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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6hs8 | ||||||
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タイトル | The crystal structure of type II Dehydroquinase from Butyrivibrio crossotus DSM 2876 | ||||||
要素 | 3-dehydroquinate dehydratase | ||||||
キーワード | BIOSYNTHETIC PROTEIN (生合成) / shikimate pathway (シキミ酸経路) / dehydratase (脱水酵素) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 3-dehydroquinate dehydratase / 3-dehydroquinate dehydratase activity / chorismate biosynthetic process / aromatic amino acid family biosynthetic process / amino acid biosynthetic process 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Butyrivibrio crossotus DSM 2876 (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.7 Å | ||||||
データ登録者 | Lapthorn, A.J. / Roszak, A.W. | ||||||
引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: The crystal structure of type II Dehydroquinase from Butyrivibrio crossotus DSM 2876 著者: Lapthorn, A.J. / Robertson, H. / Roszak, A.W. #1: ジャーナル: AMB Express / 年: 2015 タイトル: Unraveling the kinetic diversity of microbial 3-dehydroquinate dehydratases of shikimate pathway. 著者: Liu, C. / Liu, Y.M. / Sun, Q.L. / Jiang, C.Y. / Liu, S.J. #2: ジャーナル: Structure / 年: 2002 タイトル: The structure and mechanism of the type II dehydroquinase from Streptomyces coelicolor. 著者: Roszak, A.W. / Robinson, D.A. / Krell, T. / Hunter, I.S. / Fredrickson, M. / Abell, C. / Coggins, J.R. / Lapthorn, A.J. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6hs8.cif.gz | 48.6 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6hs8.ent.gz | 33.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6hs8.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hs/6hs8 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hs/6hs8 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 16330.459 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Butyrivibrio crossotus DSM 2876 (バクテリア) 遺伝子: aroQ, BUTYVIB_01550 / プラスミド: pET28a+ / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: D4S0D1, 3-dehydroquinate dehydratase | ||||||
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#2: 化合物 | #3: 化合物 | ChemComp-PO4 / | #4: 化合物 | ChemComp-GOL / | #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.51 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.02 % / 解説: pyramidal |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.6 / 詳細: 10% MPD, 0.1M Sodium tartrate, 0.1M Sodium Acetate |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04-1 / 波長: 0.91587 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年1月23日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.91587 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.7→37.79 Å / Num. obs: 17966 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 5.7 % / Biso Wilson estimate: 27.7 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.054 / Rpim(I) all: 0.025 / Rrim(I) all: 0.06 / Net I/av σ(I): 17.4 / Net I/σ(I): 18.3 |
反射 シェル | 解像度: 1.7→1.73 Å / 冗長度: 5.5 % / Rmerge(I) obs: 1.518 / Mean I/σ(I) obs: 1.4 / Num. unique obs: 888 / CC1/2: 0.554 / Rpim(I) all: 0.702 / Rrim(I) all: 1.677 / % possible all: 99.89 |
-位相決定
位相決定 | 手法: 分子置換 | |||||||||
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Phasing MR | Model details: Phaser MODE: MR_AUTO
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 1GQO 解像度: 1.7→37.79 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.981 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.973 / SU B: 2.01 / SU ML: 0.063 / SU R Cruickshank DPI: 0.0831 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.083 / ESU R Free: 0.087 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 98.67 Å2 / Biso mean: 31.16 Å2 / Biso min: 19.75 Å2
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精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 1.7→37.79 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.7→1.745 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
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