[日本語] English
万見
- PDB-6fxc: The cryo-EM structure of hibernating 100S ribosome dimer from pat... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6fxc
タイトルThe cryo-EM structure of hibernating 100S ribosome dimer from pathogenic Staphylococcus aureus
要素
  • (30S ribosomal protein ...) x 20
  • (50S ribosomal protein ...) x 28
  • 16S ribosomal RNA
  • 23S ribosomal RNA
  • 5S ribosomal RNA
  • Ribosome hibernation promotion factor
キーワードRIBOSOME / Ribosome Cryo-EM Structural Biology Hibernation
機能・相同性
機能・相同性情報


primary metabolic process / ribosomal large subunit assembly / large ribosomal subunit / regulation of translation / ribosomal small subunit assembly / small ribosomal subunit / transferase activity / 5S rRNA binding / cytosolic small ribosomal subunit / cytosolic large ribosomal subunit ...primary metabolic process / ribosomal large subunit assembly / large ribosomal subunit / regulation of translation / ribosomal small subunit assembly / small ribosomal subunit / transferase activity / 5S rRNA binding / cytosolic small ribosomal subunit / cytosolic large ribosomal subunit / tRNA binding / rRNA binding / ribosome / structural constituent of ribosome / translation / ribonucleoprotein complex / mRNA binding / RNA binding / zinc ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Ribosome hibernation promoting factor, long/plastid / Sigma 54 modulation/S30EA ribosomal protein, C-terminal / Sigma 54 modulation/S30EA ribosomal protein, C-terminal domain superfamily / Sigma 54 modulation/S30EA ribosomal protein C terminus / Ribosomal protein L31 type B / Ribosome hibernation promoting factor/RaiA / Ribosome hibernation promotion factor-like / Sigma 54 modulation protein / S30EA ribosomal protein / Ribosomal protein L25, long-form / Ribosomal protein L25, beta domain ...Ribosome hibernation promoting factor, long/plastid / Sigma 54 modulation/S30EA ribosomal protein, C-terminal / Sigma 54 modulation/S30EA ribosomal protein, C-terminal domain superfamily / Sigma 54 modulation/S30EA ribosomal protein C terminus / Ribosomal protein L31 type B / Ribosome hibernation promoting factor/RaiA / Ribosome hibernation promotion factor-like / Sigma 54 modulation protein / S30EA ribosomal protein / Ribosomal protein L25, long-form / Ribosomal protein L25, beta domain / Ribosomal protein L25, C-terminal / Ribosomal protein TL5, C-terminal domain / Ribosomal protein S14, type Z / Ribosomal protein S21, conserved site / Ribosomal protein S21 signature. / Ribosomal protein S21 superfamily / Ribosomal protein S21 / Ribosomal protein S21 / Ribosomal protein L31 signature. / Ribosomal protein L31 / Ribosomal protein L31 superfamily / Ribosomal protein L31 / : / Ribosomal protein L16 signature 1. / Ribosomal protein L6, conserved site / Ribosomal protein L6 signature 1. / Ribosomal protein L16, conserved site / Ribosomal protein L16 signature 2. / Ribosomal protein L17 signature. / Ribosomal L25p family / Ribosomal protein L25 / Ribosomal protein L36 signature. / Ribosomal protein L28/L24 superfamily / Ribosomal protein L25/Gln-tRNA synthetase, N-terminal / Ribosomal protein L32p, bacterial type / Ribosomal protein L25/Gln-tRNA synthetase, anti-codon-binding domain superfamily / Ribosomal protein S12, bacterial-type / Ribosomal protein L35, conserved site / Ribosomal protein L35 signature. / Ribosomal protein L28 / Ribosomal protein L33, conserved site / Ribosomal protein L33 signature. / Ribosomal protein L35, non-mitochondrial / Ribosomal protein S14/S29 / Ribosomal protein L5, bacterial-type / Ribosomal protein L18, bacterial-type / Ribosomal protein L6, bacterial-type / Ribosomal protein L19, conserved site / Ribosomal protein L19 signature. / Ribosomal protein S3, bacterial-type / Ribosomal protein S6, conserved site / Ribosomal protein S6 signature. / Ribosomal protein S19, bacterial-type / Ribosomal protein L36 / Ribosomal protein L36 superfamily / Ribosomal protein L36 / Ribosomal protein S7, bacterial/organellar-type / Ribosomal protein L20 signature. / Ribosomal protein S11, bacterial-type / Ribosomal protein S13, bacterial-type / Ribosomal protein S20 / Ribosomal protein S20 superfamily / Ribosomal protein S20 / Ribosomal protein S9, bacterial/plastid / Ribosomal protein L27, conserved site / Ribosomal protein L27 signature. / Ribosomal protein S4, bacterial-type / 30S ribosomal protein S17 / Ribosomal protein S5, bacterial-type / Ribosomal protein L14P, bacterial-type / Ribosomal protein L34, conserved site / Ribosomal protein L34 signature. / Ribosomal protein S6, plastid/chloroplast / Ribosomal protein L22, bacterial/chloroplast-type / Ribosomal protein L2, bacterial/organellar-type / Ribosomal protein S2, bacteria/mitochondria/plastid / Ribosomal protein L35 / Ribosomal protein L35 superfamily / Ribosomal protein L35 / Ribosomal L28 family / Ribosomal protein L33 / Ribosomal protein L33 / Ribosomal protein L28/L24 / Ribosomal protein L18 / Ribosomal L18 of archaea, bacteria, mitoch. and chloroplast / Ribosomal protein L33 superfamily / Ribosomal protein L30, bacterial-type / Ribosomal protein L16 / Ribosomal protein S16 / Ribosomal protein S16 / Ribosomal protein S16 domain superfamily / L28p-like / Ribosomal protein L20 / Ribosomal protein S15, bacterial-type / Ribosomal protein L20 / Ribosomal protein L20, C-terminal / Ribosomal protein L21 / Ribosomal protein L27 / Ribosomal L27 protein / Ribosomal protein L19
