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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6d8f | ||||||
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タイトル | RsAgo Ternary Complex with Guide RNA and Target DNA Containing T-T Bulge Within the Seed Segment | ||||||
要素 |
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キーワード | RNA BINDING PROTEIN (RNA結合タンパク質) / Rhodobacter sphaerodes Argounaute (RsAgo) / guide RNA / target DNA / RNA-DNA heteroduplex / non-canonical base pairs and bulges | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Rhodobacter sphaeroides (バクテリア) Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025 (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.15 Å | ||||||
データ登録者 | Liu, Y. / Esyunina, D. / Olovnikov, I. / Teplova, M. / Patel, D.J. | ||||||
引用 | ジャーナル: Cell Rep / 年: 2018 タイトル: Accommodation of Helical Imperfections in Rhodobacter sphaeroides Argonaute Ternary Complexes with Guide RNA and Target DNA. 著者: Liu, Y. / Esyunina, D. / Olovnikov, I. / Teplova, M. / Kulbachinskiy, A. / Aravin, A.A. / Patel, D.J. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6d8f.cif.gz | 643.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6d8f.ent.gz | 509.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6d8f.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/d8/6d8f ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/d8/6d8f | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
-タンパク質 / RNA鎖 / DNA鎖 , 3種, 6分子 AFCHGJ
#1: タンパク質 | 分子量: 89038.375 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Rhodobacter sphaeroides (strain ATCC 17025 / ATH 2.4.3) (バクテリア) 株: ATCC 17025 / ATH 2.4.3 / 遺伝子: Rsph17025_3694 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A4WYU7 #2: RNA鎖 | 分子量: 5772.491 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 由来: (合成) Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025 (バクテリア) #3: DNA鎖 | 分子量: 7945.113 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 由来: (合成) Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025 (バクテリア) |
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-非ポリマー , 4種, 651分子
#4: 化合物 | ChemComp-MPD / ( #5: 化合物 | ChemComp-ACT / | #6: 化合物 | #7: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.29 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.38 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 詳細: 40% MPD, 30 mM magnesium acetate, 50 mM sodium cacodylate pH 5.7 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.97921 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年3月20日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97921 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.15→50 Å / Num. obs: 100379 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 3.8 % / CC1/2: 0.992 / Rmerge(I) obs: 0.095 / Net I/σ(I): 12.7 |
反射 シェル | 解像度: 2.15→2.23 Å / 冗長度: 3.8 % / Rmerge(I) obs: 0.637 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / CC1/2: 0.732 / % possible all: 100 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 解像度: 2.15→42.3 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.15→42.3 Å
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