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- PDB-5zva: APOBEC3F Chimeric Catalytic Domain in Complex with DNA(dC9) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5zva
タイトルAPOBEC3F Chimeric Catalytic Domain in Complex with DNA(dC9)
要素
  • APEBEC3F/ssDNA-C9
  • DNA (5'-D(*AP*TP*TP*TP*TP*CP*AP*AP*CP*T)-3')
キーワードSTRUCTURAL PROTEIN/DNA (構造) / APOBEC3F / HIV-1 / deamination (脱アミノ) / STRUCTURAL PROTEIN-DNA complex (構造)
機能・相同性
機能・相同性情報


apolipoprotein B mRNA editing enzyme complex / dCTP deaminase activity / cytidine deamination / base conversion or substitution editing / 活性化誘導シチジンデアミナーゼ / DNA cytosine deamination / cytidine to uridine editing / : / cytidine deaminase activity / clearance of foreign intracellular DNA ...apolipoprotein B mRNA editing enzyme complex / dCTP deaminase activity / cytidine deamination / base conversion or substitution editing / 活性化誘導シチジンデアミナーゼ / DNA cytosine deamination / cytidine to uridine editing / : / cytidine deaminase activity / clearance of foreign intracellular DNA / negative regulation of single stranded viral RNA replication via double stranded DNA intermediate / negative regulation of viral process / retrotransposon silencing / : / negative regulation of viral genome replication / APOBEC3G mediated resistance to HIV-1 infection / positive regulation of defense response to virus by host / P-body / Vif-mediated degradation of APOBEC3G / defense response to virus / ribonucleoprotein complex / 自然免疫系 / RNA binding / zinc ion binding / identical protein binding / 細胞核 / 細胞質基質 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Novel AID APOBEC clade 2 / APOBEC/CMP deaminase, zinc-binding / Cytidine and deoxycytidylate deaminases zinc-binding region signature. / Cytidine and deoxycytidylate deaminase domain / Cytidine and deoxycytidylate deaminases domain profile. / Cytidine deaminase-like
類似検索 - ドメイン・相同性
CACODYLATE ION / デオキシリボ核酸 / DNA dC->dU-editing enzyme APOBEC-3F / DNA dC->dU-editing enzyme APOBEC-3G
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
DNA-binding vector pODB80 (その他)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Cheng, C. / Zhang, T.L. / Wang, C.X. / Lan, W.X. / Ding, J.P. / Cao, C.Y.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Science Foundation (China)91753119, 21778065 and 21472229 中国
引用ジャーナル: Chin.J.Chem. / 年: 2018
タイトル: Crystal Structure of Cytidine Deaminase Human APOBEC3F Chimeric Catalytic Domain in Complex with DNA
著者: Cheng, C. / Zhang, T. / Wang, C. / Lan, W. / Ding, J. / Cao, C.
履歴
登録2018年5月9日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02018年11月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年11月28日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: citation / entity / struct
Item: _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_DOI ..._citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _entity.pdbx_description / _struct.pdbx_descriptor / _struct.title

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: APEBEC3F/ssDNA-C9
B: APEBEC3F/ssDNA-C9
C: DNA (5'-D(*AP*TP*TP*TP*TP*CP*AP*AP*CP*T)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)53,2387
ポリマ－52,8343
非ポリマー4054
水2,072115
1
A: APEBEC3F/ssDNA-C9
C: DNA (5'-D(*AP*TP*TP*TP*TP*CP*AP*AP*CP*T)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,1164
ポリマ－27,9142
非ポリマー2022
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1370 Å2
ΔGint-42 kcal/mol
Surface area11810 Å2
手法PISA
2
B: APEBEC3F/ssDNA-C9
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,1223
ポリマ－24,9201
非ポリマー2022
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area410 Å2
ΔGint-34 kcal/mol
Surface area10140 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)61.312, 91.304, 91.354
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 APEBEC3F/ssDNA-C9 / APOBEC-related cytidine deaminase / ARCD / APOBEC-related protein 9 / ARP-9 / CEM-15 / CEM15 / ...APOBEC-related cytidine deaminase / ARCD / APOBEC-related protein 9 / ARP-9 / CEM-15 / CEM15 / Deoxycytidine deaminase / A3G / Apolipoprotein B mRNA-editing enzyme catalytic polypeptide-like 3F / A3F


分子量: 24919.762 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: All residures includes purification tag of A3F(6His+thrombin cleavage tag+ chimeric A3F) (reference: K. Siu, et al. Nat. Commun. 2013, 4, 2593. PDB code:4J4J),All residures includes ...詳細: All residures includes purification tag of A3F(6His+thrombin cleavage tag+ chimeric A3F) (reference: K. Siu, et al. Nat. Commun. 2013, 4, 2593. PDB code:4J4J),All residures includes purification tag of A3F(6His+thrombin cleavage tag+ chimeric A3F)(reference: K. Siu, et al. Nat. Commun. 2013, 4, 2593. PDB code:4J4J)
由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: APOBEC3G, MDS019, APOBEC3F
発現宿主: prokaryotic environmental samples (環境試料)
参照: UniProt: Q9HC16, UniProt: Q8IUX4, 加水分解酵素; ペプチド以外のCN結合加水分解酵素; 環状アミジンに作用
#2: DNA鎖 DNA (5'-D(*AP*TP*TP*TP*TP*CP*AP*AP*CP*T)-3')


分子量: 2993.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: chemically synthesized / 由来: (合成) DNA-binding vector pODB80 (その他)
#3: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 化合物 ChemComp-CAC / CACODYLATE ION / dimethylarsinate / ジメチルアルシン酸アニオン / カコジル酸


分子量: 136.989 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6AsO2
#5: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 115 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.42 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.92 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 0.05M sodium cacodylate, pH 6.5, and 30%(v/v) 2-methyl-2,4-pentanediol(MPD)

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U1 / 波長: 0.9793 Å
検出器タイプ: MAR CCD 130 mm / 検出器: CCD / 日付: 2017年7月3日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→45.68 Å / Num. obs: 23245 / % possible obs: 98.5 % / 冗長度: 13.2 % / Rmerge(I) obs: 0.121 / Net I/σ(I): 14
反射 シェル解像度: 2.3→2.38 Å / Rmerge(I) obs: 0.619

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位相決定

位相決定手法: 単波長異常分散

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692精密化
HKL-2000データスケーリング
PHASES位相決定
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
ADDREFデータ削減
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.3→45.68 Å / SU B: 12.618 / SU ML: 0.147 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.193 / 詳細: U VALUES : WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.208 1158 5 %RANDOM
Rwork0.161 ---
obs0.164 21994 98.7 %-
原子変位パラメータBiso mean: 50.96 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.71 Å20 Å20 Å2
2--2.18 Å20 Å2
3---0.53 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→45.68 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3106 178 16 115 3415
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.07680.0152-0.05740.1379-0.04880.0540.0052-0.00450.00730.0048-0.007-0.0087-0.00180.0050.00180.07390.0001-0.00520.0009-0.00070.039-22.3506-5.428-4.0854
20.035-0.05470.00390.0862-0.01580.169-0.0037-0.0033-0.00170.00410.0057-0.00020.0025-0.0016-0.0020.0714-0.00090.00030.0005-0.00210.0385-8.2109-28.495628.923
36.56910.582.21160.2317-0.23781.78470.03590.0257-0.3485-0.1495-0.0081-0.06760.37150.042-0.02770.1752-0.03540.02970.0457-0.00230.0367-30.9308-26.919612.6758
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid -32 through 373 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'B' and (resid -29 through 373 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'C' and (resid 1 through 10 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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