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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6gc5 | |||||||||
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タイトル | Molecular basis for AU-rich element recognition and dimerization by the HuR C-terminal RRM | |||||||||
要素 |
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キーワード | RNA BINDING PROTEIN (RNA結合タンパク質) / Elav / HuR / RRM3 / dimer / RRM | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 HuR (ELAVL1) binds and stabilizes mRNA / negative regulation of miRNA-mediated gene silencing / RNA干渉 / regulation of stem cell population maintenance / mRNA 3'-UTR AU-rich region binding / mRNA stabilization / lncRNA binding / miRNA binding / 3'-UTR-mediated mRNA stabilization / mRNA destabilization ...HuR (ELAVL1) binds and stabilizes mRNA / negative regulation of miRNA-mediated gene silencing / RNA干渉 / regulation of stem cell population maintenance / mRNA 3'-UTR AU-rich region binding / mRNA stabilization / lncRNA binding / miRNA binding / 3'-UTR-mediated mRNA stabilization / mRNA destabilization / 筋形質 / positive regulation of superoxide anion generation / positive regulation of translation / mRNA 3'-UTR binding / P-body / protein homooligomerization / cytoplasmic stress granule / protein import into nucleus / double-stranded RNA binding / cytoplasmic vesicle / postsynapse / ribonucleoprotein complex / mRNA binding / glutamatergic synapse / protein kinase binding / 小胞体 / protein homodimerization activity / RNA binding / 核質 / 生体膜 / 細胞核 / 細胞質基質 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | |||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å | |||||||||
データ登録者 | Ripin, N. / Allain, F.H. | |||||||||
資金援助 | スイス, チェコ, 2件
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引用 | ジャーナル: Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. / 年: 2019 タイトル: Molecular basis for AU-rich element recognition and dimerization by the HuR C-terminal RRM. 著者: Ripin, N. / Boudet, J. / Duszczyk, M.M. / Hinniger, A. / Faller, M. / Krepl, M. / Gadi, A. / Schneider, R.J. / Sponer, J. / Meisner-Kober, N.C. / Allain, F.H. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6gc5.cif.gz | 144.9 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6gc5.ent.gz | 114.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6gc5.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gc/6gc5 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gc/6gc5 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 3hi9S S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 9932.361 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ELAVL1, HUR / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q15717 #2: RNA鎖 | 分子量: 3368.946 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.23 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.86 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8 詳細: 20 mM Tris (pH8), 100 mM NaCl, 10% (w/v) Glycerol, 1mM TCEP precipitant: 2 M Ammonium sulfate, 0.1 M Bis-Tris well |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 80 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 1 Å |
検出器 | タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年10月6日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.9→77.95 Å / Num. obs: 35681 / % possible obs: 95.1 % / 冗長度: 3.4 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.04556 / Rrim(I) all: 0.05447 / Net I/σ(I): 15.23 |
反射 シェル | 解像度: 1.9→1.968 Å / Rmerge(I) obs: 0.6683 / Num. unique obs: 3148 / CC1/2: 0.854 / % possible all: 81.19 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 3HI9 解像度: 1.9→77.946 Å / SU ML: 0.28 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 26.99
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.95 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / Bsol: 53.915 Å2 / ksol: 0.344 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.9→77.946 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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