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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6h8i | |||||||||
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タイトル | MamM CTD H285D | |||||||||
要素 | Magnetosome protein MamM, Cation efflux protein familyマグネトソーム | |||||||||
キーワード | METAL TRANSPORT / Cation diffusion facilitator / magnetotactic bacteria (磁性細菌) | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 magnetosome membrane / monoatomic cation transmembrane transporter activity / iron ion transport / metal ion binding / 細胞膜 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Magnetospirillum gryphiswaldense (走磁性) | |||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.4 Å | |||||||||
データ登録者 | Barber-Zucker, S. / Zarivach, R. | |||||||||
資金援助 | イスラエル, 2件
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引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: MamM CTD H285D 著者: Barber-Zucker, S. / Zarivach, R. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6h8i.cif.gz | 51.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6h8i.ent.gz | 35.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6h8i.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/h8/6h8i ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/h8/6h8i | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 3w5xS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 11887.339 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Magnetospirillum gryphiswaldense (走磁性) 遺伝子: mamM, mgI491, MGR_4095 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / Variant (発現宿主): Rosetta / 参照: UniProt: Q6NE57, UniProt: V6F235*PLUS | ||||
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#2: 化合物 | #3: 化合物 | ChemComp-BME / | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.91 Å3/Da / 溶媒含有率: 35.75 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 詳細: 0.2M (NH4)2SO4, 0.1M BIS-TRIS pH=5.5, 25% PEG 3350, 1.7mM MnCl2 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 0.976247 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年9月3日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.976247 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.4→47.06 Å / Num. obs: 18410 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 7.2 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.036 / Net I/σ(I): 21.4 |
反射 シェル | 解像度: 1.4→1.42 Å / 冗長度: 6.6 % / Mean I/σ(I) obs: 1.2 / Num. unique all: 858 / CC1/2: 0.639 / % possible all: 98.3 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 3W5X 解像度: 1.4→47.06 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.972 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.972 / SU B: 2.373 / SU ML: 0.041 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.059 / ESU R Free: 0.054 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.7 Å / 減衰半径: 0.7 Å / VDWプローブ半径: 1 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 26.97 Å2
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精密化ステップ | サイクル: 1 / 解像度: 1.4→47.06 Å
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拘束条件 |
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