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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6cdq | |||||||||
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タイトル | Crystal structure of the W202F variant of catalase-peroxidase from B. pseudomallei with INH bound. | |||||||||
要素 | Catalase-peroxidase | |||||||||
キーワード | oxidoreductase/oxidoreductase inhibitor / catalase (カタラーゼ) / peroxidase (ペルオキシダーゼ) / W202F / heme (ヘム) / INH / oxidoreductase-oxidoreductase inhibitor complex | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 catalase-peroxidase / catalase activity / hydrogen peroxide catabolic process / response to oxidative stress / heme binding / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Burkholderia pseudomallei (類鼻疽菌) | |||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.92 Å | |||||||||
データ登録者 | Loewen, P.C. | |||||||||
資金援助 | カナダ, 2件
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引用 | ジャーナル: To be published タイトル: Crystal structure of the W202F variant of catalase-peroxidase from B. pseudomallei with INH bound. 著者: Loewen, P.C. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6cdq.cif.gz | 572.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6cdq.ent.gz | 464.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6cdq.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cd/6cdq ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cd/6cdq | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 1mwv S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCSドメイン:
NCSドメイン領域: Component-ID: 0 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: GLY / Beg label comp-ID: GLY / End auth comp-ID: ALA / End label comp-ID: ALA / Refine code: 0 / Auth seq-ID: 36 - 748 / Label seq-ID: 16 - 728
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-要素
-タンパク質 , 1種, 2分子 AB
#1: タンパク質 | 分子量: 79497.953 Da / 分子数: 2 / 変異: W202F / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Burkholderia pseudomallei (strain 1710b) (類鼻疽菌) 株: 1710b / 遺伝子: katG, BURPS1710b_3366 / プラスミド: pKS / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): UM262 / 参照: UniProt: Q3JNW6, catalase-peroxidase |
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-非ポリマー , 8種, 1289分子
#2: 化合物 | #3: 化合物 | #4: 化合物 | #5: 化合物 | ChemComp-OXY / #6: 化合物 | #7: 化合物 | #8: 化合物 | #9: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.23 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.88 % / Mosaicity: 0.14 ° |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.1 / 詳細: MPD, 0.1 M sodium citrate |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: CLSI / ビームライン: 08B1-1 / 波長: 0.98 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2017年5月30日 / 詳細: mirrors | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | モノクロメーター: DOUBLE CRYSTAL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.98 Å / 相対比: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 1.92→174.099 Å / Num. all: 136130 / Num. obs: 136130 / % possible obs: 88.8 % / 冗長度: 3.3 % / Rpim(I) all: 0.048 / Rrim(I) all: 0.093 / Rsym value: 0.078 / Net I/av σ(I): 6.6 / Net I/σ(I): 9.4 / Num. measured all: 445240 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDBID 1MWV 1mwv 解像度: 1.92→174.099 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.964 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.948 / SU B: 5.932 / SU ML: 0.086 / SU R Cruickshank DPI: 0.1342 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.134 / ESU R Free: 0.126 / 詳細: MOLECULAR REPLACEMENT
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 108.43 Å2 / Biso mean: 26.538 Å2 / Biso min: 11.9 Å2
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精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 1.92→174.099 Å
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拘束条件 |
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Refine LS restraints NCS | Ens-ID: 1 / 数: 47634 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Rms dev position: 0.06 Å / Weight position: 0.05
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.92→1.97 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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