PDB-6ffl: Maltose/maltodextrin-binding domain MalE from Bdellovibrio bacter...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6ffl

タイトル

Maltose/maltodextrin-binding domain MalE from Bdellovibrio bacteriovorus bound to maltotriose

要素

Maltose/maltodextrin transport permease homologue

キーワード

SUGAR BINDING PROTEIN / carbohydrate binding protein

機能・相同性

機能・相同性情報

carbohydrate transmembrane transporter activity / membrane => GO:0016020 /

細胞膜
類似検索 - 分子機能

生物種

Bdellovibrio bacteriovorus HD100 (ブデロビブリオ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 1.707 Å

データ登録者

Licht, A. / Werther, T. / Bommer, M. / Neumann, K. / Schneider, E.

資金援助

ドイツ, 1件

引用

ジャーナル: Res. Microbiol. / 年: 2018
タイトル: Structural and functional characterization of a maltose/maltodextrin ABC transporter comprising a single solute binding domain (MalE) fused to the transmembrane subunit MalF.
著者: Licht, A. / Bommer, M. / Werther, T. / Neumann, K. / Hobe, C. / Schneider, E.

履歴

登録	2018年1月8日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2018年1月24日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2018年1月31日	Group: Author supporting evidence / Derived calculations カテゴリ: pdbx_audit_support / pdbx_struct_sheet_hbond ...pdbx_audit_support / pdbx_struct_sheet_hbond / struct_conf / struct_sheet / struct_sheet_order / struct_sheet_range Item: _pdbx_audit_support.funding_organization / _struct_sheet_range.beg_auth_comp_id ..._pdbx_audit_support.funding_organization / _struct_sheet_range.beg_auth_comp_id / _struct_sheet_range.beg_auth_seq_id / _struct_sheet_range.beg_label_comp_id / _struct_sheet_range.beg_label_seq_id / _struct_sheet_range.end_auth_comp_id / _struct_sheet_range.end_auth_seq_id / _struct_sheet_range.end_label_comp_id / _struct_sheet_range.end_label_seq_id / _struct_sheet_range.id / _struct_sheet_range.sheet_id
改定 1.2	2018年10月10日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.3	2019年2月20日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / pdbx_database_proc Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 2.0	2020年7月29日	Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / entity_name_com / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_molecule_features / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_conn_angle / struct_asym / struct_conn / struct_conn_type / struct_site / struct_site_gen Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.occupancy / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _entity.pdbx_number_of_molecules / _entity.src_method / _entity.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_conn_type.id 解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.1	2024年5月8日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_conn Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6ffl.cif.gz	177.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6ffl.ent.gz	140.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6ffl.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ff/6ffl ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ff/6ffl	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	7c0r-1 4e33-d 7c0o-1 6ukw-d 4rk9-1 3vxc-3 6qug-8 2zyk-4 6jaz-d 7c16-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#255 - 2021年3月シスプラチンとDNA (Cisplatin and DNA) 類似性 (1) #205 - 2017年1月核膜孔複合体 (Nuclear Pore Complex) 類似性 (2) #221 - 2018年5月ヒトパピローマウイルスとワクチン (Human Papillomavirus and Vaccines) 類似性 (2) #243 - 2020年3月電位依存性ナトリウムチャネル (Voltage-gated Sodium Channels) 類似性 (2)

登録構造単位

A: Maltose/maltodextrin transport permease homologue

ヘテロ分子

45 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	78.747, 106.692, 53.492
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁2₁2

#1: タンパク質

Maltose/maltodextrin transport permease homologue

分子量: 43380.250 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Bdellovibrio bacteriovorus HD100 (ブデロビブリオ)
遺伝子: malF, Bd1227 / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q6MNM0

#2: 多糖

alpha-D-glucopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranose / alpha-maltotriose

タイプ: oligosaccharide

オリゴ糖, Oligosaccharide

オリゴ糖
クラス: 栄養素

栄養素 / 分子量: 504.438 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: oligosaccharide / 参照: alpha-maltotriose

記述子	タイプ	プログラム
DGlcpa1-4DGlcpa1-4DGlcpa1-ROH	Glycam Condensed Sequence	GMML 1.0
WURCS=2.0/1,3,2/[a2122h-1a_1-5]/1-1-1/a4-b1_b4-c1	WURCS	PDB2Glycan 1.1.0
[][a-D-Glcp]{[(4+1)][a-D-Glcp]{[(4+1)][a-D-Glcp]{}}}	LINUCS	PDB-CARE

#3: 化合物

ChemComp-PT / PLATINUM (II) ION

分子量: 195.078 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Pt

#4: 化合物

ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン /

硫酸塩

分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄

#5: 水

ChemComp-HOH / water /

水

分子量: 18.015 Da / 分子数: 392 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.59 Å³/Da / 溶媒含有率: 53 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 5.5 詳細: 25% PEG3350, 0.1 M BisTris pH 5.5, 0.2M LiSO4 soaked with Pt(NO3)2(NH3)2