類似検索 - ドメイン・相同性
: / : / : / RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / Large ribosomal subunit protein bL36 / Large ribosomal subunit protein bL33 / Small ribosomal subunit protein uS7 ...: / : / : / RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / Large ribosomal subunit protein bL36 / Large ribosomal subunit protein bL33 / Small ribosomal subunit protein uS7 / 50S ribosomal protein L27 / Small ribosomal subunit protein uS19 / Small ribosomal subunit protein uS12 / Large ribosomal subunit protein bL25 / : / Small ribosomal subunit protein uS9 / 50S ribosomal protein L32 / Large ribosomal subunit protein bL27 / Ribosome hibernation promotion factor / 30S ribosomal protein S21 / 30S ribosomal protein S20 / 50S ribosomal protein L21 / 50S ribosomal protein L35 / 50S ribosomal protein L20 / 30S ribosomal protein S4 / 50S ribosomal protein L31 type B / 30S ribosomal protein S6 / 30S ribosomal protein S16 / 50S ribosomal protein L28 / 30S ribosomal protein S2 / 50S ribosomal protein L19 / 30S ribosomal protein S15 / 30S ribosomal protein S17 / 50S ribosomal protein L14 / 50S ribosomal protein L24 / 50S ribosomal protein L5 / 30S ribosomal protein S14 type Z / 30S ribosomal protein S8 / 50S ribosomal protein L6 / 30S ribosomal protein S5 / 50S ribosomal protein L30 / 50S ribosomal protein L15 / 30S ribosomal protein S13 / 30S ribosomal protein S11 / 50S ribosomal protein L17 / 50S ribosomal protein L13 / 50S ribosomal protein L29 / 30S ribosomal protein S10 / Large ribosomal subunit protein uL3 / 50S ribosomal protein L4 / 50S ribosomal protein L23 / 50S ribosomal protein L2 / 50S ribosomal protein L22 / 30S ribosomal protein S3 / 50S ribosomal protein L16 / Large ribosomal subunit protein bL34 / Large ribosomal subunit protein uL18
類似検索 - 構成要素
生物種Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 6.76 Å
データ登録者Matzov, D. / Aibara, S. / Zimmerman, E. / Bashan, A. / Kidmose, R. / Amunts, A. / Yonath, A.
資金援助 スウェーデン, イスラエル, 2件
組織認可番号国
Swedish Research CouncilFFL15-0325 スウェーデン
European Research Council322581 イスラエル
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2017
タイトル: The cryo-EM structure of hibernating 100S ribosome dimer from pathogenic Staphylococcus aureus.
著者: Donna Matzov / Shintaro Aibara / Arnab Basu / Ella Zimmerman / Anat Bashan / Mee-Ngan F Yap / Alexey Amunts / Ada E Yonath /
要旨: Formation of 100S ribosome dimer is generally associated with translation suppression in bacteria. Trans-acting factors ribosome modulation factor (RMF) and hibernating promoting factor (HPF) were ...Formation of 100S ribosome dimer is generally associated with translation suppression in bacteria. Trans-acting factors ribosome modulation factor (RMF) and hibernating promoting factor (HPF) were shown to directly mediate this process in E. coli. Gram-positive S. aureus lacks an RMF homolog and the structural basis for its 100S formation was not known. Here we report the cryo-electron microscopy structure of the native 100S ribosome from S. aureus, revealing the molecular mechanism of its formation. The structure is distinct from previously reported analogs and relies on the HPF C-terminal extension forming the binding platform for the interactions between both of the small ribosomal subunits. The 100S dimer is formed through interactions between rRNA h26, h40, and protein uS2, involving conformational changes of the head as well as surface regions that could potentially prevent RNA polymerase from docking to the ribosome.Under conditions of nutrient limitation, bacterial ribosomes undergo dimerization, forming a 100S complex that is translationally inactive. Here the authors present the structural basis for formation of the 100S complexes in Gram-positive bacteria, shedding light on the mechanism of translation suppression by the ribosome-silencing factors.
履歴
登録2018年3月8日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
置き換え2018年3月21日ID: 5NG8
改定 1.02018年3月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年5月30日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: entity / pdbx_database_related
Item: _entity.pdbx_description / _pdbx_database_related.content_type
改定 1.22018年11月21日Group: Advisory / Data collection / Derived calculations
カテゴリ: pdbx_validate_close_contact / struct_conn / struct_conn_type

