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万見
- PDB-6f8z: Structure of the family GH92 alpha-mannosidase BT3130 from Bacter... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6f8z
タイトルStructure of the family GH92 alpha-mannosidase BT3130 from Bacteroides thetaiotaomicron
要素Alpha-1,2-mannosidase, putative
キーワードHYDROLASE (加水分解酵素) / glycan (糖鎖) / carbohydrate (炭水化物) / glycosidase / substrate specificity / glycoside hydrolase (グリコシダーゼ) / alpha-mannosidase / GH92 / gut bacteria (腸内細菌) / microbiota (微生物叢) / CAZy (CAZy) / CAZypedia
機能・相同性
機能・相同性情報


carbohydrate binding / hydrolase activity / carbohydrate metabolic process
類似検索 - 分子機能
Alpha-1,2-mannosidase, putative / Glycosyl hydrolase family 92 / Glycosyl hydrolase family 92 N-terminal domain / Glycosyl hydrolase family 92 catalytic domain / Glycosyl hydrolase family 92 N-terminal domain / Glycoside hydrolase-type carbohydrate-binding / Six-hairpin glycosidase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Alpha-1,2-mannosidase, putative / Alpha-1,2-mannosidase, putative
類似検索 - 構成要素
生物種Bacteroides thetaiotaomicron (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Thompson, A.J. / Spears, R.J. / Zhu, Y. / Suits, M.D.L. / Williams, S.J. / Gilbert, H.J. / Davies, G.J.
資金援助 英国, 2件
組織認可番号国
Biotechnology and Biological Sciences Research CouncilBB/G016127/1 英国
Royal SocietyKen Murray Research Professorship 英国
引用ジャーナル: Acta Crystallogr D Struct Biol / 年: 2018
タイトル: Bacteroides thetaiotaomicron generates diverse alpha-mannosidase activities through subtle evolution of a distal substrate-binding motif.
著者: Thompson, A.J. / Spears, R.J. / Zhu, Y. / Suits, M.D.L. / Williams, S.J. / Gilbert, H.J. / Davies, G.J.
履歴
登録2017年12月13日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02018年5月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年5月9日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22024年1月17日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Alpha-1,2-mannosidase, putative
B: Alpha-1,2-mannosidase, putative
C: Alpha-1,2-mannosidase, putative
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)248,5567
ポリマ－248,3743
非ポリマー1824
水23,2931293
1
A: Alpha-1,2-mannosidase, putative
ヘテロ分子

A: Alpha-1,2-mannosidase, putative
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)165,7876
ポリマ－165,5832
非ポリマー2044
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation11_555-x+y,y,-z1
Buried area3710 Å2
ΔGint-24 kcal/mol
Surface area43770 Å2
手法PISA
2
B: Alpha-1,2-mannosidase, putative
C: Alpha-1,2-mannosidase, putative
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)165,6634
ポリマ－165,5832
非ポリマー802
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3160 Å2
ΔGint-31 kcal/mol
Surface area43820 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)272.301, 272.301, 190.047
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number180
Space group name H-MP6222

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要素

#1: タンパク質 Alpha-1,2-mannosidase, putative / Glycoside hydrolase


分子量: 82791.266 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bacteroides thetaiotaomicron (バクテリア)
遺伝子: ERS852430_04477, ERS852511_01397, SAMN02910322_03319
プラスミド: pET21a / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): TUNER / 参照: UniProt: A0A174L250, UniProt: Q8A325*PLUS
#2: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル / エチレングリコール


分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1293 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.08 Å3/Da / 溶媒含有率: 69.9 %
結晶化温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.4
詳細: 18% (w/v) PEG 3350, 0.1 M Bis-Tris propane, pH 6.4, 0.2 M NaBr

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04-1 / 波長: 0.92 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年8月14日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.92 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→49.67 Å / Num. obs: 142171 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 25 % / Biso Wilson estimate: 33.4 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.21 / Rpim(I) all: 0.06 / Rrim(I) all: 0.218 / Net I/σ(I): 18.6
反射 シェル解像度: 2.5→2.54 Å / 冗長度: 24.5 % / Rmerge(I) obs: 2 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / Num. unique obs: 6722 / CC1/2: 0.735 / Rpim(I) all: 0.579 / Rrim(I) all: 2.09 / % possible all: 96.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0135精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2WVY

2wvy


解像度: 2.5→49.67 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.954 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.929 / SU B: 7.435 / SU ML: 0.158 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.245 / ESU R Free: 0.206 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.22176 7011 4.9 %RANDOM
Rwork0.18056 ---
obs0.1826 135113 99.77 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 50.745 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.12 Å20.56 Å20 Å2
2--1.12 Å20 Å2
3----3.64 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.5→49.67 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数16609 0 7 1293 17909
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.01917207
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.0215135
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3181.91923399
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.961334668
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.48652133
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.16424.002852
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.634152535
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.6871580
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.080.22424
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.02120097
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.024363
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.5325.1988508
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.5285.1978503
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it4.0487.78410612
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other4.0487.78410613
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.2825.2448699
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other2.2825.2448699
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other3.7257.81212779
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined6.10741.25720357
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other6.10741.25720358
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.498→2.563 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.308 478 -
Rwork0.286 9662 -
obs--97.55 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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