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- PDB-6hy1: Plasmodium falciparum spermidine synthase in complex with 5'-meth... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6hy1
タイトルPlasmodium falciparum spermidine synthase in complex with 5'-methylthioadenosine and N,N'-Bis(3-aminopropyl)-1,4-cyclohexanediamine after catalysis in crystal
要素Spermidine synthase
キーワードTRANSFERASE (転移酵素) / Inhibitor complex (酵素阻害剤) / catalysis / kinetics
機能・相同性
機能・相同性情報


Metabolism of polyamines / spermidine synthase / spermidine synthase activity / spermidine biosynthetic process / 細胞質基質
類似検索 - 分子機能
Spermidine synthase, tetramerisation domain / Polyamine biosynthesis domain, conserved site / Polyamine biosynthesis (PABS) domain signature. / Spermidine/spermine synthases / Polyamine biosynthesis domain / Spermidine synthase, tetramerisation domain / Spermidine synthase, tetramerisation domain superfamily / Spermidine synthase tetramerisation domain / Polyamine biosynthesis (PABS) domain profile. / Spermine/spermidine synthase domain ...Spermidine synthase, tetramerisation domain / Polyamine biosynthesis domain, conserved site / Polyamine biosynthesis (PABS) domain signature. / Spermidine/spermine synthases / Polyamine biosynthesis domain / Spermidine synthase, tetramerisation domain / Spermidine synthase, tetramerisation domain superfamily / Spermidine synthase tetramerisation domain / Polyamine biosynthesis (PABS) domain profile. / Spermine/spermidine synthase domain / Spermidine Synthase; Chain: A, domain 2 / Vaccinia Virus protein VP39 / Roll / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase superfamily / ロスマンフォールド / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-1PG / N,N'-Bis(3-aminopropyl)-1,4-cyclohexanediamine / trans-N-(3-aminopropyl)cyclohexane-1,4-diamine / 5'-DEOXY-5'-METHYLTHIOADENOSINE / Spermidine synthase
類似検索 - 構成要素
生物種Plasmodium falciparum (マラリア病原虫)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.6 Å
データ登録者Sprenger, J. / Coertzen, D. / Persson, L. / Carey, J. / Birkholtz, L.M. / Louw, B.I.
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Plasmodium falciparum spermidine synthase in complex with 5'-methylthioadenosine and N,N'-Bis(3-aminopropyl)-1,4-cyclohexanediamine after catalysis in crystal
著者: Sprenger, J. / Coertzen, D. / Persson, L. / Carey, J. / Birkholtz, L.M. / Louw, B.I.
履歴
登録2018年10月19日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年10月30日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Spermidine synthase
B: Spermidine synthase
C: Spermidine synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)98,90018
ポリマ－96,2313
非ポリマー2,66915
水14,124784
1
A: Spermidine synthase
ヘテロ分子

A: Spermidine synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)65,89410
ポリマ－64,1542
非ポリマー1,7408
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_656-x+1,y,-z+11
Buried area6270 Å2
ΔGint-3 kcal/mol
Surface area20990 Å2
手法PISA
2
B: Spermidine synthase
C: Spermidine synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)65,95313
ポリマ－64,1542
非ポリマー1,79911
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6320 Å2
ΔGint-19 kcal/mol
Surface area21190 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)199.870, 135.000, 48.570
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 95.95, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

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タンパク質 , 1種, 3分子 ABC

#1: タンパク質 Spermidine synthase /


分子量: 32077.021 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Plasmodium falciparum (マラリア病原虫)
遺伝子: PF3D7_1129000 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8II73, spermidine synthase

-
非ポリマー , 6種, 799分子

#2: 化合物 ChemComp-GXQ / N,N'-Bis(3-aminopropyl)-1,4-cyclohexanediamine


分子量: 228.378 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C12H28N4
#3: 化合物 ChemComp-MTA / 5'-DEOXY-5'-METHYLTHIOADENOSINE / メチルチオアデノシン / 5′-Methylthioadenosine


分子量: 297.334 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C11H15N5O3S
#4: 化合物 ChemComp-1PG / 2-(2-{2-[2-(2-METHOXY-ETHOXY)-ETHOXY]-ETHOXY}-ETHOXY)-ETHANOL / 3,6,9,12,15-ペンタオキサヘキサデカン-1-オ-ル / ポリエチレングリコール


分子量: 252.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C11H24O6
#5: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル / グリセリン


分子量: 92.094 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#6: 化合物 ChemComp-JFQ / trans-N-(3-aminopropyl)cyclohexane-1,4-diamine