-
構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-3637
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
Aa: 16S ribosomal RNA
Ab: 30S ribosomal protein S2
Ac: 30S ribosomal protein S3
Ad: 30S ribosomal protein S4
Ae: 30S ribosomal protein S5
Af: 30S ribosomal protein S6
Ag: 30S ribosomal protein S7
Ah: 30S ribosomal protein S8
Ai: 30S ribosomal protein S9
Aj: 30S ribosomal protein S10
Ak: 30S ribosomal protein S11
Al: 30S ribosomal protein S12
Am: 30S ribosomal protein S13
An: 30S ribosomal protein S14 type Z
Ao: 30S ribosomal protein S15
Ap: 30S ribosomal protein S16
Aq: 30S ribosomal protein S17
Ar: 30S ribosomal protein S18
As: 30S ribosomal protein S19
At: 30S ribosomal protein S20
Au: 30S ribosomal protein S21
Av: Ribosome hibernation promotion factor
AA: 23S ribosomal RNA
AB: 5S ribosomal RNA
AC: 50S ribosomal protein L2
AD: 50S ribosomal protein L3
AE: 50S ribosomal protein L4
AF: 50S ribosomal protein L5
AG: 50S ribosomal protein L6
AH: 50S ribosomal protein L13
AI: 50S ribosomal protein L14
AJ: 50S ribosomal protein L15
AK: 50S ribosomal protein L16
AL: 50S ribosomal protein L17
AM: 50S ribosomal protein L18
AN: 50S ribosomal protein L19
AO: 50S ribosomal protein L20
AP: 50S ribosomal protein L21
AQ: 50S ribosomal protein L22
AR: 50S ribosomal protein L23
AS: 50S ribosomal protein L24
AT: 50S ribosomal protein L25
AU: 50S ribosomal protein L27
AV: 50S ribosomal protein L28
AW: 50S ribosomal protein L29
AX: 50S ribosomal protein L30
AY: 50S ribosomal protein L31 type B
AZ: 50S ribosomal protein L32
A1: 50S ribosomal protein L33
A2: 50S ribosomal protein L34
A3: 50S ribosomal protein L35
A4: 50S ribosomal protein L36
Ba: 16S ribosomal RNA
Bb: 30S ribosomal protein S2
Bc: 30S ribosomal protein S3
Bd: 30S ribosomal protein S4
Be: 30S ribosomal protein S5
Bf: 30S ribosomal protein S6
Bg: 30S ribosomal protein S7
Bh: 30S ribosomal protein S8
Bi: 30S ribosomal protein S9
Bj: 30S ribosomal protein S10
Bk: 30S ribosomal protein S11
Bl: 30S ribosomal protein S12
Bm: 30S ribosomal protein S13
Bn: 30S ribosomal protein S14 type Z
Bo: 30S ribosomal protein S15
Bp: 30S ribosomal protein S16
Bq: 30S ribosomal protein S17
Br: 30S ribosomal protein S18
Bs: 30S ribosomal protein S19
Bt: 30S ribosomal protein S20
Bu: 30S ribosomal protein S21
Bv: Ribosome hibernation promotion factor
BA: 23S ribosomal RNA
BB: 5S ribosomal RNA
BC: 50S ribosomal protein L2
BD: 50S ribosomal protein L3
BE: 50S ribosomal protein L4
BF: 50S ribosomal protein L5
BG: 50S ribosomal protein L6
BH: 50S ribosomal protein L13
BI: 50S ribosomal protein L14
BJ: 50S ribosomal protein L15
BK: 50S ribosomal protein L16
BL: 50S ribosomal protein L17
BM: 50S ribosomal protein L18
BN: 50S ribosomal protein L19
BO: 50S ribosomal protein L20
BP: 50S ribosomal protein L21
BQ: 50S ribosomal protein L22
BR: 50S ribosomal protein L23
BS: 50S ribosomal protein L24
BT: 50S ribosomal protein L25
BU: 50S ribosomal protein L27
BV: 50S ribosomal protein L28
BW: 50S ribosomal protein L29
BX: 50S ribosomal protein L30
BY: 50S ribosomal protein L31 type B
BZ: 50S ribosomal protein L32
B1: 50S ribosomal protein L33
B2: 50S ribosomal protein L34
B3: 50S ribosomal protein L35
B4: 50S ribosomal protein L36


