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- PDB-6cja: Crystal structure of Cystathionine beta-lyase from Legionella pne... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6cja
タイトルCrystal structure of Cystathionine beta-lyase from Legionella pneumophila Philadelphia 1 in complex with Alanyl-PLP and Serine
要素Cystathionine beta-lyase
キーワードLYASE (リアーゼ) / SSGCID / pyridoxal phosphate (ピリドキサールリン酸) / Alanyl-pyridoxal phosphate / Structural Genomics (構造ゲノミクス) / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease
機能・相同性
機能・相同性情報


cystathionine beta-lyase / : / transsulfuration / pyridoxal phosphate binding
類似検索 - 分子機能
Cys/Met metabolism enzymes pyridoxal-phosphate attachment site. / Cys/Met metabolism, pyridoxal phosphate-dependent enzyme / Cys/Met metabolism PLP-dependent enzyme / Aspartate Aminotransferase, domain 1 / Aspartate Aminotransferase, domain 1 / Aspartate Aminotransferase; domain 2 / Type I PLP-dependent aspartate aminotransferase-like (Major domain) / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, small domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, major domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase ...Cys/Met metabolism enzymes pyridoxal-phosphate attachment site. / Cys/Met metabolism, pyridoxal phosphate-dependent enzyme / Cys/Met metabolism PLP-dependent enzyme / Aspartate Aminotransferase, domain 1 / Aspartate Aminotransferase, domain 1 / Aspartate Aminotransferase; domain 2 / Type I PLP-dependent aspartate aminotransferase-like (Major domain) / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, small domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, major domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase / Alpha-Beta Complex / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-F0G / セリン / Cystathionine beta-lyase
類似検索 - 構成要素
生物種Legionella pneumophila subsp. pneumophila (レジオネラ・ニューモフィラ)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.7 Å
データ登録者Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)
引用ジャーナル: to be published
タイトル: Crystal structure of Cystathionine beta-lyase from Legionella pneumophila Philadelphia 1 in complex with Alanyl-PLP and Serine
著者: Abendroth, J. / Lorimer, D.D. / Horanyi, P.S. / Edwards, T.E.
履歴
登録2018年2月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年3月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年3月13日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.22024年4月3日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cystathionine beta-lyase
B: Cystathionine beta-lyase
C: Cystathionine beta-lyase
D: Cystathionine beta-lyase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)174,20315
ポリマ－172,2334
非ポリマー1,97011
水30,3911687
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area20440 Å2
ΔGint-116 kcal/mol
Surface area43310 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)96.170, 97.110, 175.820
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質
Cystathionine beta-lyase /


分子量: 43058.250 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Legionella pneumophila subsp. pneumophila (strain Philadelphia 1 / ATCC 33152 / DSM 7513) (レジオネラ・ニューモフィラ)
株: Philadelphia 1 / ATCC 33152 / DSM 7513 / 遺伝子: metC, lpg0890 / プラスミド: LepnA.00906.a.B1
発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q5ZX43, cystathionine beta-lyase
#2: 化合物
ChemComp-F0G / (E)-N-({3-hydroxy-2-methyl-5-[(phosphonooxy)methyl]pyridin-4-yl}methylidene)-L-alanine / PLP-Ala / L-アラニンアルジミン


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 318.220 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C11H15N2O7P
#3: 化合物
ChemComp-SER / SERINE / セリン / セリン


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 105.093 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H7NO3
#4: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル / グリセリン


分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1687 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.39 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.5 %
結晶化温度: 285 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8
詳細: Molecular Dimensions Morpheus screen H11: 10% w/v PEG 4000, 20% v/v glycerol: 20mM of each sodium L-glutamate, DL-alanine, glycine, DL-lysine HCl, DL-serine: 100mM bicine/Trizma base pH 8.5: ...詳細: Molecular Dimensions Morpheus screen H11: 10% w/v PEG 4000, 20% v/v glycerol: 20mM of each sodium L-glutamate, DL-alanine, glycine, DL-lysine HCl, DL-serine: 100mM bicine/Trizma base pH 8.5: LepnA.00906.a.B1.PS38320 at 18.01mg/ml: cryo: direct: tray 295502 H11: puck MWL3-7

