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万見
- PDB-6hka: The solution structure of the micelle-associated FATC domain of t... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6hka
タイトルThe solution structure of the micelle-associated FATC domain of the human protein kinase ataxia telangiectasia mutated (ATM)
要素Immunoglobulin G-binding protein G,Serine-protein kinase ATM
キーワードTRANSFERASE (転移酵素) / Ataxia telangiectasia mutated (ATM) / FATC domain / phosphatidylinositol-3-kinase-related kinase (PIKKs) / ser/thr kinase / membrane binding
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of DNA catabolic process / establishment of RNA localization to telomere / positive regulation of telomerase catalytic core complex assembly / cellular response to nitrosative stress / positive regulation of DNA damage response, signal transduction by p53 class mediator / establishment of protein-containing complex localization to telomere / regulation of microglial cell activation / negative regulation of telomere capping / Sensing of DNA Double Strand Breaks / positive regulation of telomere maintenance via telomere lengthening ...positive regulation of DNA catabolic process / establishment of RNA localization to telomere / positive regulation of telomerase catalytic core complex assembly / cellular response to nitrosative stress / positive regulation of DNA damage response, signal transduction by p53 class mediator / establishment of protein-containing complex localization to telomere / regulation of microglial cell activation / negative regulation of telomere capping / Sensing of DNA Double Strand Breaks / positive regulation of telomere maintenance via telomere lengthening / meiotic telomere clustering / pre-B cell allelic exclusion / DNA-dependent protein kinase activity / histone H2AXS139 kinase activity / male meiotic nuclear division / histone mRNA catabolic process / female meiotic nuclear division / regulation of telomere maintenance via telomerase / pexophagy / cellular response to X-ray / peptidyl-serine autophosphorylation / lipoprotein catabolic process / V(D)J遺伝子再構成 / oocyte development / Impaired BRCA2 binding to PALB2 / reciprocal meiotic recombination / DNA repair complex / IgG binding / Defective homologous recombination repair (HRR) due to BRCA1 loss of function / Defective HDR through Homologous Recombination Repair (HRR) due to PALB2 loss of BRCA1 binding function / Defective HDR through Homologous Recombination Repair (HRR) due to PALB2 loss of BRCA2/RAD51/RAD51C binding function / Homologous DNA Pairing and Strand Exchange / Resolution of D-loop Structures through Synthesis-Dependent Strand Annealing (SDSA) / Resolution of D-loop Structures through Holliday Junction Intermediates / HDR through Single Strand Annealing (SSA) / Impaired BRCA2 binding to RAD51 / 1-phosphatidylinositol-3-kinase activity / response to ionizing radiation / mitotic spindle assembly checkpoint signaling / TP53 Regulates Transcription of Caspase Activators and Caspases / negative regulation of B cell proliferation / mitotic G2 DNA damage checkpoint signaling / Presynaptic phase of homologous DNA pairing and strand exchange / peroxisomal matrix / TP53 Regulates Transcription of Genes Involved in Cytochrome C Release / ヘイフリック限界 / positive regulation of cell adhesion / Regulation of HSF1-mediated heat shock response / somitogenesis / regulation of cellular response to heat / DNA damage response, signal transduction by p53 class mediator resulting in cell cycle arrest / signal transduction in response to DNA damage / cellular response to retinoic acid / ovarian follicle development / negative regulation of TORC1 signaling / positive regulation of telomere maintenance via telomerase / Pexophagy / telomere maintenance / post-embryonic development / thymus development / DNA damage checkpoint signaling / regulation of signal transduction by p53 class mediator / regulation of autophagy / determination of adult lifespan / TP53 Regulates Transcription of DNA Repair Genes / Nonhomologous End-Joining (NHEJ) / Stabilization of p53 / double-strand break repair via homologous recombination / Autodegradation of the E3 ubiquitin ligase COP1 / brain development / multicellular organism growth / cellular response to gamma radiation / HDR through Homologous Recombination (HRR) / G2/M DNA damage checkpoint / Regulation of TP53 Activity through Methylation / DNA Damage/Telomere Stress Induced Senescence / spindle / 遺伝的組換え / cellular response to reactive oxygen species / double-strand break repair via nonhomologous end joining / positive regulation of neuron apoptotic process / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage / double-strand break repair / 細胞老化 / Regulation of TP53 Degradation / Recruitment and ATM-mediated phosphorylation of repair and signaling proteins at DNA double strand breaks / heart development / Processing of DNA double-strand break ends / cytoplasmic vesicle / peptidyl-serine phosphorylation / neuron apoptotic process / regulation of apoptotic process / Regulation of TP53 Activity through Phosphorylation / protein autophosphorylation / response to hypoxia / regulation of cell cycle / non-specific serine/threonine protein kinase / positive regulation of cell migration / positive regulation of apoptotic process / protein phosphorylation
類似検索 - 分子機能
Telomere-length maintenance and DNA damage repair / Serine/threonine-protein kinase ATM, plant / ATM, catalytic domain / Telomere-length maintenance and DNA damage repair / Telomere-length maintenance and DNA damage repair / IgG-binding B / B domain / M protein-type anchor domain / GA-like domain / GA-like domain ...Telomere-length maintenance and DNA damage repair / Serine/threonine-protein kinase ATM, plant / ATM, catalytic domain / Telomere-length maintenance and DNA damage repair / Telomere-length maintenance and DNA damage repair / IgG-binding B / B domain / M protein-type anchor domain / GA-like domain / GA-like domain / Immunoglobulin/albumin-binding domain superfamily / PIK-related kinase, FAT / FAT domain / FATC domain / FATC / FATC domain / PIK-related kinase / FAT domain profile. / FATC domain profile. / YSIRK Gram-positive signal peptide / LPXTG cell wall anchor motif / Gram-positive cocci surface proteins LPxTG motif profile. / LPXTG cell wall anchor domain / Phosphatidylinositol 3- and 4-kinases signature 1. / Phosphatidylinositol 3/4-kinase, conserved site / Phosphatidylinositol 3- and 4-kinases signature 2. / Phosphatidylinositol 3-/4-kinase, catalytic domain superfamily / Phosphoinositide 3-kinase, catalytic domain / Phosphatidylinositol 3- and 4-kinase / Phosphatidylinositol 3- and 4-kinases catalytic domain profile. / Phosphatidylinositol 3-/4-kinase, catalytic domain / Armadillo-type fold / Protein kinase-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Immunoglobulin G-binding protein G / Serine-protein kinase ATM
類似検索 - 構成要素
生物種Streptococcus sp. group G (バクテリア)
Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR / simulated annealing
データ登録者Abd Rahim, M.S. / Dames, S.A.
資金援助 ドイツ, 1件
組織認可番号国
German Research FoundationDA1183/3-1, DA1183/3-2 ドイツ
引用
ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2019
タイトル: NMR- and MD simulation-based structural characterization of the membrane-associating FATC domain of ataxia telangiectasia mutated.
著者: Abd Rahim, M.S. / Cherniavskyi, Y.K. / Tieleman, D.P. / Dames, S.A.
#1: ジャーナル: Biomol NMR Assign. / 年: 2018
タイトル: 1H, 15N and 13C chemical shift assignments of the micelle immersed FAT C-terminal (FATC) domains of the human protein kinases ataxia-telangiectasia mutated (ATM) and DNA-dependent ...タイトル: 1H, 15N and 13C chemical shift assignments of the micelle immersed FAT C-terminal (FATC) domains of the human protein kinases ataxia-telangiectasia mutated (ATM) and DNA-dependent protein kinase catalytic subunit (DNA-PKcs)fused to the B1 domain of streptococcal protein G (GB1)
著者: Abd Rahim, M.S. / Sommer, L.A.M. / Wacker, A. / Schaad, M. / Dames, S.A.
履歴
登録2018年9月6日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年3月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年5月8日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: citation / citation_author ...citation / citation_author / database_PDB_rev / database_PDB_rev_record / pdbx_database_proc / pdbx_nmr_software
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID / _pdbx_nmr_software.name
改定 1.22019年7月17日Group: Data collection / カテゴリ: pdbx_nmr_spectrometer / Item: _pdbx_nmr_spectrometer.model
改定 1.32024年5月15日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Immunoglobulin G-binding protein G,Serine-protein kinase ATM


