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- PDB-6a88: Crystal Structure of T. gondii prolyl tRNA synthetase with Febrif... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6a88
タイトルCrystal Structure of T. gondii prolyl tRNA synthetase with Febrifugine and ATP Analog
要素Prolyl-tRNA synthetase (ProRS)
キーワードTRANSLATION (翻訳 (生物学)) / PRS / Drug (薬物) / Parasite (寄生) / ATP (アデノシン三リン酸)
機能・相同性
機能・相同性情報


プロリンtRNAリガーゼ / proline-tRNA ligase activity / prolyl-tRNA aminoacylation / aminoacyl-tRNA editing activity / ATP binding / 細胞質
類似検索 - 分子機能
C-terminal domain of ProRS / YbaK/aminoacyl-tRNA synthetase-associated domain / Aminoacyl-tRNA editing domain / YbaK/aminoacyl-tRNA synthetase-associated domain superfamily / Proline-tRNA ligase, class IIa / Prolyl-tRNA synthetase, catalytic domain / Proline-tRNA ligase, class II, C-terminal / Prolyl-tRNA synthetase, C-terminal / Prolyl-tRNA synthetase, C-terminal / Proline-tRNA ligase, class IIa, archaeal-type ...C-terminal domain of ProRS / YbaK/aminoacyl-tRNA synthetase-associated domain / Aminoacyl-tRNA editing domain / YbaK/aminoacyl-tRNA synthetase-associated domain superfamily / Proline-tRNA ligase, class IIa / Prolyl-tRNA synthetase, catalytic domain / Proline-tRNA ligase, class II, C-terminal / Prolyl-tRNA synthetase, C-terminal / Prolyl-tRNA synthetase, C-terminal / Proline-tRNA ligase, class IIa, archaeal-type / Prolyl-tRNA synthetase, class II / Translation Initiation Factor IF3 / Anticodon-binding domain / Aminoacyl-tRNA synthetase, class II (G/ P/ S/T) / tRNA synthetase class II core domain (G, H, P, S and T) / Anticodon-binding / Anticodon binding domain / Anticodon-binding domain superfamily / Bira Bifunctional Protein; Domain 2 / BirA Bifunctional Protein; domain 2 / Aminoacyl-tRNA synthetase, class II / Aminoacyl-transfer RNA synthetases class-II family profile. / Class II Aminoacyl-tRNA synthetase/Biotinyl protein ligase (BPL) and lipoyl protein ligase (LPL) / ロスマンフォールド / 2-Layer Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-9SF / PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER / proline--tRNA ligase
類似検索 - 構成要素
生物種Toxoplasma gondii ME49 (トキソプラズマ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.596 Å
データ登録者Kumari, S. / Mishra, S. / Yogavel, M. / Sharma, A.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2019
タイトル: Conformational heterogeneity in apo and drug-bound structures of Toxoplasma gondii prolyl-tRNA synthetase.
著者: Mishra, S. / Malhotra, N. / Kumari, S. / Sato, M. / Kikuchi, H. / Yogavel, M. / Sharma, A.
履歴
登録2018年7月6日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02019年10月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年11月20日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22023年11月22日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Prolyl-tRNA synthetase (ProRS)
B: Prolyl-tRNA synthetase (ProRS)
C: Prolyl-tRNA synthetase (ProRS)
D: Prolyl-tRNA synthetase (ProRS)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)235,07616
ポリマ－231,7494
非ポリマー3,32712
水4,612256
1
A: Prolyl-tRNA synthetase (ProRS)
B: Prolyl-tRNA synthetase (ProRS)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)117,5388
ポリマ－115,8752
非ポリマー1,6646
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6870 Å2
ΔGint-41 kcal/mol
Surface area38670 Å2
手法PISA
2
C: Prolyl-tRNA synthetase (ProRS)
D: Prolyl-tRNA synthetase (ProRS)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)117,5388
ポリマ－115,8752
非ポリマー1,6646
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6930 Å2
ΔGint-40 kcal/mol
Surface area38440 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)76.910, 90.882, 93.028
Angle α, β, γ (deg.)89.910, 80.300, 75.580
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

#1: タンパク質
Prolyl-tRNA synthetase (ProRS)


分子量: 57937.258 Da / 分子数: 4 / 断片: UNP residues 334-830 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Toxoplasma gondii ME49 (トキソプラズマ)
株: Me49 / 遺伝子: TGME49_219850 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: S8G8I1, プロリンtRNAリガーゼ
#2: 化合物
ChemComp-ANP / PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER / AMP-PNP


分子量: 506.196 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H17N6O12P3
コメント: AMP-PNP, エネルギー貯蔵分子類似体*YM
#3: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物
ChemComp-9SF / 3-{3-[(2R,3S)-3-hydroxypiperidin-2-yl]-2-oxopropyl}quinazolin-4(3H)-one / フェブリフギン / フェブリフギン


分子量: 301.340 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C16H19N3O3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: alkaloid*YM
#5: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 256 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.68 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.04 %
結晶化温度: 300 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: Published

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データ収集

回折平均測定温度: 300 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 1 / 波長: 0.97857 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年11月18日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97857 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.59→42.83 Å / Num. obs: 73015 / % possible obs: 98.8 % / 冗長度: 3.4 % / CC1/2: 0.987 / Χ2: 0.89 / Net I/σ(I): 7.6
反射 シェル解像度: 2.59→2.67 Å / 冗長度: 3.2 % / Mean I/σ(I) obs: 2.5 / Num. unique obs: 5337 / CC1/2: 0.675 / Χ2: 0.82 / % possible all: 98.1

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位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MR
最高解像度最低解像度
Rotation2.79 Å42.77 Å
Translation2.79 Å42.77 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.15rc2_3428精密化
PHASER2.8.0位相決定
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
DIALSデータ削減
DIALSデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5xif

5xif


解像度: 2.596→39.94 Å / SU ML: 0.28 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.97 / 位相誤差: 23.12 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2198 3659 5.02 %
Rwork0.1723 69251 -
obs0.1746 72910 98.29 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 119.99 Å2 / Biso mean: 46.1647 Å2 / Biso min: 12.02 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.596→39.94 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数15679 0 216 256 16151
Biso mean--34.39 40.7 -
残基数----1915
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 26

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.5964-2.63050.27561340.22992320245487
2.6305-2.66660.31361460.23062682282898
2.6666-2.70470.27921410.23032606274798
2.7047-2.7450.31841460.22042687283398
2.745-2.78790.26151590.22082627278698
2.7879-2.83360.29291370.20072722285998
2.8336-2.88250.29211250.20262646277198
2.8825-2.93490.25171480.20252647279598
2.9349-2.99130.27011600.2032626278698
2.9913-3.05230.23331370.19532684282199
3.0523-3.11870.26721530.19292658281199
3.1187-3.19120.26451420.19392713285599
3.1912-3.27090.24441780.17442614279299
3.2709-3.35930.2272930.18012739283299
3.3593-3.45810.21721500.18042670282099
3.4581-3.56970.23351160.18072696281299
3.5697-3.69720.22241180.17712738285699
3.6972-3.84510.24311420.16592684282699
3.8451-4.020.21091520.16452639279199
4.02-4.23170.18281460.1532699284599
4.2317-4.49650.19721340.13662713284799
4.4965-4.84310.14041540.1312679283399
4.8431-5.32950.16831530.1412664281799
5.3295-6.09830.22161000.16852746284699
6.0983-7.67430.18961460.172527002846100
7.6743-39.94430.20441490.16062652280198

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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