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- PDB-6dtf: Crystal structure of Haemophilus influenzae OppA complex with KKK -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6dtf
タイトルCrystal structure of Haemophilus influenzae OppA complex with KKK
要素
  • LYS-LYS-LYS
  • Periplasmic oligopeptide-binding protein
キーワードPEPTIDE BINDING PROTEIN / substrate-binding protein / ABC transporter
機能・相同性
機能・相同性情報


ATP-binding cassette (ABC) transporter complex / transmembrane transport / outer membrane-bounded periplasmic space
類似検索 - 分子機能
Dipeptide-binding Protein; domain 1 / Dipeptide-binding Protein; Domain 1 / Solute-binding protein family 5, conserved site / Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 5 signature. / Dipeptide-binding Protein; domain 3 / Dipeptide-binding Protein; Domain 3 / Peptide/nickel binding protein, MppA-type / Solute-binding protein family 5 domain / Solute-binding protein family 5 / Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 5 Middle ...Dipeptide-binding Protein; domain 1 / Dipeptide-binding Protein; Domain 1 / Solute-binding protein family 5, conserved site / Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 5 signature. / Dipeptide-binding Protein; domain 3 / Dipeptide-binding Protein; Domain 3 / Peptide/nickel binding protein, MppA-type / Solute-binding protein family 5 domain / Solute-binding protein family 5 / Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 5 Middle / Periplasmic binding protein-like II / D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 / Roll / Alpha-Beta Complex / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Periplasmic oligopeptide-binding protein
類似検索 - 構成要素
生物種Haemophilus influenzae (インフルエンザ菌)
Haemophilus influenzae 86-028NP (インフルエンザ菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.75 Å
データ登録者Tanaka, K.J. / Pinkett, H.W.
引用ジャーナル: J. Biol. Chem. / 年: 2019
タイトル: Oligopeptide-binding protein from nontypeableHaemophilus influenzaehas ligand-specific sites to accommodate peptides and heme in the binding pocket.
著者: Tanaka, K.J. / Pinkett, H.W.
履歴
登録2018年6月16日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年11月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年12月5日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.pdbx_database_id_DOI ..._citation.journal_abbrev / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22019年1月30日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year
改定 1.32024年3月13日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Periplasmic oligopeptide-binding protein
B: LYS-LYS-LYS
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)60,5854
ポリマ－60,3932
非ポリマー1922
水4,486249
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1470 Å2
ΔGint-34 kcal/mol
Surface area19600 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)47.800, 92.332, 108.362
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Periplasmic oligopeptide-binding protein


分子量: 59987.000 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Haemophilus influenzae (strain 86-028NP) (インフルエンザ菌)
株: 86-028NP / 遺伝子: oppA, NTHI1292 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q4QLH0
#2: タンパク質・ペプチド LYS-LYS-LYS


分子量: 405.555 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
由来: (合成) Haemophilus influenzae 86-028NP (インフルエンザ菌)
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン / 硫酸塩


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 249 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.98 Å3/Da / 溶媒含有率: 37.87 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.1M sodium acetate pH 4.6, 2.2M ammonium sulfate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-D / 波長: 1.0782 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年3月14日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.0782 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.75→46.73 Å / Num. obs: 48105 / % possible obs: 97.9 % / 冗長度: 9.1 % / Rmerge(I) obs: 0.055 / Net I/σ(I): 16.5
反射 シェル解像度: 1.75→1.78 Å / Rmerge(I) obs: 0.525 / Mean I/σ(I) obs: 2.7 / % possible all: 93.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Aimless0.6.2データスケーリング
REFMAC5.8.0222精密化
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
XDSJan 26, 2018データ削減
BALBES1.0.0位相決定
ARP/wARP8モデル構築
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.75→46.73 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.973 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.959 / SU B: 4.236 / SU ML: 0.122 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.124 / ESU R Free: 0.123
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2212 2341 4.9 %RANDOM
Rwork0.1753 ---
obs0.1776 45707 97.63 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 104.84 Å2 / Biso mean: 40.6 Å2 / Biso min: 25.39 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-6.71 Å20 Å20 Å2
2---2.02 Å20 Å2
3----4.69 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.75→46.73 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4133 0 10 249 4392
Biso mean--68.02 45.87 -
残基数----517
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.0144244
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0173769
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3171.6645768
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.9331.6418844
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.5045515
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.423.901223
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.23315709
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg11.5591517
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0650.2546
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.024761
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02787
LS精密化 シェル解像度: 1.75→1.795 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.32 172 -
Rwork0.311 3214 -
all-3386 -
obs--94.13 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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