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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6a7k | ||||||
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タイトル | X-ray structure of NdhS from T. elongatus | ||||||
要素 | Tlr0636 protein | ||||||
キーワード | ELECTRON TRANSPORT (電子伝達系) / NADH dehydrogenase-like complex / NDH-1 / cyclic electron flow (CEF) / Ferredoxin (フェレドキシン) | ||||||
機能・相同性 | NADH dehydrogenase-like complex, subunit S / NAD(P)H dehydrogenase subunit S / photosynthetic electron transport chain / SH3 type barrels. - #140 / SH3 type barrels. / Roll / Mainly Beta / 酢酸 / Tlr0636 protein 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Thermosynechococcus elongatus (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å | ||||||
データ登録者 | Umeno, K. / Misumi, Y. / Tanaka, H. / Kurisu, G. | ||||||
資金援助 | 日本, 1件
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引用 | ジャーナル: Science / 年: 2019 タイトル: Structural adaptations of photosynthetic complex I enable ferredoxin-dependent electron transfer. 著者: Jan M Schuller / James A Birrell / Hideaki Tanaka / Tsuyoshi Konuma / Hannes Wulfhorst / Nicholas Cox / Sandra K Schuller / Jacqueline Thiemann / Wolfgang Lubitz / Pierre Sétif / Takahisa ...著者: Jan M Schuller / James A Birrell / Hideaki Tanaka / Tsuyoshi Konuma / Hannes Wulfhorst / Nicholas Cox / Sandra K Schuller / Jacqueline Thiemann / Wolfgang Lubitz / Pierre Sétif / Takahisa Ikegami / Benjamin D Engel / Genji Kurisu / Marc M Nowaczyk / 要旨: Photosynthetic complex I enables cyclic electron flow around photosystem I, a regulatory mechanism for photosynthetic energy conversion. We report a 3.3-angstrom-resolution cryo-electron microscopy ...Photosynthetic complex I enables cyclic electron flow around photosystem I, a regulatory mechanism for photosynthetic energy conversion. We report a 3.3-angstrom-resolution cryo-electron microscopy structure of photosynthetic complex I from the cyanobacterium The model reveals structural adaptations that facilitate binding and electron transfer from the photosynthetic electron carrier ferredoxin. By mimicking cyclic electron flow with isolated components in vitro, we demonstrate that ferredoxin directly mediates electron transfer between photosystem I and complex I, instead of using intermediates such as NADPH (the reduced form of nicotinamide adenine dinucleotide phosphate). A large rate constant for association of ferredoxin to complex I indicates efficient recognition, with the protein subunit NdhS being the key component in this process. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6a7k.cif.gz | 41.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6a7k.ent.gz | 27.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6a7k.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/a7/6a7k ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/a7/6a7k | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCSドメイン:
NCSドメイン領域: Component-ID: 0 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: ASP / Beg label comp-ID: ASP / End auth comp-ID: PRO / End label comp-ID: PRO / Refine code: 0 / Auth seq-ID: 4 - 61 / Label seq-ID: 4 - 61
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 8223.556 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Thermosynechococcus elongatus (strain BP-1) (バクテリア) 株: BP-1 / 遺伝子: tlr0636 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8DL61 #2: 化合物 | #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.4 Å3/Da / 溶媒含有率: 64.2 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 詳細: 100mM Sodium acetate trihydrate (pH 4.6), 100mM CdCl2, 38 % (v/v) polyethylene glycol (PEG) 400 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL44XU / 波長: 0.9 Å |
検出器 | タイプ: RAYONIX MX300HE / 検出器: CCD / 日付: 2017年11月14日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.9→49.71 Å / Num. obs: 19195 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 11.6 % / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.058 / Net I/σ(I): 29 |
反射 シェル | 解像度: 1.9→1.94 Å / 冗長度: 11.6 % / Rmerge(I) obs: 0.399 / Mean I/σ(I) obs: 8.25 / Num. unique obs: 2520 / CC1/2: 0.985 / % possible all: 100 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 3C4S 解像度: 1.9→49.71 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.933 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.931 / SU B: 1.858 / SU ML: 0.057 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.025 / ESU R Free: 0.024 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 28.596 Å2
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精密化ステップ | サイクル: 1 / 解像度: 1.9→49.71 Å
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拘束条件 |
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