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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6ihe | ||||||
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タイトル | Crystal structure of Malate dehydrogenase from Metallosphaera sedula | ||||||
要素 | Malate dehydrogenase (NAD) | ||||||
キーワード | OXIDOREDUCTASE (酸化還元酵素) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 oxidoreductase activity, acting on the CH-OH group of donors, NAD or NADP as acceptor / carboxylic acid metabolic process 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Metallosphaera sedula (古細菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å | ||||||
データ登録者 | Lee, D. / Kim, K.J. | ||||||
引用 | ジャーナル: Biochem. Biophys. Res. Commun. / 年: 2019 タイトル: Crystal structure and biochemical characterization of malate dehydrogenase from Metallosphaera sedula 著者: Lee, D. / Hong, J. / Kim, K.J. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6ihe.cif.gz | 140.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6ihe.ent.gz | 109.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6ihe.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ih/6ihe ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ih/6ihe | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
-タンパク質 , 1種, 2分子 AB
#1: タンパク質 | 分子量: 33149.242 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 2-304 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Metallosphaera sedula (古細菌) / 遺伝子: Msed_0455 / プラスミド: pET30a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21_T1R(DE3) 参照: UniProt: A0A088E2H7, リンゴ酸デヒドロゲナーゼ |
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-非ポリマー , 8種, 245分子
#2: 化合物 | #3: 化合物 | #4: 化合物 | #5: 化合物 | ChemComp-PGE / #6: 化合物 | ChemComp-EDO / #7: 化合物 | #8: 化合物 | #9: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.21 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.71 % / Mosaicity: 0.678 ° |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 9.5 詳細: 40 % (v/v) polyethylene glycol (PEG) 300, 0.1 M CHES / sodium hydroxide pH 9.5, 0.2 M sodium chloride |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 7A (6B, 6C1) / 波長: 0.97934 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2017年12月17日 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | モノクロメーター: Double Crystal Monochromator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.97934 Å / 相対比: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 1.9→50 Å / Num. obs: 65061 / % possible obs: 96.7 % / 冗長度: 6.8 % / Rmerge(I) obs: 0.071 / Rpim(I) all: 0.025 / Rrim(I) all: 0.076 / Χ2: 1.97 / Net I/σ(I): 11.9 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.9→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.962 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.949 / SU B: 4.139 / SU ML: 0.111 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.131 / ESU R Free: 0.127 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 111.44 Å2 / Biso mean: 36.481 Å2 / Biso min: 16.35 Å2
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精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 1.9→50 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.898→1.947 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
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