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万見
- PDB-6er9: Crystal structure of cyclohexanone monooxygenase from Rhodococcus... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6er9
タイトルCrystal structure of cyclohexanone monooxygenase from Rhodococcus sp. Phi1 bound to NADP+
要素Cyclohexanone monooxygenaseシクロヘキサノンモノオキシゲナーゼ
キーワードFLAVOPROTEIN (フラボタンパク質) / Monooxygenase / Rossmann fold (ロスマンフォールド) / FAD / NADP+ (ニコチンアミドアデニンジヌクレオチドリン酸) / lactone (ラクトン) / dihydrocarvone
機能・相同性
機能・相同性情報


N,N-dimethylaniline monooxygenase activity / flavin adenine dinucleotide binding / NADP binding
類似検索 - 分子機能
Flavin monooxygenase-like / Flavin-binding monooxygenase-like / FAD/NAD(P)-binding domain / FAD/NAD(P)-binding domain / 3-Layer(bba) Sandwich / FAD/NAD(P)-binding domain superfamily / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
フラビンアデニンジヌクレオチド / NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / シクロヘキサノンモノオキシゲナーゼ
類似検索 - 構成要素
生物種Rhodococcus sp. Phi1 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.37 Å
データ登録者Karuppiah, V. / Scrutton, N.S.
資金援助 英国, 1件
組織認可番号国
Engineering and Physical Sciences Research CouncilEP/M013219/1 英国
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2018
タイトル: Biocatalytic Routes to Lactone Monomers for Polymer Production.
著者: Messiha, H.L. / Ahmed, S.T. / Karuppiah, V. / Suardiaz, R. / Ascue Avalos, G.A. / Fey, N. / Yeates, S. / Toogood, H.S. / Mulholland, A.J. / Scrutton, N.S.
履歴
登録2017年10月17日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02018年9月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月17日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cyclohexanone monooxygenase
B: Cyclohexanone monooxygenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)124,9376
ポリマ－121,8792
非ポリマー3,0584
水2,774154
1
A: Cyclohexanone monooxygenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)62,4693
ポリマ－60,9401
非ポリマー1,5292
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Cyclohexanone monooxygenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)62,4693
ポリマ－60,9401
非ポリマー1,5292
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)54.080, 64.440, 186.220
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 96.02, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Cyclohexanone monooxygenase / シクロヘキサノンモノオキシゲナーゼ


分子量: 60939.711 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Rhodococcus sp. Phi1 (バクテリア)
遺伝子: chnB / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q84H73
#2: 化合物 ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FAD / フラビンアデニンジヌクレオチド


分子量: 785.550 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H33N9O15P2 / コメント: FAD*YM
#3: 化合物 ChemComp-NAP / NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / 2'-MONOPHOSPHOADENOSINE 5'-DIPHOSPHORIBOSE / ニコチンアミドアデニンジヌクレオチドリン酸


分子量: 743.405 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H28N7O17P3
#4: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 154 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.65 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.54 %
結晶化温度: 277.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.2 M Sodium bromide, 0.1 M Bis-Tris propane pH 6.5, 20% w/v PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.97625 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年10月20日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97625 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.37→92.6 Å / Num. obs: 51521 / % possible obs: 98.8 % / 冗長度: 3.2 % / CC1/2: 0.993 / Rmerge(I) obs: 0.085 / Rpim(I) all: 0.07 / Net I/σ(I): 7.9
反射 シェル解像度: 2.37→2.43 Å / 冗長度: 3.1 % / Rmerge(I) obs: 0.727 / Mean I/σ(I) obs: 1.3 / Num. unique obs: 3797 / CC1/2: 0.523 / Rpim(I) all: 0.614 / % possible all: 99.6

-
解析

ソフトウェア
名称分類
PHENIX精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
PHENIXモデル構築
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3GWD

3gwd


解像度: 2.37→92.597 Å / SU ML: 0.36 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 28.97
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2456 2605 5.06 %
Rwork0.1998 --
obs0.2021 51485 98.69 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.37→92.597 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8320 0 202 154 8676
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0068756
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.81211973
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d3.4615124
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0511295
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0051666
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.37-2.41310.3951490.31592555X-RAY DIFFRACTION99
2.4131-2.45950.34441490.30592615X-RAY DIFFRACTION100
2.4595-2.50970.31671260.28672489X-RAY DIFFRACTION99
2.5097-2.56430.34991580.27262613X-RAY DIFFRACTION100
2.5643-2.6240.32481210.26092571X-RAY DIFFRACTION99
2.624-2.68960.34111370.26122606X-RAY DIFFRACTION99
2.6896-2.76230.30061030.2612538X-RAY DIFFRACTION99
2.7623-2.84360.31331350.25922598X-RAY DIFFRACTION99
2.8436-2.93540.36221530.25262536X-RAY DIFFRACTION99
2.9354-3.04030.27231300.25012596X-RAY DIFFRACTION99
3.0403-3.1620.27071450.23392585X-RAY DIFFRACTION100
3.162-3.3060.26581210.22032584X-RAY DIFFRACTION100
3.306-3.48030.26471210.20582581X-RAY DIFFRACTION99
3.4803-3.69830.24951410.19392600X-RAY DIFFRACTION99
3.6983-3.98390.21381370.1762560X-RAY DIFFRACTION98
3.9839-4.38480.20191480.16142509X-RAY DIFFRACTION97
4.3848-5.01920.19271570.15262528X-RAY DIFFRACTION97
5.0192-6.32350.20491300.18012575X-RAY DIFFRACTION97
6.3235-92.66720.2181440.16692641X-RAY DIFFRACTION97
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.5742-0.2019-1.12671.07860.01162.06960.195-0.14060.17680.0095-0.036-0.2321-0.29140.3201-0.12210.2862-0.0480.00790.3668-0.03850.4385.60729.971871.7165
21.3341-0.29080.1712.31010.84661.51530.16370.2712-0.2328-1.0143-0.02410.07070.1049-0.1428-0.13940.8934-0.0203-0.08930.5142-0.06350.457637.5516-17.041422.9945
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1(chain 'A' and resid 6 through 536)
2X-RAY DIFFRACTION2(chain 'B' and resid 7 through 536)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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