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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6f17 | ||||||
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タイトル | Structure of Mb NMH H64V, V68A mutant resting state | ||||||
要素 | Myoglobinミオグロビン | ||||||
キーワード | OXYGEN STORAGE / Myoglobin (ミオグロビン) / Heme (ヘム) / N-methylhistidine | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 nitrite reductase activity / 酸化還元酵素; 他の含窒素化合物が電子供与する / 筋形質 / 酸化還元酵素; 過酸化物を電子受容体にする; ペルオキシダーゼ / removal of superoxide radicals / peroxidase activity / oxygen carrier activity / oxygen binding / heme binding / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Physeter catodon (マッコウクジラ) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.45 Å | ||||||
データ登録者 | Tinzl, M. / Hayashi, T. / Mori, T. / Hilvert, D. | ||||||
引用 | ジャーナル: Nat Catal / 年: 2018 タイトル: Capture and characterization of a reactive haem-carbenoid complex in an artificial metalloenzyme 著者: Hayashi, T. / Tinzl, M. / Mori, T. / Krengel, U. / Proppe, J. / Soetbeer, J. / Klose, D. / Jeschke, G. / Reiher, M. / Hilvert, D. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6f17.cif.gz | 50.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6f17.ent.gz | 34.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6f17.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f1/6f17 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f1/6f17 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 18210.963 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Physeter catodon (マッコウクジラ) 遺伝子: MB / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P02185 |
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#2: 化合物 | ChemComp-HEM / |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.96 Å3/Da / 溶媒含有率: 37.16 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 詳細: 0.1 M SPG buffer at pH 6.8-7.2 containing 28-32%(w/v) PEG1500. |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 1 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年9月2日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.45→40.2 Å / Num. obs: 25715 / % possible obs: 98.9 % / 冗長度: 6.2 % / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.043 / Net I/σ(I): 19.3 |
反射 シェル | 解像度: 1.45→1.47 Å / 冗長度: 6.4 % / Rmerge(I) obs: 0.571 / Mean I/σ(I) obs: 2.6 / CC1/2: 0.903 / % possible all: 96.4 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 1A6K 解像度: 1.45→40.162 Å / SU ML: 0.14 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 23.49 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.45→40.162 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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