S
#33: 化合物
ChemComp-PL9 / 2,3-DIMETHYL-5-(3,7,11,15,19,23,27,31,35-NONAMETHYL-2,6,10,14,18,22,26,30,34-HEXATRIACONTANONAENYL-2,5-CYCLOHEXADIENE-1,4-DIONE-2,3-DIMETHYL-5-SOLANESYL-1,4-BENZOQUINONE / PLASTOQUINONE 9


分子量: 749.201 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C53H80O2
#34: 化合物
ChemComp-LMG / 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE


分子量: 787.158 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 合成 / 式: C45H86O10
#35: 化合物 ChemComp-BCT / BICARBONATE ION / 炭酸水素アニオン


分子量: 61.017 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: CHO3 / コメント: pH緩衝剤*YM
#37: 化合物 ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: C2S2M2N2-type PSII-LHCII supercomplex of Chlamydomonas reinhardtii
タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#21 / 由来: NATURAL
由来(天然)生物種: Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
緩衝液pH: 7.5
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 %

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: OTHER
電子レンズモード: BRIGHT FIELD
撮影電子線照射量: 50 e/Å2 / 検出モード: SUPER-RESOLUTION
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
phenix.real_space_refine1.13_2998精密化
PHENIX1.13_2998精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 3.73 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 89018 / 対称性のタイプ: POINT
精密化立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.0069109779
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d2.5784154320
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.070913650
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.007219369
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d18.060156804

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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