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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6fxc | |||||||||
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タイトル | The cryo-EM structure of hibernating 100S ribosome dimer from pathogenic Staphylococcus aureus | |||||||||
要素 |
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キーワード | RIBOSOME / Ribosome Cryo-EM Structural Biology Hibernation | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 primary metabolic process / ribosomal large subunit assembly / large ribosomal subunit / regulation of translation / ribosomal small subunit assembly / small ribosomal subunit / transferase activity / 5S rRNA binding / cytosolic small ribosomal subunit / cytosolic large ribosomal subunit ...primary metabolic process / ribosomal large subunit assembly / large ribosomal subunit / regulation of translation / ribosomal small subunit assembly / small ribosomal subunit / transferase activity / 5S rRNA binding / cytosolic small ribosomal subunit / cytosolic large ribosomal subunit / tRNA binding / rRNA binding / ribosome / structural constituent of ribosome / translation / ribonucleoprotein complex / mRNA binding / RNA binding / zinc ion binding / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌) | |||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 6.76 Å | |||||||||
データ登録者 | Matzov, D. / Aibara, S. / Zimmerman, E. / Bashan, A. / Kidmose, R. / Amunts, A. / Yonath, A. | |||||||||
資金援助 | スウェーデン, イスラエル, 2件
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引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2017 タイトル: The cryo-EM structure of hibernating 100S ribosome dimer from pathogenic Staphylococcus aureus. 著者: Donna Matzov / Shintaro Aibara / Arnab Basu / Ella Zimmerman / Anat Bashan / Mee-Ngan F Yap / Alexey Amunts / Ada E Yonath / 要旨: Formation of 100S ribosome dimer is generally associated with translation suppression in bacteria. Trans-acting factors ribosome modulation factor (RMF) and hibernating promoting factor (HPF) were ...Formation of 100S ribosome dimer is generally associated with translation suppression in bacteria. Trans-acting factors ribosome modulation factor (RMF) and hibernating promoting factor (HPF) were shown to directly mediate this process in E. coli. Gram-positive S. aureus lacks an RMF homolog and the structural basis for its 100S formation was not known. Here we report the cryo-electron microscopy structure of the native 100S ribosome from S. aureus, revealing the molecular mechanism of its formation. The structure is distinct from previously reported analogs and relies on the HPF C-terminal extension forming the binding platform for the interactions between both of the small ribosomal subunits. The 100S dimer is formed through interactions between rRNA h26, h40, and protein uS2, involving conformational changes of the head as well as surface regions that could potentially prevent RNA polymerase from docking to the ribosome.Under conditions of nutrient limitation, bacterial ribosomes undergo dimerization, forming a 100S complex that is translationally inactive. Here the authors present the structural basis for formation of the 100S complexes in Gram-positive bacteria, shedding light on the mechanism of translation suppression by the ribosome-silencing factors. | |||||||||
履歴 |
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構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
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PDBx/mmCIF形式 | 6fxc.cif.gz | 6.1 MB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6fxc.ent.gz | 表示 | PDB形式 | |
PDBx/mmJSON形式 | 6fxc.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 6fxc_validation.pdf.gz | 1.6 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 6fxc_full_validation.pdf.gz | 1.9 MB | 表示 | |
XML形式データ | 6fxc_validation.xml.gz | 386.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 6fxc_validation.cif.gz | 679.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fx/6fxc ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fx/6fxc | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
-RNA鎖 , 3種, 6分子 AaBaAABAABBB
#1: RNA鎖 | 分子量: 498060.031 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌) 参照: GenBank: 1248686583 #23: RNA鎖 | 分子量: 946697.625 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌) 参照: GenBank: 743649775 #24: RNA鎖 | 分子量: 36974.945 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌) 参照: GenBank: 1269120188 |
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-30S ribosomal protein ... , 20種, 40分子 AbBbAcBcAdBdAeBeAfBfAgBgAhBhAiBiAjBjAkBkAlBlAmBmAnBnAoBoApBp...