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.892 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年6月13日
放射	モノクロメーター: Si-111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.892 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.707→50 Å / Num. obs: 49643 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 26.2 % / B_iso Wilson estimate: 20.6 Å² / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.145 / R_rim(I) all: 0.148 / Net I/σ(I): 24
反射シェル	解像度: 1.707→1.768 Å / 冗長度: 26.3 % / R_merge(I) obs: 1.661 / Mean I/σ(I) obs: 2.09 / Num. unique obs: 4807 / CC_1/2: 0.906 / R_rim(I) all: 1.693 / % possible all: 98.2

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.11.1_2575: ???)	精密化
XDS	VERSION March 2013	データ削減
XDS	VERSION March 2013	データスケーリング
AutoSol		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 1.707→47.818 Å / SU ML: 0.18 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.27 / 位相誤差: 17.22

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.1911	2352	4.99 %	random
R_work	0.1581	-	-	-
obs	0.1597	49629	99.73 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 24.8 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.707→47.818 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3012	0	44	392	3448

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.006	3243
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.804	4427
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	2.825	2675
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.053	491
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	578

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.7073-1.7267	0.2828	146	0.2922	2812	X-RAY DIFFRACTION	94
1.7267-1.747	0.2889	157	0.2675	2997	X-RAY DIFFRACTION	100
1.747-1.7683	0.3336	153	0.2548	2990	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7683-1.7907	0.2243	162	0.2385	3004	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7907-1.8142	0.2147	154	0.2307	2978	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8142-1.8391	0.2788	157	0.2194	3003	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8391-1.8654	0.2564	161	0.2096	3025	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8654-1.8932	0.2064	157	0.1925	2955	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8932-1.9228	0.2279	156	0.1939	2991	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9228-1.9543	0.2047	157	0.1825	2963	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9543-1.988	0.217	159	0.1822	3032	X-RAY DIFFRACTION	100
1.988-2.0242	0.2413	155	0.1799	2968	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0242-2.0631	0.1831	163	0.1737	3002	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0631-2.1052	0.1562	157	0.1538	2994	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1052-2.151	0.19	158	0.1566	2985	X-RAY DIFFRACTION	100
2.151-2.201	0.2368	156	0.1517	2983	X-RAY DIFFRACTION	100
2.201-2.2561	0.2475	160	0.1545	3017	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2561-2.3171	0.1842	158	0.1587	3020	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3171-2.3853	0.2127	156	0.1558	2975	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3853-2.4622	0.1797	156	0.1512	2995	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4622-2.5502	0.194	161	0.1536	3015	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5502-2.6523	0.2001	152	0.1584	2995	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6523-2.773	0.1965	159	0.1558	2954	X-RAY DIFFRACTION	100
2.773-2.9192	0.1625	162	0.1489	3016	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9192-3.1021	0.1772	156	0.1515	2988	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1021-3.3415	0.1829	153	0.148	3002	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3415-3.6777	0.1685	163	0.1335	2984	X-RAY DIFFRACTION	100
3.6777-4.2096	0.1793	154	0.1281	2989	X-RAY DIFFRACTION	100
4.2096-5.3026	0.1543	156	0.1261	3022	X-RAY DIFFRACTION	100
5.3026-47.8372	0.1642	151	0.161	2985	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.5652	-0.434	0.4205	1.845	0.2132	1.2949	0.0439	-0.1278	0.0223	0.2837	-0.0262	0.4304	-0.0654	-0.2276	-0.0151	0.1452	0.01	0.0657	0.1809	-0.0393	0.2378	11.5199	38.5669	39.2617
2	1.715	-0.9458	0.1146	2.0693	-0.5732	1.1497	-0.0202	-0.1307	0.2846	0.3243	-0.0598	-0.1362	-0.2194	0.0819	0.078	0.1675	-0.0257	-0.0243	0.1463	-0.0334	0.1566	27.204	42.8734	41.8683
3	1.4768	0.4838	0.3565	2.0032	0.6923	2.24	-0.0333	0.0404	-0.2745	-0.3136	0.0175	0.2873	0.1551	-0.1493	-0.0079	0.1773	-0.0241	-0.0499	0.1147	-0.0049	0.2035	26.8292	12.034	20.5161
4	1.1001	0.4576	-0.6027	2.4406	-0.6262	1.3092	-0.0576	0.0409	0.0399	-0.3921	0.0351	0.1553	0.0987	-0.12	0.0221	0.1447	0.019	-0.0499	0.1391	-0.0081	0.1111	30.9829	26.4652	18.9067
5	1.0118	-0.5043	-0.5868	1.7154	0.9097	1.4476	0.0214	-0.0645	-0.0176	0.1848	-0.0845	0.1381	0.0091	-0.0889	0.0702	0.1107	-0.0091	-0.0104	0.1281	0.0084	0.1154	23.2033	30.0064	38.8277
6	0.4819	0.0452	-0.3351	1.1318	0.0658	2.121	0.0255	0.0199	0.0028	0.0157	0.0238	-0.0764	-0.0384	0.0082	-0.03	0.0619	0.0095	-0.0268	0.1309	-0.0014	0.1231	31.1208	33.4687	27.2512

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 3 through 60 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 61 through 115 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 116 through 163 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 164 through 229 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 230 through 307 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 308 through 385 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

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万見 (Yorodumi)