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)4,236,804104
ポリマ－4,236,804104
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: microscopy
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

-
要素

-
RNA鎖 , 3種, 6分子 AaBaAABAABBB

#1: RNA鎖 16S ribosomal RNA


分子量: 498060.031 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
参照: GenBank: 1248686583
#23: RNA鎖 23S ribosomal RNA


分子量: 946697.625 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
参照: GenBank: 743649775
#24: RNA鎖 5S ribosomal RNA


分子量: 36974.945 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
参照: GenBank: 1269120188

-
30S ribosomal protein ... , 20種, 40分子 AbBbAcBcAdBdAeBeAfBfAgBgAhBhAiBiAjBjAkBkAlBlAmBmAnBnAoBoApBp...

#2: タンパク質 30S ribosomal protein S2


分子量: 25929.135 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Staphylococcus aureus (strain bovine RF122 / ET3-1) (黄色ブドウ球菌)
株: bovine RF122 / ET3-1 / 参照: UniProt: Q2YXL2
#3: タンパク質 30S ribosomal protein S3


分子量: 22684.201 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Staphylococcus aureus (strain bovine RF122 / ET3-1) (黄色ブドウ球菌)
株: bovine RF122 / ET3-1 / 参照: UniProt: Q2YYQ2
#4: タンパク質 30S ribosomal protein S4


分子量: 22849.145 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Staphylococcus aureus (strain bovine RF122 / ET3-1) (黄色ブドウ球菌)
株: bovine RF122 / ET3-1 / 参照: UniProt: Q2YTH0
#5: タンパク質 30S ribosomal protein S5