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-E+ SUPERBRIGHT / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU SATURN 944+ / 検出器: CCD / 日付: 2017年10月24日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.7→46.803 Å / Num. obs: 180706 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 9.086 % / Biso Wilson estimate: 16.39 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.073 / Rrim(I) all: 0.077 / Χ2: 1.106 / Net I/σ(I): 18.16
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique obsCC1/2Rrim(I) all% possible all
1.7-1.744.2720.4972.31131410.7890.56999.2
1.74-1.795.6260.4223.24129210.8810.468100
1.79-1.845.8770.3524.05125870.9210.388100
1.84-1.96.1450.2845.29122070.9550.312100
1.9-1.966.390.2346.74118480.9710.255100
1.96-2.036.680.1928.74114560.9790.20999.9
2.03-2.117.0390.15911110590.9880.17399.9
2.11-2.198.5020.14314.6106620.9910.152100
2.19-2.299.4460.12717.69102570.9940.135100
2.29-2.49.8820.11519.6197960.9960.122100
2.4-2.5310.4630.10621.6593660.9960.112100
2.53-2.6911.4230.09325.388250.9970.097100
2.69-2.8713.4310.08329.9683210.9980.086100
2.87-3.114.2170.07234.3477900.9980.075100
3.1-3.414.0710.06238.9671530.9990.065100
3.4-3.814.0430.05342.8565170.9990.055100
3.8-4.3914.0460.04745.6957930.9990.049100
4.39-5.3814.1290.04446.1249120.9990.046100
5.38-7.614.3220.04642.4438650.9990.048100
7.6-46.80313.4950.03748.1922300.9990.03899.5

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHENIX(dev_3026)精密化
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
MoRDa位相決定
Cootモデル構築
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: LLP bound structure

解像度: 1.7→46.803 Å / SU ML: 0.18 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 15.04
Rfactor反射数%反射
Rfree0.168 2008 1.11 %
Rwork0.1407 --
obs0.141 180685 99.92 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 69.36 Å2 / Biso mean: 20.2527 Å2 / Biso min: 5.96 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.7→46.803 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数11646 0 130 1705 13481
Biso mean--22.64 33.03 -
残基数----1524
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 14

