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- PDB-6aol: Structure of molecular chaperone Grp94 bound to selective inhibit... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6aol
タイトルStructure of molecular chaperone Grp94 bound to selective inhibitor methyl 3-chloro-2-(2-{2-[(4-fluorophenyl)methyl]phenyl}ethyl)-4,6-dihydroxybenzoate
要素Endoplasmin
キーワードCHAPERONE/INHIBITOR / Grp94 / Hsp90 (Hsp90) / chaperone-inhibitor complex
機能・相同性
機能・相同性情報


Trafficking and processing of endosomal TLR / Scavenging by Class A Receptors / Regulation of Insulin-like Growth Factor (IGF) transport and uptake by Insulin-like Growth Factor Binding Proteins (IGFBPs) / Interleukin-4 and Interleukin-13 signaling / Post-translational protein phosphorylation / sarcoplasmic reticulum lumen / : / ATP-dependent protein folding chaperone / unfolded protein binding / メラノソーム ...Trafficking and processing of endosomal TLR / Scavenging by Class A Receptors / Regulation of Insulin-like Growth Factor (IGF) transport and uptake by Insulin-like Growth Factor Binding Proteins (IGFBPs) / Interleukin-4 and Interleukin-13 signaling / Post-translational protein phosphorylation / sarcoplasmic reticulum lumen / : / ATP-dependent protein folding chaperone / unfolded protein binding / メラノソーム / フォールディング / perinuclear region of cytoplasm / 小胞体 / ATP hydrolysis activity / ATP binding
類似検索 - 分子機能
Endoplasmic reticulum targeting sequence. / Heat shock protein Hsp90, conserved site / Heat shock hsp90 proteins family signature. / HSP90, C-terminal domain / Heat shock protein Hsp90, N-terminal / Heat shock protein Hsp90 family / Hsp90 protein / Histidine kinase-, DNA gyrase B-, and HSP90-like ATPase / Histidine kinase-like ATPase, C-terminal domain / Hsp90 ...Endoplasmic reticulum targeting sequence. / Heat shock protein Hsp90, conserved site / Heat shock hsp90 proteins family signature. / HSP90, C-terminal domain / Heat shock protein Hsp90, N-terminal / Heat shock protein Hsp90 family / Hsp90 protein / Histidine kinase-, DNA gyrase B-, and HSP90-like ATPase / Histidine kinase-like ATPase, C-terminal domain / Hsp90 / Histidine kinase-, DNA gyrase B-, and HSP90-like ATPase / Histidine kinase-like ATPases / Histidine kinase/HSP90-like ATPase / Histidine kinase/HSP90-like ATPase superfamily / Ribosomal protein S5 domain 2-type fold / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-VC1 / Endoplasmin
類似検索 - 構成要素
生物種Canis lupus familiaris (イヌ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.764 Å
データ登録者Lieberman, R.L. / Huard, D.J.E.
引用ジャーナル: Chemistry / 年: 2017
タイトル: Second Generation Grp94-Selective Inhibitors Provide Opportunities for the Inhibition of Metastatic Cancer.
著者: Crowley, V.M. / Huard, D.J.E. / Lieberman, R.L. / Blagg, B.S.J.
履歴
登録2017年8月16日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年10月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年11月22日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.22018年1月17日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support
改定 1.32023年10月4日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Endoplasmin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,9086
ポリマ－26,1881
非ポリマー1,7205
水1267
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration, This N-terminal construct of Grp94 is monomeric in solution, as determined by gel filtration and other experimental means.
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area970 Å2
ΔGint-7 kcal/mol
Surface area10930 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)65.599, 96.897, 42.953
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-403-

P33

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要素

#1: タンパク質 Endoplasmin / 94 kDa glucose-regulated protein / GRP-94 / Heat shock protein 90 kDa beta member 1


分子量: 26187.615 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Canis lupus familiaris (イヌ) / 遺伝子: HSP90B1, GRP94, TRA1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P41148
#2: 化合物 ChemComp-VC1 / methyl 3-chloro-2-(2-{2-[(4-fluorophenyl)methyl]phenyl}ethyl)-4,6-dihydroxybenzoate


分子量: 414.854 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C23H20ClFO4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物
ChemComp-P33 / 3,6,9,12,15,18-HEXAOXAICOSANE-1,20-DIOL / HEPTAETHYLENE GLYCOL / PEG330 / ヘプタエチレングリコ-ル / ポリエチレングリコール


分子量: 326.383 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H30O8 / コメント: 沈殿剤*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.61 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.81 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.8
詳細: 30 mg/mL protein in 100 mM bicine, pH 7.8 mixed 1:1 with mother liquor (35-39% PEG400, 7.5-10% glycerol, 100 mM bicine, pH 7.8, 75 mM magnesium chloride, crystals harvested into mother liquor ...詳細: 30 mg/mL protein in 100 mM bicine, pH 7.8 mixed 1:1 with mother liquor (35-39% PEG400, 7.5-10% glycerol, 100 mM bicine, pH 7.8, 75 mM magnesium chloride, crystals harvested into mother liquor + 2 mM inhibitor, soaked for 4 days. Afterward, glycerol was added to 25% and crystals were harvested and immediately cryocooled with liquid nitrogen.

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データ収集

回折平均測定温度: 197.5 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-BM / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2017年6月7日
放射モノクロメーター: double crystal Si(220) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.76→39.27 Å / Num. obs: 7358 / % possible obs: 98 % / 冗長度: 2 % / Rmerge(I) obs: 0.02231 / Net I/σ(I): 19.3
反射 シェル解像度: 2.76→2.863 Å / Rmerge(I) obs: 0.2064

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.10.1_2155: ???)精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 2GFD

2gfd


解像度: 2.764→39.268 Å / SU ML: 0.38 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 31.31
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2793 388 5.29 %
Rwork0.2075 --
obs0.211 7331 98.39 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.764→39.268 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1692 0 52 7 1751
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0091796
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0972421
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d19.3751048
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.055277
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004300
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.764-3.16390.30581400.22752180X-RAY DIFFRACTION96
3.1639-3.98550.28771290.21022303X-RAY DIFFRACTION99
3.9855-39.27180.26491190.20142460X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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