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,0211
ポリマ－11,0211
非ポリマー00
水0
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: native gel electrophoresis
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area3300 Å2
手法PISA
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 200structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: 抗体 Immunoglobulin G-binding protein G,Serine-protein kinase ATM / IgG-binding protein G / Ataxia telangiectasia mutated / A-T mutated


分子量: 11021.240 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: N-terminally GB1-tagged (1-56), linker: thrombin and enterokinase sites (57-67), FATC domain of ATM (68-100),N-terminally GB1-tagged (1-56), linker: thrombin and enterokinase sites (57-67), ...詳細: N-terminally GB1-tagged (1-56), linker: thrombin and enterokinase sites (57-67), FATC domain of ATM (68-100),N-terminally GB1-tagged (1-56), linker: thrombin and enterokinase sites (57-67), FATC domain of ATM (68-100)
由来: (組換発現) Streptococcus sp. group G (バクテリア), (組換発現) Homo sapiens (ヒト)
遺伝子: spg, ATM / プラスミド: pGEV2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21
参照: UniProt: P19909, UniProt: Q13315, non-specific serine/threonine protein kinase

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDSample stateSpectrometer-IDタイプ
114isotropic12D 1H-15N HSQC
122isotropic32D 1H-15N HSQC
132isotropic32D 1H-13C HSQC aliphatic
142isotropic32D 1H-13C HSQC aromatic
153isotropic12D 1H-13C HSQC
162isotropic23D HNCA
172isotropic13D HN(CA)CB
182isotropic23D (H)CCH-TOCSY
192isotropic23D C(CO)NH
1102isotropic13D HNHA
1112isotropic13D HNHB
1122isotropic13D 1H-15N NOESY
1132isotropic33D 1H-13C NOESY aliphatic
1142isotropic33D 1H-13C NOESY aromatic
1154isotropic115N-T1
1164isotropic115N-T2
1174isotropic11H-15N NOE

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試料調製

詳細
タイプSolution-ID内容詳細Label溶媒系
solution2100 mM sodium chloride, 50 mM TRIS, 150 mM [U-100% 2H] DPC, 0.4 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] 13C-15N-hATMfatc, 95% H2O/5% D2OGB1-tagged human ATM FATC in micelle-immersed form (150 mM d38-DPC)13C-15N-hATMfatc-gb1ent95% H2O/5% D2O
solution4100 mM sodium chloride, 50 mM TRIS, 150 mM [U-100% 2H] DPC, 0.5 mM [U-100% 15N] 15N-hATMfatc, 95% H2O/5% D2OGB1-tagged human ATM FATC in micelle-immersed form (150 mM d38-DPC)15N-hATMfatc-gb1ent95% H2O/5% D2O
solution3100 mM sodium chloride, 50 mM TRIS, 150 mM [U-100% 2H] DPC, 0.4 mM [U-10% 13C] 13C-hATMfatc, 95% H2O/5% D2OGB1-tagged human ATM FATC in micelle-immersed form (150 mM d38-DPC)10 % 13C-hATMfatc-gb1ent95% H2O/5% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
100 mMsodium chloridenatural abundance2
50 mMTRISnatural abundance2
150 mMDPC[U-100% 2H]2
0.4 mM13C-15N-hATMfatc[U-100% 13C; U-100% 15N]2
100 mMsodium chloridenatural abundance4
50 mMTRISnatural abundance4
150 mMDPC[U-100% 2H]4
0.5 mM15N-hATMfatc[U-100% 15N]4
100 mMsodium chloridenatural abundance3
50 mMTRISnatural abundance3
150 mMDPC[U-100% 2H]3
0.4 mM13C-hATMfatc[U-10% 13C]3
試料状態詳細: 50 mM Tris, 100 mM NaCl, 150 mM DPC (usually deuterated d38-DPC)
イオン強度: 100 mM / Label: condition_1 / pH: 6.5 / 圧: 1 atm / 温度: 298 K

-
NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID詳細
Bruker AVANCE IIIBrukerAVANCE III5001with cryogenic probe
Bruker AVANCE IIIBrukerAVANCE III6002
Bruker AVANCE IIIBrukerAVANCE III9003with cryogenic probe

-
解析

NMR software
名称開発者分類
NMRViewJohnson, One Moon Scientificchemical shift assignment
NMRPipeDelaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax解析
NMRDrawDelaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax解析
Xplor-NIHSchwieters, Kuszewski, Tjandra and Clorestructure calculation
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 4
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 200 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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