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- PDB-5zu3: Effect of mutation (R554K) on FAD modification in Aspergillus ory... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5zu3
タイトルEffect of mutation (R554K) on FAD modification in Aspergillus oryzae RIB40formate oxidase
要素Formate oxidase
キーワードOXIDOREDUCTASE (酸化還元酵素) / Formate oxidase / 8-formyl-FAD / effect of mutation
機能・相同性
機能・相同性情報


oxidoreductase activity, acting on CH-OH group of donors / flavin adenine dinucleotide binding
類似検索 - 分子機能
Glucose Oxidase; domain 3 / Glucose Oxidase, domain 3 / GMC oxidoreductases signature 1. / Glucose-methanol-choline oxidoreductase / Glucose-methanol-choline oxidoreductase, N-terminal / GMC oxidoreductase / Glucose-methanol-choline oxidoreductase, C-terminal / GMC oxidoreductase / FAD/NAD(P)-binding domain / FAD/NAD(P)-binding domain ...Glucose Oxidase; domain 3 / Glucose Oxidase, domain 3 / GMC oxidoreductases signature 1. / Glucose-methanol-choline oxidoreductase / Glucose-methanol-choline oxidoreductase, N-terminal / GMC oxidoreductase / Glucose-methanol-choline oxidoreductase, C-terminal / GMC oxidoreductase / FAD/NAD(P)-binding domain / FAD/NAD(P)-binding domain / 3-Layer(bba) Sandwich / FAD/NAD(P)-binding domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
酢酸塩 / Chem-FAY / Glucose-methanol-choline oxidoreductase N-terminal domain-containing protein
類似検索 - 構成要素
生物種Aspergillus oryzae (米麹菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Mikami, B. / Uchida, H. / Doubayashi, D.
資金援助 日本, 1件
組織認可番号国
16H04909 日本
引用ジャーナル: J.Biochem. / 年: 2019
タイトル: The microenvironment surrounding FAD mediates its conversion to 8-formyl-FAD in Aspergillus oryzae RIB40 formate oxidase.
著者: Doubayashi, D. / Oki, M. / Mikami, B. / Uchida, H.
履歴
登録2018年5月6日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02019年5月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年7月17日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.22024年3月27日Group: Advisory / Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Formate oxidase
B: Formate oxidase
C: Formate oxidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)195,91512
ポリマ－192,8663
非ポリマー3,0499
水9,764542
1
A: Formate oxidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)65,5026
ポリマ－64,2891
非ポリマー1,2135
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Formate oxidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)65,2063
ポリマ－64,2891
非ポリマー9182
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Formate oxidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)65,2063
ポリマ－64,2891
非ポリマー9182
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)155.462, 156.853, 184.947
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-870-

HOH

21A-921-

HOH

31A-927-

HOH

41A-933-

HOH

51A-935-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 Formate oxidase


分子量: 64288.738 Da / 分子数: 3 / 変異: R554K / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Aspergillus oryzae (strain ATCC 42149 / RIB 40) (米麹菌)
株: ATCC 42149 / RIB 40 / 遺伝子: AO090012000349 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q2UD26
#2: 化合物 ChemComp-FAY / [(2R,3S,4R,5R)-5-(6-amino-9H-purin-9-yl)-3,4-dihydroxytetrahydrofuran-2-yl]methyl (2R,3S,4S)-5-(8-formyl-7-methyl-2,4-dioxo-3,4-dihydrobenzo[g]pteridin-10(2H)-yl)-2,3,4-trihydroxypentyl dihydrogen diphosphate / 8-FORMYL-FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE


分子量: 799.533 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H31N9O16P2
#3: 化合物
ChemComp-MPD / (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL / (S)-2-メチル-2,4-ペンタンジオ-ル / 2-Methyl-2,4-pentanediol


分子量: 118.174 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O2 / コメント: 沈殿剤*YM
#4: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン / 酢酸塩


分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#5: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 542 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.92 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.2 % / 解説: rectangle plate (0.3 x 0.3 x 0.03)
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.6
詳細: 0.1 M sodium acetate buffer pH 4.6, 6%(w/v) PEG 4000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL38B1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2010年7月7日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→50 Å / Num. obs: 84392 / % possible obs: 94.6 % / 冗長度: 6 % / Net I/σ(I): 28.7
反射 シェル解像度: 2.4→2.44 Å / 冗長度: 5.9 % / Rmerge(I) obs: 0.445 / Mean I/σ(I) obs: 5.6 / Num. unique obs: 4066 / % possible all: 92.6

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.12_2829)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化解像度: 2.4→38.866 Å / SU ML: 0.33 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 27.27
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2561 4228 5.04 %
Rwork0.1947 --
obs0.1977 83865 93.77 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4→38.866 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数13575 0 206 542 14323
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00814143
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.16919221
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d6.63710618
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0642065
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0072498
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.3886-2.41580.35051270.27682321X-RAY DIFFRACTION82
2.4158-2.44420.32461320.27152572X-RAY DIFFRACTION92
2.4442-2.4740.35961570.26122528X-RAY DIFFRACTION91
2.474-2.50530.33511360.26112611X-RAY DIFFRACTION92
2.5053-2.53830.351360.26622568X-RAY DIFFRACTION92
2.5383-2.5730.3551320.25492621X-RAY DIFFRACTION93
2.573-2.60980.33281320.25942579X-RAY DIFFRACTION93
2.6098-2.64870.31221600.24912570X-RAY DIFFRACTION92
2.6487-2.69010.32461240.25982631X-RAY DIFFRACTION93
2.6901-2.73420.35541520.25042572X-RAY DIFFRACTION92
2.7342-2.78130.27581360.24032617X-RAY DIFFRACTION93
2.7813-2.83190.29711330.24622642X-RAY DIFFRACTION93
2.8319-2.88640.35031400.24582609X-RAY DIFFRACTION93
2.8864-2.94520.33471310.26252617X-RAY DIFFRACTION93
2.9452-3.00930.34751440.25522602X-RAY DIFFRACTION93
3.0093-3.07920.27891530.23522635X-RAY DIFFRACTION93
3.0792-3.15620.30381310.23752643X-RAY DIFFRACTION93
3.1562-3.24150.29611530.22382615X-RAY DIFFRACTION93
3.2415-3.33680.29951350.2262655X-RAY DIFFRACTION94
3.3368-3.44450.27721330.21332669X-RAY DIFFRACTION94
3.4445-3.56750.24921330.20382690X-RAY DIFFRACTION95
3.5675-3.71020.23191550.18782666X-RAY DIFFRACTION95
3.7102-3.8790.2121320.17192687X-RAY DIFFRACTION95
3.879-4.08330.22761490.16332681X-RAY DIFFRACTION94
4.0833-4.33880.19471270.15632732X-RAY DIFFRACTION95
4.3388-4.67330.1891250.13992772X-RAY DIFFRACTION96
4.6733-5.14260.2021380.14422801X-RAY DIFFRACTION97
5.1426-5.88450.21491540.15982839X-RAY DIFFRACTION99
5.8845-7.40550.20911740.15112899X-RAY DIFFRACTION100
7.4055-38.87060.17561640.12172993X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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