分子量: 16522.119 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Staphylococcus aureus (strain bovine RF122 / ET3-1) (黄色ブドウ球菌)
株: bovine RF122 / ET3-1 / 参照: UniProt: Q2YYL4
#6: タンパク質 30S ribosomal protein S6


分子量: 11239.766 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Staphylococcus aureus (strain bovine RF122 / ET3-1) (黄色ブドウ球菌)
株: bovine RF122 / ET3-1 / 参照: UniProt: Q2YVJ2
#7: タンパク質 30S ribosomal protein S7


分子量: 17181.830 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
参照: UniProt: A0A077VHU6
#8: タンパク質 30S ribosomal protein S8


分子量: 14723.118 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Staphylococcus aureus (strain bovine RF122 / ET3-1) (黄色ブドウ球菌)
株: bovine RF122 / ET3-1 / 参照: UniProt: Q2YYL1
#9: タンパク質 30S ribosomal protein S9


分子量: 14312.321 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
参照: UniProt: A0A1Q4GY48
#10: タンパク質 30S ribosomal protein S10


分子量: 11009.742 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Staphylococcus aureus (strain bovine RF122 / ET3-1) (黄色ブドウ球菌)
株: bovine RF122 / ET3-1 / 参照: UniProt: Q2YYP5
#11: タンパク質 30S ribosomal protein S11


分子量: 12047.609 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Staphylococcus aureus (strain bovine RF122 / ET3-1) (黄色ブドウ球菌)
株: bovine RF122 / ET3-1 / 参照: UniProt: Q2YYM1
#12: タンパク質 30S ribosomal protein S12


分子量: 15075.570 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
参照: UniProt: A0A133PZQ5
#13: タンパク質 30S ribosomal protein S13


分子量: 13747.919 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Staphylococcus aureus (strain bovine RF122 / ET3-1) (黄色ブドウ球菌)
株: bovine RF122 / ET3-1 / 参照: UniProt: Q2YYM0
#14: タンパク質 30S ribosomal protein S14 type Z


分子量: 7186.573 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Staphylococcus aureus (strain bovine RF122 / ET3-1) (黄色ブドウ球菌)
株: bovine RF122 / ET3-1 / 参照: UniProt: Q2YYL0
#15: タンパク質 30S ribosomal protein S15


分子量: 10503.135 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Staphylococcus aureus (strain bovine RF122 / ET3-1) (黄色ブドウ球菌)
株: bovine RF122 / ET3-1 / 参照: UniProt: Q2YXP3
#16: タンパク質 30S ribosomal protein S16


分子量: 9993.510 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Staphylococcus aureus (strain bovine RF122 / ET3-1) (黄色ブドウ球菌)
株: bovine RF122 / ET3-1 / 参照: UniProt: Q2YXH8
#17: タンパク質 30S ribosomal protein S17


分子量: 9366.860 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Staphylococcus aureus (strain bovine RF122 / ET3-1) (黄色ブドウ球菌)
株: bovine RF122 / ET3-1 / 参照: UniProt: Q2YYK6
#18: タンパク質 30S ribosomal protein S18


分子量: 6404.623 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
参照: UniProt: A0A1D4K9U8
#19: タンパク質 30S ribosomal protein S19


分子量: 9205.604 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
参照: UniProt: A0A133PYC3
#20: タンパク質 30S ribosomal protein S20


分子量: 8779.096 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Staphylococcus aureus (strain bovine RF122 / ET3-1) (黄色ブドウ球菌)
株: bovine RF122 / ET3-1 / 参照: UniProt: Q2YT41
#21: タンパク質 30S ribosomal protein S21


分子量: 6241.280 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Staphylococcus aureus (strain bovine RF122 / ET3-1) (黄色ブドウ球菌)
株: bovine RF122 / ET3-1 / 参照: UniProt: Q2YT04

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AvBv

#22: タンパク質 Ribosome hibernation promotion factor / HPF


分子量: 22244.914 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Staphylococcus aureus (strain bovine RF122 / ET3-1) (黄色ブドウ球菌)
株: bovine RF122 / ET3-1 / 参照: UniProt: Q2YSH7

+
50S ribosomal protein ... , 28種, 56分子 ACBCADBDAEBEAFBFAGBGAHBHAIBIAJBJAKBKALBLAMBMANBNAOBOAPBPAQBQ...