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.7-1.74250.2891700.2418125011267199
1.7425-1.78960.22241390.19881264812787100
1.7896-1.84230.23131350.17141267112806100
1.8423-1.90180.18131590.14731267412833100
1.9018-1.96970.15021280.13771265912787100
1.9697-2.04860.191280.14071269112819100
2.0486-2.14180.17331010.14341274612847100
2.1418-2.25480.15691420.14191272012862100
2.2548-2.3960.17051550.14151272312878100
2.396-2.5810.17271550.1441275912914100
2.581-2.84070.1751450.14011277612921100
2.8407-3.25170.16451490.13541286013009100
3.2517-4.09640.16151550.12291292613081100
4.0964-46.82080.12731470.12681332313470100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.8909-0.3633-0.28840.70350.25410.45130.0270.14510.0531-0.0507-0.0032-0.0153-0.0604-0.0192-0.02560.0912-0.0078-0.00960.12130.01820.0876.5066-13.6942-37.5069
20.92360.31-0.1731.1122-0.00830.868-0.03120.085-0.18590.06360.00090.01060.2164-0.06120.020.1455-0.0235-0.00380.0876-0.02150.1077-0.8199-41.426-27.5224
34.50041.56893.93911.3311.85425.11720.0870.1764-0.27360.01290.0824-0.08990.32470.0543-0.14170.1819-0.0150.00880.0813-0.03750.12818.5129-47.017-34.8422
40.3254-0.1319-0.32040.79950.28670.4473-0.00790.1672-0.0962-0.01690.00320.04140.0953-0.07720.00420.0987-0.0178-0.01070.1187-0.01840.08615.5741-32.2436-33.7181
51.1686-0.15020.19151.0671-0.0050.72240.01060.1136-0.23050.1030.0571-0.19570.26390.1471-0.03190.16560.0375-0.02490.1253-0.04810.15323.8633-39.2537-30.4779
61.28160.0151-0.31411.2765-0.21081.24560.0373-0.063-0.17130.24710.0188-0.17020.31040.107-0.02180.260.0486-0.07360.1093-0.01490.168623.8152-41.791-15.6988
72.07312.07611.77912.09841.86361.8742-2.6648-2.2212.20513.02482.96552.3254-2.0716-0.7095-0.29680.42780.2494-0.03690.3336-0.01380.46139.0967-34.746-13.2908
80.5058-0.01220.01510.42090.14560.49440.00830.0159-0.00510.1009-0.00630.00740.0777-0.0312-0.00640.1137-0.0081-0.00180.06750.00830.0705-0.5459-21.1633-12.0885
90.91080.5155-0.33232.1098-0.64211.13870.0094-0.0227-0.02190.0831-0.02770.20990.0599-0.21080.01920.0991-0.01440.03430.1231-0.01290.1087-19.2175-17.0415-9.1984
101.00340.04830.04170.80290.10580.649-0.02880.11130.18640.02930.00440.1385-0.1063-0.14890.0210.09440.01290.00710.1120.02130.1108-11.6885-3.48-20.0104
112.15022.18551.98192.26762.08621.93812.77162.3998-1.6822-2.9486-2.5737-2.31881.52652.9005-0.21260.45930.18720.10310.4965-0.04430.4842-9.3042-14.5737-30.5188
120.3895-0.0046-0.05010.32260.09470.5522-0.01390.04110.03430.03850.0477-0.1032-0.03860.1928-0.02950.0993-0.0158-0.03510.1682-0.01210.146334.6999-6.1391-19.634
132.8010.9751.09091.5926-0.38830.92610.02180.3366-0.0417-0.26410.0005-0.3344-0.08340.6955-0.08860.1598-0.08790.02950.5129-0.03330.312653.95330.572-33.0728
140.88950.43310.56310.38880.26310.53290.01010.02280.03390.00380.0556-0.23150.03830.4473-0.05220.1014-0.0098-0.02060.3324-0.03040.236647.6285-9.2663-30.9743
150.3789-0.0304-0.0190.51790.18950.9326-0.01320.12130.0493-0.0680.0403-0.1317-0.03550.2366-0.00940.0723-0.01860.00610.194-0.00060.141334.1713-11.3306-41.1477
162-5.4757-3.25812-4.7932-0.1278-1.1176-2.44641.0141-0.54820.043-5.4064-6.32430.68840.42330.04510.19650.5820.00380.52729.13993.1663-38.4157
170.5429-0.1937-0.1460.36960.25190.86930.04090.11550.1155-0.0524-0.0073-0.0279-0.11130.0213-0.02650.1273-0.0097-0.0040.11870.03770.142812.12192.9762-32.3113
181.43710.11350.27550.66710.00120.7950.0205-0.03120.27490.07290.023-0.1164-0.29850.2589-0.0550.2345-0.1008-0.01460.172-0.0180.228730.980618.3454-14.6942
190.80170.5779-0.79333.5909-2.39991.87510.0374-0.03020.2928-0.05140.07020.0387-0.4380.1215-0.0720.3624-0.0614-0.03410.112-0.02910.274421.479825.4093-9.276
201.0010.3324-0.19871.4926-0.39680.83480.02190.01870.2725-0.0608-0.05120.0015-0.29890.111-0.01510.2245-0.0459-0.01970.09030.0150.204717.819119.125-15.9996
211.0085-0.1076-0.3920.34440.15291.23750.02570.04140.1760.0390.0301-0.0407-0.17990.0493-0.04660.1293-0.0179-0.01410.05420.00390.138214.60197.916-15.252
220.80.20340.06091.6875-0.92062.43290.0181-0.20.27120.1737-0.05060.028-0.4356-0.08880.06160.2554-0.0062-0.0110.1362-0.06840.231412.420219.51873.3401
231.32690.06650.07650.62740.191.2690.0093-0.16490.07090.1585-0.0046-0.0828-0.08450.1433-0.0050.1822-0.0199-0.03290.1315-0.03760.128219.05694.95675.9143
246.90496.25282.08045.6631.91421.96150.16361.14871.05930.10260.66811.49633.92364.6056-0.82960.3345-0.0238-0.01340.4765-0.16460.321330.11632.1782-5.9512
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 3 through 65 )A3 - 65
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 66 through 145 )A66 - 145
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 146 through 166 )A146 - 166
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 167 through 236 )A167 - 236
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 237 through 300 )A237 - 300
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 301 through 383 )A301 - 383
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 401 through 401 )A401
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 3 through 123 )B3 - 123
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 124 through 196 )B124 - 196
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 197 through 383 )B197 - 383
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 401 through 401 )B401
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'C' and (resid 3 through 123 )C3 - 123
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'C' and (resid 124 through 145 )C124 - 145
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'C' and (resid 146 through 196 )C146 - 196
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'C' and (resid 197 through 383 )C197 - 383
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'C' and (resid 401 through 401 )C401
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'D' and (resid 3 through 65 )D3 - 65
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'D' and (resid 66 through 145 )D66 - 145
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'D' and (resid 146 through 167 )D146 - 167
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'D' and (resid 168 through 196 )D168 - 196
21X-RAY DIFFRACTION21chain 'D' and (resid 197 through 270 )D197 - 270
22X-RAY DIFFRACTION22chain 'D' and (resid 271 through 300 )D271 - 300
23X-RAY DIFFRACTION23chain 'D' and (resid 301 through 383 )D301 - 383
24X-RAY DIFFRACTION24chain 'D' and (resid 401 through 401 )D401

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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