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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6av5 | ||||||
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タイトル | Structure of human neuronal nitric oxide synthase R354A/G356D mutant heme domain in complex with 6-(2-(5-Fluoro-3'-((methylamino)methyl)-[1,1'-biphenyl]-3-yl)ethyl)-4-methylpyridin-2-amine | ||||||
要素 | Nitric oxide synthase, brain一酸化窒素合成酵素 | ||||||
キーワード | OXIDOREDUCTASE/inhibitor / nitric oxide synthase inhibitor heme enzyme / OXIDOREDUCTASE (酸化還元酵素) / OXIDOREDUCTASE-inhibitor complex | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 negative regulation of calcium ion transport into cytosol / myoblast fusion / Nitric oxide stimulates guanylate cyclase / ROS and RNS production in phagocytes / negative regulation of hydrolase activity / tetrahydrobiopterin binding / arginine binding / regulation of calcium ion transmembrane transport via high voltage-gated calcium channel / retrograde trans-synaptic signaling by nitric oxide / positive regulation of sodium ion transmembrane transport ...negative regulation of calcium ion transport into cytosol / myoblast fusion / Nitric oxide stimulates guanylate cyclase / ROS and RNS production in phagocytes / negative regulation of hydrolase activity / tetrahydrobiopterin binding / arginine binding / regulation of calcium ion transmembrane transport via high voltage-gated calcium channel / retrograde trans-synaptic signaling by nitric oxide / positive regulation of sodium ion transmembrane transport / positive regulation of adenylate cyclase-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / peptidyl-cysteine S-nitrosylation / cadmium ion binding / positive regulation of the force of heart contraction / negative regulation of potassium ion transport / negative regulation of calcium ion transport / negative regulation of serotonin uptake / sodium channel regulator activity / striated muscle contraction / nitric-oxide synthase (NADPH) / regulation of cardiac muscle contraction / multicellular organismal response to stress / xenobiotic catabolic process / nitric-oxide synthase activity / nitric oxide mediated signal transduction / arginine catabolic process / regulation of sodium ion transport / regulation of ryanodine-sensitive calcium-release channel activity / Ion homeostasis / photoreceptor inner segment / nitric oxide biosynthetic process / negative regulation of blood pressure / response to hormone / cell redox homeostasis / 筋小胞体 / muscle contraction / cell periphery / 筋鞘 / cellular response to growth factor stimulus / vasodilation / calcium-dependent protein binding / FMN binding / flavin adenine dinucleotide binding / positive regulation of peptidyl-serine phosphorylation / NADP binding / response to heat / scaffold protein binding / transmembrane transporter binding / response to lipopolysaccharide / 樹状突起スパイン / postsynaptic density / response to hypoxia / 細胞骨格 / calmodulin binding / 脂質ラフト / シナプス / heme binding / perinuclear region of cytoplasm / positive regulation of DNA-templated transcription / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / protein-containing complex / ミトコンドリア / 核質 / 細胞核 / 細胞膜 / 細胞質基質 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 1.9 Å | ||||||
データ登録者 | Li, H. / Poulos, T.L. | ||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: J. Med. Chem. / 年: 2017 タイトル: Improvement of Cell Permeability of Human Neuronal Nitric Oxide Synthase Inhibitors Using Potent and Selective 2-Aminopyridine-Based Scaffolds with a Fluorobenzene Linker. 著者: Do, H.T. / Wang, H.Y. / Li, H. / Chreifi, G. / Poulos, T.L. / Silverman, R.B. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6av5.cif.gz | 367.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6av5.ent.gz | 298.6 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6av5.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/av/6av5 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/av/6av5 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 6auqC 6aurC 6ausC 6autC 6auuC 6auvC 6auwC 6auxC 6auyC 6auzC 6av0C 6av1C 6av2C 6av3C 6av4C 6av6C 6av7C 4uh5S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
-タンパク質 , 1種, 2分子 AB
#1: タンパク質 | 分子量: 48784.496 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Residues 344 to 351 are disordered / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: NOS1 / 器官: brain脳 / プラスミド: pCWori / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P29475, nitric-oxide synthase (NADPH) |
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-非ポリマー , 5種, 578分子
#2: 化合物 | #3: 化合物 | #4: 化合物 | #5: 化合物 | ChemComp-ZN / | #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.74 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.2 % / 解説: plates |
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.2 詳細: 8% PEG3350 35mM citric acid 65mM Bis-Tris-Propane 10% glycerol 5mM TCEP |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL14-1 / 波長: 1.195 Å |
検出器 | タイプ: MARMOSAIC 325 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2017年7月28日 / 詳細: mirrors |
放射 | モノクロメーター: graphite / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.195 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.9→60 Å / Num. obs: 84443 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 6.1 % / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.114 / Rpim(I) all: 0.077 / Rsym value: 0.114 / Net I/σ(I): 8.8 |
反射 シェル | 解像度: 1.9→1.95 Å / 冗長度: 6 % / Rmerge(I) obs: 1.688 / Mean I/σ(I) obs: 0.9 / Num. unique obs: 4412 / CC1/2: 0.462 / Rpim(I) all: 1.171 / Rsym value: 1.688 / % possible all: 100 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: フーリエ合成 開始モデル: 4UH5 解像度: 1.9→38.95 Å / SU ML: 0.27 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0 / 位相誤差: 26.68
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.9→38.95 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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