#25: タンパク質 50S ribosomal protein L2


分子量: 29827.607 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Staphylococcus aureus (strain bovine RF122 / ET3-1) (黄色ブドウ球菌)
株: bovine RF122 / ET3-1 / 参照: UniProt: Q2YYP9
#26: タンパク質 50S ribosomal protein L3


分子量: 23199.545 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Staphylococcus aureus (strain bovine RF122 / ET3-1) (黄色ブドウ球菌)
株: bovine RF122 / ET3-1 / 参照: UniProt: Q2YYP6
#27: タンパク質 50S ribosomal protein L4


分子量: 22364.504 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Staphylococcus aureus (strain bovine RF122 / ET3-1) (黄色ブドウ球菌)
株: bovine RF122 / ET3-1 / 参照: UniProt: Q2YYP7
#28: タンパク質 50S ribosomal protein L5


分子量: 19731.893 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Staphylococcus aureus (strain bovine RF122 / ET3-1) (黄色ブドウ球菌)
株: bovine RF122 / ET3-1 / 参照: UniProt: Q2YYK9
#29: タンパク質 50S ribosomal protein L6


分子量: 19501.154 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Staphylococcus aureus (strain bovine RF122 / ET3-1) (黄色ブドウ球菌)
株: bovine RF122 / ET3-1 / 参照: UniProt: Q2YYL2
#30: タンパク質 50S ribosomal protein L13


分子量: 16359.427 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Staphylococcus aureus (strain bovine RF122 / ET3-1) (黄色ブドウ球菌)
株: bovine RF122 / ET3-1 / 参照: UniProt: Q2YYM8
#31: タンパク質 50S ribosomal protein L14


分子量: 13157.342 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Staphylococcus aureus (strain bovine RF122 / ET3-1) (黄色ブドウ球菌)
株: bovine RF122 / ET3-1 / 参照: UniProt: Q2YYK7
#32: タンパク質 50S ribosomal protein L15


分子量: 15628.890 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Staphylococcus aureus (strain bovine RF122 / ET3-1) (黄色ブドウ球菌)
株: bovine RF122 / ET3-1 / 参照: UniProt: Q2YYL6
#33: タンパク質 50S ribosomal protein L16


分子量: 15599.435 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Staphylococcus aureus (strain bovine RF122 / ET3-1) (黄色ブドウ球菌)
株: bovine RF122 / ET3-1 / 参照: UniProt: Q2YYQ3
#34: タンパク質 50S ribosomal protein L17


分子量: 13583.523 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Staphylococcus aureus (strain bovine RF122 / ET3-1) (黄色ブドウ球菌)
株: bovine RF122 / ET3-1 / 参照: UniProt: Q2YYM3
#35: タンパク質 50S ribosomal protein L18


分子量: 13124.093 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
参照: UniProt: W8TRE0
#36: タンパク質 50S ribosomal protein L19


分子量: 13104.381 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Staphylococcus aureus (strain bovine RF122 / ET3-1) (黄色ブドウ球菌)
株: bovine RF122 / ET3-1 / 参照: UniProt: Q2YXM4
#37: タンパク質 50S ribosomal protein L20


分子量: 13459.919 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Staphylococcus aureus (strain bovine RF122 / ET3-1) (黄色ブドウ球菌)
株: bovine RF122 / ET3-1 / 参照: UniProt: Q2YTB1
#38: タンパク質 50S ribosomal protein L21


分子量: 11354.081 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Staphylococcus aureus (strain bovine RF122 / ET3-1) (黄色ブドウ球菌)
株: bovine RF122 / ET3-1 / 参照: UniProt: Q2YT83
#39: タンパク質 50S ribosomal protein L22


分子量: 12328.358 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Staphylococcus aureus (strain bovine RF122 / ET3-1) (黄色ブドウ球菌)
株: bovine RF122 / ET3-1 / 参照: UniProt: Q2YYQ1
#40: タンパク質 50S ribosomal protein L23


