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- PDB-6k27: Pyrophosphatase with PPi from Acinetobacter baumannii -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6k27
タイトルPyrophosphatase with PPi from Acinetobacter baumannii
要素Inorganic pyrophosphatase無機ピロホスファターゼ
キーワードHYDROLASE (加水分解酵素) / Pyrophosphatase with PPi from Acinetobacter baumannii
機能・相同性
機能・相同性情報


無機ピロホスファターゼ / inorganic diphosphate phosphatase activity / phosphate-containing compound metabolic process / magnesium ion binding / 細胞質
類似検索 - 分子機能
無機ピロホスファターゼ / 無機ピロホスファターゼ / Inorganic pyrophosphatase signature. / 無機ピロホスファターゼ / Inorganic pyrophosphatase superfamily / 無機ピロホスファターゼ / Alpha-Beta Complex / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DIPHOSPHATE / 無機ピロホスファターゼ / 無機ピロホスファターゼ
類似検索 - 構成要素
生物種Acinetobacter baumannii (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.86 Å
データ登録者Su, J.
引用ジャーナル: Int J Mol Sci / 年: 2019
タイトル: Crystal Structures of Pyrophosphatase from Acinetobacter baumannii: Snapshots of Pyrophosphate Binding and Identification of a Phosphorylated Enzyme Intermediate.
著者: Si, Y. / Wang, X. / Yang, G. / Yang, T. / Li, Y. / Ayala, G.J. / Li, X. / Wang, H. / Su, J.
履歴
登録2019年5月13日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02019年10月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年3月27日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Inorganic pyrophosphatase
B: Inorganic pyrophosphatase
C: Inorganic pyrophosphatase
D: Inorganic pyrophosphatase
E: Inorganic pyrophosphatase
F: Inorganic pyrophosphatase
G: Inorganic pyrophosphatase
H: Inorganic pyrophosphatase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)158,00040
ポリマ－156,0258
非ポリマー1,97532
水0
1
A: Inorganic pyrophosphatase
F: Inorganic pyrophosphatase
ヘテロ分子

A: Inorganic pyrophosphatase
F: Inorganic pyrophosphatase
ヘテロ分子

A: Inorganic pyrophosphatase
F: Inorganic pyrophosphatase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)118,50030
ポリマ－117,0196
非ポリマー1,48124
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-y,x-y,z1
crystal symmetry operation3_555-x+y,-x,z1
Buried area14330 Å2
ΔGint-236 kcal/mol
Surface area39270 Å2
手法PISA
2
B: Inorganic pyrophosphatase
ヘテロ分子

B: Inorganic pyrophosphatase
ヘテロ分子

B: Inorganic pyrophosphatase
ヘテロ分子

E: Inorganic pyrophosphatase
ヘテロ分子

E: Inorganic pyrophosphatase
ヘテロ分子

E: Inorganic pyrophosphatase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)118,50030
ポリマ－117,0196
非ポリマー1,48124
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_545-y,x-y-1,z1
crystal symmetry operation3_655-x+y+1,-x,z1
crystal symmetry operation4_445x-1/3,y-2/3,z+1/31
crystal symmetry operation5_545-y+2/3,x-y-2/3,z+1/31
crystal symmetry operation6_555-x+y+2/3,-x+1/3,z+1/31
Buried area14200 Å2
ΔGint-238 kcal/mol
Surface area39530 Å2
手法PISA
3
C: Inorganic pyrophosphatase
G: Inorganic pyrophosphatase
ヘテロ分子

C: Inorganic pyrophosphatase
G: Inorganic pyrophosphatase
ヘテロ分子

C: Inorganic pyrophosphatase
G: Inorganic pyrophosphatase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)118,50030
ポリマ－117,0196
非ポリマー1,48124
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_545-y,x-y-1,z1
crystal symmetry operation3_655-x+y+1,-x,z1
Buried area14390 Å2
ΔGint-237 kcal/mol
Surface area38480 Å2
手法PISA
4
D: Inorganic pyrophosphatase
H: Inorganic pyrophosphatase
ヘテロ分子

D: Inorganic pyrophosphatase
H: Inorganic pyrophosphatase
ヘテロ分子

D: Inorganic pyrophosphatase
H: Inorganic pyrophosphatase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)118,50030
ポリマ－117,0196
非ポリマー1,48124
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_655-y+1,x-y,z1
crystal symmetry operation3_665-x+y+1,-x+1,z1
Buried area14380 Å2
ΔGint-233 kcal/mol
Surface area38530 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)110.294, 110.294, 302.492
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number146
Space group name H-MH3

-
要素

#1: タンパク質
Inorganic pyrophosphatase / 無機ピロホスファターゼ / Pyrophosphate phospho-hydrolase / PPase


分子量: 19503.141 Da / 分子数: 8 / 変異: A139S / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Acinetobacter baumannii (バクテリア)
遺伝子: ppa / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: N9S5K0, UniProt: A0A333SMX2*PLUS, 無機ピロホスファターゼ
#2: 化合物
ChemComp-DPO / DIPHOSPHATE / ジホスファ-ト / ピロリン酸塩


分子量: 173.943 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: O7P2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物...
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 24 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
由来についての詳細The protein was from a strain of Acinetobacter baumannii from a hospital. The sequence reference ...The protein was from a strain of Acinetobacter baumannii from a hospital. The sequence reference used is from a different species Acinetobacter ursingii NIPH 706.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.32 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.95 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: malic acid

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL18U1 / 波長: 0.98 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年6月19日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.86→19.763 Å / Num. obs: 114729 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 5 % / Net I/σ(I): 8.4
反射 シェル解像度: 1.86→1.89 Å / Num. unique obs: 5740

-
解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: 1.12_2829 / 分類: 精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.86→19.763 Å / SU ML: 0.25 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.96 / 位相誤差: 29.7
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2455 1998 1.74 %
Rwork0.1955 --
obs0.1964 114589 99.47 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 84.12 Å2 / Biso mean: 34.6801 Å2 / Biso min: 18.17 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.86→19.763 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10731 0 96 0 10827
Biso mean--44.3 --
残基数----1384
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00711080
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.84615136
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.061656
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0061968
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d5.5146688
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 14

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.86-1.90650.35241390.299881128251100
1.9065-1.9580.31061430.264780778220100
1.958-2.01550.30811420.249480248166100
2.0155-2.08050.24471430.239781258268100
2.0805-2.15480.20921460.224880348180100
2.1548-2.2410.28121440.217680718215100
2.241-2.34280.30951400.223480818221100
2.3428-2.46610.28891420.222380448186100
2.4661-2.62030.29451420.229681048246100
2.6203-2.82210.23051430.216780728215100
2.8221-3.10510.25051470.206280558202100
3.1051-3.55210.23021440.180780958239100
3.5521-4.46680.21041470.15018016816399
4.4668-19.76460.21771360.1627681781795

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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