#2: タンパク質 | 分子量: 25929.135 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Staphylococcus aureus (strain bovine RF122 / ET3-1) (黄色ブドウ球菌) 株: bovine RF122 / ET3-1 / 参照: UniProt: Q2YXL2 #3: タンパク質 | 分子量: 22684.201 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Staphylococcus aureus (strain bovine RF122 / ET3-1) (黄色ブドウ球菌) 株: bovine RF122 / ET3-1 / 参照: UniProt: Q2YYQ2 #4: タンパク質 | 分子量: 22849.145 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Staphylococcus aureus (strain bovine RF122 / ET3-1) (黄色ブドウ球菌) 株: bovine RF122 / ET3-1 / 参照: UniProt: Q2YTH0 #5: タンパク質 | 分子量: 16522.119 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Staphylococcus aureus (strain bovine RF122 / ET3-1) (黄色ブドウ球菌) 株: bovine RF122 / ET3-1 / 参照: UniProt: Q2YYL4 #6: タンパク質 | 分子量: 11239.766 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Staphylococcus aureus (strain bovine RF122 / ET3-1) (黄色ブドウ球菌) 株: bovine RF122 / ET3-1 / 参照: UniProt: Q2YVJ2 #7: タンパク質 | 分子量: 17181.830 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌) 参照: UniProt: A0A077VHU6 #8: タンパク質 | 分子量: 14723.118 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Staphylococcus aureus (strain bovine RF122 / ET3-1) (黄色ブドウ球菌) 株: bovine RF122 / ET3-1 / 参照: UniProt: Q2YYL1 #9: タンパク質 | 分子量: 14312.321 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌) 参照: UniProt: A0A1Q4GY48 #10: タンパク質 | 分子量: 11009.742 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Staphylococcus aureus (strain bovine RF122 / ET3-1) (黄色ブドウ球菌) 株: bovine RF122 / ET3-1 / 参照: UniProt: Q2YYP5 #11: タンパク質 | 分子量: 12047.609 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Staphylococcus aureus (strain bovine RF122 / ET3-1) (黄色ブドウ球菌) 株: bovine RF122 / ET3-1 / 参照: UniProt: Q2YYM1 #12: タンパク質 | 分子量: 15075.570 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌) 参照: UniProt: A0A133PZQ5 #13: タンパク質 | 分子量: 13747.919 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Staphylococcus aureus (strain bovine RF122 / ET3-1) (黄色ブドウ球菌) 株: bovine RF122 / ET3-1 / 参照: UniProt: Q2YYM0 #14: タンパク質 | 分子量: 7186.573 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Staphylococcus aureus (strain bovine RF122 / ET3-1) (黄色ブドウ球菌) 株: bovine RF122 / ET3-1 / 参照: UniProt: Q2YYL0 #15: タンパク質 | 分子量: 10503.135 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Staphylococcus aureus (strain bovine RF122 / ET3-1) (黄色ブドウ球菌) 株: bovine RF122 / ET3-1 / 参照: UniProt: Q2YXP3 #16: タンパク質 | 分子量: 9993.510 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Staphylococcus aureus (strain bovine RF122 / ET3-1) (黄色ブドウ球菌) 株: bovine RF122 / ET3-1 / 参照: UniProt: Q2YXH8 #17: タンパク質 | 分子量: 9366.860 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Staphylococcus aureus (strain bovine RF122 / ET3-1) (黄色ブドウ球菌) 株: bovine RF122 / ET3-1 / 参照: UniProt: Q2YYK6 #18: タンパク質 | 分子量: 6404.623 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌) 参照: UniProt: A0A1D4K9U8 #19: タンパク質 | 分子量: 9205.604 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌) 参照: UniProt: A0A133PYC3 #20: タンパク質 | 分子量: 8779.096 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Staphylococcus aureus (strain bovine RF122 / ET3-1) (黄色ブドウ球菌) 株: bovine RF122 / ET3-1 / 参照: UniProt: Q2YT41 #21: タンパク質 | 分子量: 6241.280 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Staphylococcus aureus (strain bovine RF122 / ET3-1) (黄色ブドウ球菌) 株: bovine RF122 / ET3-1 / 参照: UniProt: Q2YT04 |
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-タンパク質 , 1種, 2分子 AvBv
#22: タンパク質 | 分子量: 22244.914 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Staphylococcus aureus (strain bovine RF122 / ET3-1) (黄色ブドウ球菌) 株: bovine RF122 / ET3-1 / 参照: UniProt: Q2YSH7 |
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+50S ribosomal protein ... , 28種, 56分子 ACBCADBDAEBEAFBFAGBGAHBHAIBIAJBJAKBKALBLAMBMANBNAOBOAPBPAQBQ...
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 |
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分子量 |
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由来(天然) |
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緩衝液 | pH: 7.5 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD |
撮影 | 電子線照射量: 2.3 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON II (4k x 4k) |
-解析
CTF補正 | タイプ: NONE |
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3次元再構成 | 解像度: 6.76 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 12570 / クラス平均像の数: 1 / 対称性のタイプ: POINT |