分子量: 10380.100 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Staphylococcus aureus (strain bovine RF122 / ET3-1) (黄色ブドウ球菌)
株: bovine RF122 / ET3-1 / 参照: UniProt: Q2YYP8
#41: タンパク質 50S ribosomal protein L24


分子量: 11316.205 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Staphylococcus aureus (strain bovine RF122 / ET3-1) (黄色ブドウ球菌)
株: bovine RF122 / ET3-1 / 参照: UniProt: Q2YYK8
#42: タンパク質 50S ribosomal protein L25 / General stress protein CTC


分子量: 10462.200 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
参照: UniProt: A0A133Q8Z9
#43: タンパク質 50S ribosomal protein L27


分子量: 8911.099 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
参照: UniProt: A0A0U1N012, UniProt: A0A7U7PYN3*PLUS
#44: タンパク質 50S ribosomal protein L28


分子量: 6550.716 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Staphylococcus aureus (strain bovine RF122 / ET3-1) (黄色ブドウ球菌)
株: bovine RF122 / ET3-1 / 参照: UniProt: Q2YXJ2
#45: タンパク質 50S ribosomal protein L29


分子量: 7845.942 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Staphylococcus aureus (strain bovine RF122 / ET3-1) (黄色ブドウ球菌)
株: bovine RF122 / ET3-1 / 参照: UniProt: Q2YYN0
#46: タンパク質 50S ribosomal protein L30


分子量: 6434.487 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Staphylococcus aureus (strain bovine RF122 / ET3-1) (黄色ブドウ球菌)
株: bovine RF122 / ET3-1 / 参照: UniProt: Q2YYL5
#47: タンパク質 50S ribosomal protein L31 type B


分子量: 6909.694 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Staphylococcus aureus (strain bovine RF122 / ET3-1) (黄色ブドウ球菌)
株: bovine RF122 / ET3-1 / 参照: UniProt: Q2YUN3
#48: タンパク質・ペプチド 50S ribosomal protein L32


分子量: 5569.565 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
参照: UniProt: A0A1Q8DAT0
#49: タンパク質・ペプチド 50S ribosomal protein L33


分子量: 5684.561 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
参照: UniProt: A0A077V2P0
#50: タンパク質・ペプチド 50S ribosomal protein L34


分子量: 5252.369 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Staphylococcus aureus (strain bovine RF122 / ET3-1) (黄色ブドウ球菌)
株: bovine RF122 / ET3-1 / 参照: UniProt: Q2YZB6
#51: タンパク質 50S ribosomal protein L35


分子量: 7461.992 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Staphylococcus aureus (strain bovine RF122 / ET3-1) (黄色ブドウ球菌)
株: bovine RF122 / ET3-1 / 参照: UniProt: Q2YTB0
#52: タンパク質・ペプチド 50S ribosomal protein L36


分子量: 4318.422 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
参照: UniProt: A0A077UGV8

-
実験情報

-
実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

-
試料調製

構成要素
ID名称タイプEntity IDParent-ID由来
1100S complex pf Staphylococcus aureusRIBOSOMEall0NATURAL
230S subunitCOMPLEX#1-#211NATURAL
350S subunitCOMPLEX#23-#521NATURAL
416S rRNACOMPLEX#12NATURAL
530S ribosomal proteinsCOMPLEX#2-#212NATURAL
623S and 5S rRNACOMPLEX#23-#243NATURAL
750S ribosomal proteinsCOMPLEX#25-#523NATURAL
分子量
IDEntity assembly-ID実験値
11NO
12
13
14
15
16
17
由来(天然)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID株
21Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)1280USA300_FPR3757
32Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)1280USA300_FPR3757
43Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)1280USA300_FPR3757
54Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)1280USA300_FPR3757
65Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)1280USA300_FPR3757
76Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)1280USA300_FPR3757
87Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)1280USA300_FPR3757
緩衝液pH: 7.5
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

-
電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD
撮影電子線照射量: 2.3 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON II (4k x 4k)

-
解析

CTF補正タイプ: NONE
3次元再構成解像度: 6.76 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 12570 / クラス平均像の数: 1 / 対称性のタイプ: POINT

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る