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- PDB-6hqj: apo-form of polyphenol oxidase from Solanum lycopersicum -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6hqj
タイトルapo-form of polyphenol oxidase from Solanum lycopersicum
要素Polyphenol oxidase A, chloroplastic
キーワードOXIDOREDUCTASE (酸化還元酵素) / polyphenol oxidase / tyrosinase (モノフェノールモノオキシゲナーゼ)
機能・相同性
機能・相同性情報


カテコールオキシダーゼ / catechol oxidase activity / pigment biosynthetic process / chloroplast thylakoid lumen / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Polyphenol oxidase / Polyphenol oxidase, C-terminal / Protein of unknown function (DUF_B2219) / Polyphenol oxidase, central domain / Polyphenol oxidase middle domain / Tyrosinase CuA-binding region signature. / Common central domain of tyrosinase / Tyrosinase and hemocyanins CuB-binding region signature. / Tyrosinase copper-binding domain / Di-copper centre-containing domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Polyphenol oxidase A, chloroplastic
類似検索 - 構成要素
生物種Solanum lycopersicum (トマト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.802 Å
データ登録者Kampatsikas, I. / Bijelic, A. / Rompel, A.
資金援助 オーストリア, 1件
組織認可番号国
Austrian Science Fund29144 オーストリア
引用ジャーナル: Sci Rep / 年: 2019
タイトル: Biochemical and structural characterization of tomato polyphenol oxidases provide novel insights into their substrate specificity.
著者: Kampatsikas, I. / Bijelic, A. / Rompel, A.
履歴
登録2018年9月25日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年3月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月24日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Polyphenol oxidase A, chloroplastic


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)57,2181
ポリマ－57,2181
非ポリマー00
水8,197455
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area18880 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)60.800, 54.140, 69.770
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 101.08, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Polyphenol oxidase A, chloroplastic


分子量: 57218.402 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Solanum lycopersicum (トマト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q08303*PLUS, カテコールオキシダーゼ
#2: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 455 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.11 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.71 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 50 mM sodium citrate pH 6.6, 13% PEG 8000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID30B / 波長: 0.966 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年2月25日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.966 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→42.47 Å / Num. obs: 40854 / % possible obs: 98.95 % / 冗長度: 3.1 % / Rpim(I) all: 0.049 / Net I/σ(I): 10.5
反射 シェル解像度: 1.8→1.87 Å / Rpim(I) all: 0.441

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.10_2155精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6HQI

6hqi


解像度: 1.802→42.468 Å / SU ML: 0.2 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 19.07
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2006 2043 5 %
Rwork0.1637 --
obs0.1655 40853 98.96 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.802→42.468 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3736 0 0 455 4191
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0073825
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8545197
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.1062266
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.053546
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006685
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.8024-1.84430.29771320.28872511X-RAY DIFFRACTION97
1.8443-1.89040.28861340.24212542X-RAY DIFFRACTION99
1.8904-1.94150.25461370.22322606X-RAY DIFFRACTION99
1.9415-1.99870.24441340.20122555X-RAY DIFFRACTION99
1.9987-2.06320.22551370.18742591X-RAY DIFFRACTION99
2.0632-2.13690.24151360.18032589X-RAY DIFFRACTION99
2.1369-2.22250.19241340.17112541X-RAY DIFFRACTION98
2.2225-2.32360.21451380.16152622X-RAY DIFFRACTION100
2.3236-2.44610.20021360.15462594X-RAY DIFFRACTION100
2.4461-2.59930.21751370.16252598X-RAY DIFFRACTION100
2.5993-2.80.22011370.15772606X-RAY DIFFRACTION99
2.8-3.08170.20961360.16422587X-RAY DIFFRACTION99
3.0817-3.52740.20621370.15122604X-RAY DIFFRACTION99
3.5274-4.44340.1531380.1322616X-RAY DIFFRACTION99
4.4434-42.47950.15861400.14962648X-RAY DIFFRACTION98
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.73820.3604-0.12290.81120.02481.5499-0.02820.09180.0657-0.09570.02850.0146-0.11910.03620.00560.15580.00720.00480.16270.01290.186249.655428.059648.3486
21.10290.5754-0.2181.0536-0.43450.7631-0.05580.03880.0867-0.02410.05930.0875-0.0282-0.08110.03170.13420.0187-0.01060.15280.00050.188338.198521.986851.2911
32.8619-0.0902-0.04830.3935-0.09570.4244-0.0271-0.1149-0.0484-0.03790.04120.0829-0.0041-0.16210.0050.17240.00460.00640.186-0.00050.198320.544313.20256.7972
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 37 through 184 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 185 through 345 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 346 through 514 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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