分子量: 171.283 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C9H21N3
#7: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 784 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.39 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.72 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.6
詳細: 25% PEG 3350, 0.1M ammonium sulfate, 0.1M 2-(N-morpholino) ethanesulfonic acid, pH 5.6

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, EMBL c/o DESY / ビームライン: P13 (MX1) / 波長: 0.9299 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年7月6日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9299 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.55→111.68 Å / Num. obs: 175421 / % possible obs: 94.3 % / 冗長度: 6.833 % / Biso Wilson estimate: 24.8 Å2 / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.056 / Rrim(I) all: 0.061 / Χ2: 1.075 / Net I/σ(I): 16.06
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique obsCC1/2Rrim(I) all% possible all
1.55-1.594.9551.6370.8771880.431.82852.4
1.59-1.636.7281.2371.47123170.6871.3491.5
1.63-1.687.211.031.88125940.8141.10996.8
1.68-1.737.1530.7852.47122810.8830.84697.3
1.73-1.797.0480.5743.28119120.9250.61997.5
1.79-1.856.6460.4284.18115840.9480.46597.8
1.85-1.927.0870.3095.89111620.9770.33497.8
1.92-27.2250.2347.99108030.9860.25298
2-2.097.1070.17110.46103720.9920.18498.1
2.09-2.196.8830.12413.6699370.9950.13498.5
2.19-2.316.5520.10515.7694780.9960.11598.4
2.31-2.457.2350.08320.5389660.9980.08998.7
2.45-2.616.9870.07223.5684110.9980.07898.7
2.61-2.826.7810.05728.8978930.9980.06298.8
2.82-3.096.6750.04435.9772750.9990.04899.2
3.09-3.466.8640.03644.9766020.9990.03999.3
3.46-3.996.5220.0352.6957910.9990.03299.1
3.99-4.896.2860.02556.949310.9990.02799.2
4.89-6.926.7420.02457.9838210.9990.02699.2
6.92-111.686.4820.01962.08210310.02198.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.12_2829: ???)精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.6→32.167 Å / SU ML: 0.19 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 25.86 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2003 8308 5.05 %RANDOM
Rwork0.1757 ---
obs0.177 164672 97.95 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.6→32.167 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6749 0 180 784 7713
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0147075
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.2329532
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.8864203
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0861057
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0091168
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.6-1.61820.43922630.39064949X-RAY DIFFRACTION93
1.6182-1.63720.39822690.34935084X-RAY DIFFRACTION96
1.6372-1.65720.32142770.33125124X-RAY DIFFRACTION97
1.6572-1.67820.33062790.30275221X-RAY DIFFRACTION97
1.6782-1.70020.2793050.28625090X-RAY DIFFRACTION97
1.7002-1.72350.30462810.26825157X-RAY DIFFRACTION97
1.7235-1.74820.2682740.25485161X-RAY DIFFRACTION97
1.7482-1.77420.28322810.24365158X-RAY DIFFRACTION97
1.7742-1.8020.25032520.23825241X-RAY DIFFRACTION97
1.802-1.83150.26522810.23815138X-RAY DIFFRACTION98
1.8315-1.86310.26052400.22955222X-RAY DIFFRACTION97
1.8631-1.8970.24122690.21235161X-RAY DIFFRACTION98
1.897-1.93340.22492630.20095235X-RAY DIFFRACTION98
1.9334-1.97290.22492650.19965201X-RAY DIFFRACTION98
1.9729-2.01580.25342860.19555237X-RAY DIFFRACTION98
2.0158-2.06270.20052880.18515182X-RAY DIFFRACTION98
2.0627-2.11430.22082690.17955302X-RAY DIFFRACTION98
2.1143-2.17140.21162740.18355159X-RAY DIFFRACTION98
2.1714-2.23530.22172850.19125247X-RAY DIFFRACTION98
2.2353-2.30740.22532640.18875278X-RAY DIFFRACTION98
2.3074-2.38990.19542850.17575205X-RAY DIFFRACTION99
2.3899-2.48550.20112890.17945226X-RAY DIFFRACTION99
2.4855-2.59860.21312780.17445292X-RAY DIFFRACTION99
2.5986-2.73550.19492740.1755262X-RAY DIFFRACTION99
2.7355-2.90680.20322780.16755259X-RAY DIFFRACTION99
2.9068-3.13110.18332890.17065294X-RAY DIFFRACTION99
3.1311-3.44580.20012800.1715314X-RAY DIFFRACTION99
3.4458-3.94370.16813040.14915271X-RAY DIFFRACTION99
3.9437-4.96570.1462480.12965355X-RAY DIFFRACTION99
4.9657-32.1730.17263180.15065339X-RAY DIFFRACTION99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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