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- PDB-6k8p: Structural and catalytic analysis of two diverse uridine phosphor... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6k8p
タイトルStructural and catalytic analysis of two diverse uridine phosphorylases in the oomycete Phytophthora capsici.
要素Uridine phosphorylase
キーワードTRANSFERASE (転移酵素) / uridine phosphorylase / phytophthora capsici / thymidine (チミジン)
機能・相同性
機能・相同性情報


uridine phosphorylase / uridine phosphorylase activity / nucleoside metabolic process
類似検索 - 分子機能
Nucleoside phosphorylase domain / Phosphorylase superfamily / Nucleoside phosphorylase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
リン酸塩 / 1-O-phosphono-alpha-D-ribofuranose / チミン / チミジン / Uridine phosphorylase
類似検索 - 構成要素
生物種Phytophthora capsici LT1534 (真核生物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.965 Å
データ登録者Yang, C.C. / Zhang, X.G.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of ChinaCARS-25-03B 中国
引用ジャーナル: Sci Rep / 年: 2020
タイトル: Structural and catalytic analysis of two diverse uridine phosphorylases in Phytophthora capsici.
著者: Yang, C. / Li, J. / Huang, Z. / Zhang, X. / Gao, X. / Zhu, C. / Morris, P.F. / Zhang, X.
履歴
登録2019年6月13日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02019年11月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年5月27日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.title / _citation.year
改定 1.22020年6月17日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id ..._atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12023年11月22日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Uridine phosphorylase
B: Uridine phosphorylase
C: Uridine phosphorylase
D: Uridine phosphorylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)133,99312
ポリマ－132,6064
非ポリマー1,3878
水10,521584
1
A: Uridine phosphorylase
B: Uridine phosphorylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)66,9966
ポリマ－66,3032
非ポリマー6934
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7040 Å2
ΔGint-29 kcal/mol
Surface area20910 Å2
手法PISA
2
C: Uridine phosphorylase
D: Uridine phosphorylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)66,9966
ポリマ－66,3032
非ポリマー6934
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6930 Å2
ΔGint-29 kcal/mol
Surface area20880 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)66.956, 97.330, 188.346
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP22121

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要素

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タンパク質 / 糖 , 2種, 6分子 ABCD

#1: タンパク質
Uridine phosphorylase /


分子量: 33151.461 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: thymidine
由来: (組換発現) Phytophthora capsici LT1534 (真核生物)
遺伝子: up / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A410UCT3, uridine phosphorylase
#4: 糖 ChemComp-R1P / 1-O-phosphono-alpha-D-ribofuranose / RIBOSE-1-PHOSPHATE / 1-O-phosphono-alpha-D-ribose / 1-O-phosphono-D-ribose / 1-O-phosphono-ribose / α-D-リボフラノ-ス1-りん酸


タイプ: D-saccharide, alpha linking / 分子量: 230.110 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C5H11O8P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
識別子タイププログラム
a-D-Ribf1PO3IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0

-
非ポリマー , 4種, 590分子

#2: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト / リン酸塩


分子量: 94.971 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-THM / THYMIDINE / DEOXYTHYMIDINE / 2'-DEOXYTHYMIDINE / チミジン / チミジン


タイプ: DNA OH 5 prime terminus / 分子量: 242.229 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H14N2O5 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物 ChemComp-TDR / THYMINE / チミン / チミン


分子量: 126.113 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C5H6N2O2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 584 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.5 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.8 %
結晶化温度: 283 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: PEG 4000, potassium phosphate, magenesium chloride, cacodylate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.98 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年1月6日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.96→50 Å / Num. obs: 87357 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 12.5 % / Rmerge(I) obs: 0.199 / Net I/σ(I): 11.9
反射 シェル解像度: 1.96→2.03 Å / Rmerge(I) obs: 0.984 / Num. unique obs: 8200

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.13_2998精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
SOLVE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6K5G

6k5g


解像度: 1.965→38.463 Å / SU ML: 0.25 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 36.6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3156 4384 5.02 %
Rwork0.265 --
obs0.2675 87357 98.71 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 147.2 Å2 / Biso mean: 32.5664 Å2 / Biso min: 7.32 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.965→38.463 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8596 0 146 584 9326
Biso mean--31.28 34.25 -
残基数----1148
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
1.967-1.9870.37891230.3211230384
1.987-2.01040.30751300.2885273699
2.0104-2.03490.30671360.2745277299
2.0349-2.06070.31931570.27432699100
2.0607-2.08780.33991580.26522780100
2.0878-2.11640.30181390.26822784100
2.1164-2.14660.33781340.25442780100
2.1466-2.17870.28581340.25642755100
2.1787-2.21270.30771580.24932764100
2.2127-2.2490.29931460.24682739100
2.249-2.28780.25071400.2469275799
2.2878-2.32930.33131510.25752779100
2.3293-2.37410.31371360.25872790100
2.3741-2.42260.33151470.25162748100
2.4226-2.47530.32291380.25432809100
2.4753-2.53280.28971450.24932753100
2.5328-2.59620.3051170.23912810100
2.5962-2.66630.28221430.2425278199
2.6663-2.74480.31451300.2538279399
2.7448-2.83330.26931660.25462743100
2.8333-2.93460.32541770.25722794100
2.9346-3.0520.3021370.2636279699
3.052-3.19090.27411440.26122806100
3.1909-3.3590.3251380.2579279899
3.359-3.56930.32381710.2592275999
3.5693-3.84470.3061660.2602277598
3.8447-4.23110.29011450.2499282399
4.2311-4.84240.30551600.2452278898
4.8424-6.0970.33521510.2977286899
6.097-38.450.41271670.3433289196

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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