+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6ib2 | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | The structure of MKK7 in complex with the covalent 4-amino-pyrazolopyrimidine 4a | ||||||
要素 | Dual specificity mitogen-activated protein kinase kinase 7 | ||||||
キーワード | TRANSFERASE (転移酵素) / MKK7 / Inhibitor / Covalent (共有結合) / JNK / Kinase (キナーゼ) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 JUN kinase kinase activity / regulation of motor neuron apoptotic process / MAPキナーゼキナーゼ / response to osmotic stress / Fc-epsilon receptor signaling pathway / positive regulation of telomere capping / MAP kinase kinase activity / Uptake and function of anthrax toxins / MAP kinase activity / cellular response to interleukin-1 ...JUN kinase kinase activity / regulation of motor neuron apoptotic process / MAPキナーゼキナーゼ / response to osmotic stress / Fc-epsilon receptor signaling pathway / positive regulation of telomere capping / MAP kinase kinase activity / Uptake and function of anthrax toxins / MAP kinase activity / cellular response to interleukin-1 / response to tumor necrosis factor / stress-activated MAPK cascade / response to UV / positive regulation of JUN kinase activity / JNK cascade / positive regulation of telomerase activity / positive regulation of telomere maintenance via telomerase / JNK (c-Jun kinases) phosphorylation and activation mediated by activated human TAK1 / molecular function activator activity / FCERI mediated MAPK activation / positive regulation of JNK cascade / response to wounding / 細胞老化 / response to heat / protein phosphatase binding / protein tyrosine kinase activity / Oxidative Stress Induced Senescence / cellular response to lipopolysaccharide / positive regulation of ERK1 and ERK2 cascade / リン酸化 / protein serine kinase activity / apoptotic process / protein kinase binding / positive regulation of DNA-templated transcription / magnesium ion binding / enzyme binding / シグナル伝達 / ATP binding / 細胞核 / 細胞質基質 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å | ||||||
データ登録者 | Wolle, P. / Hardick, J. / Mueller, M.P. / Rauh, D. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2019 タイトル: Targeting the MKK7-JNK (Mitogen-Activated Protein Kinase Kinase 7-c-Jun N-Terminal Kinase) Pathway with Covalent Inhibitors. 著者: Wolle, P. / Hardick, J. / Cronin, S.J.F. / Engel, J. / Baumann, M. / Lategahn, J. / Penninger, J.M. / Rauh, D. | ||||||
履歴 |
|
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
---|
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6ib2.cif.gz | 71.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb6ib2.ent.gz | 50.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6ib2.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ib/6ib2 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ib/6ib2 | HTTPS FTP |
---|
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
単位格子 |
|
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 36161.938 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MAP2K7, JNKK2, MEK7, MKK7, PRKMK7, SKK4 / プラスミド: pet41b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 DE3 / 参照: UniProt: O14733, MAPキナーゼキナーゼ |
---|---|
#2: 化合物 | ChemComp-862 / |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
---|
-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.41 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.99 % |
---|---|
結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 0.2 M Sodiumcitrate 20 % PEG3500 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
---|---|
放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 0.99992 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年6月16日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.99992 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.1→45.401 Å / Num. obs: 21038 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 12.71 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.093 / Rrim(I) all: 0.097 / Net I/σ(I): 17.33 |
反射 シェル | 解像度: 2.1→2.2 Å / Rmerge(I) obs: 0.793 / Mean I/σ(I) obs: 3.42 / CC1/2: 0.245 / Rrim(I) all: 0.825 |
-解析
ソフトウェア |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 2dyl 解像度: 2.1→45.401 Å / SU ML: 0.34 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.41 / 位相誤差: 26.57 / 立体化学のターゲット値: ML
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.1→45.401 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル |
|