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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5z9g | ||||||
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タイトル | Crystal structure of KAI2 | ||||||
要素 | Probable esterase KAI2 | ||||||
キーワード | HYDROLASE / alpha/beta hydrolase | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 de-etiolation / response to karrikin / photomorphogenesis / hydrolase activity / nucleus / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.49 Å | ||||||
データ登録者 | Kim, K.L. / Cha, J.S. / Soh, M.S. / Cho, H.S. | ||||||
引用 | ジャーナル: J. Exp. Bot. / 年: 2018 タイトル: A missense allele of KARRIKIN-INSENSITIVE2 impairs ligand-binding and downstream signaling in Arabidopsis thaliana. 著者: Lee, I. / Kim, K. / Lee, S. / Lee, S. / Hwang, E. / Shin, K. / Kim, D. / Choi, J. / Choi, H. / Cha, J.S. / Kim, H. / Lee, R.A. / Jeong, S. / Kim, J. / Kim, Y. / Nam, H.G. / Park, S.K. / Cho, H.S. / Soh, M.S. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 5z9g.cif.gz | 124.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb5z9g.ent.gz | 94.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 5z9g.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 5z9g_validation.pdf.gz | 429 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 5z9g_full_validation.pdf.gz | 432.6 KB | 表示 | |
XML形式データ | 5z9g_validation.xml.gz | 14.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 5z9g_validation.cif.gz | 20.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/z9/5z9g ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/z9/5z9g | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 29815.916 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ) 遺伝子: KAI2, D14L, HTL, At4g37470, F6G17.120 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9SZU7 |
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#2: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.25 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.45 % |
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結晶化 | 温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 7.5 / 詳細: 1M Na-citrate, 100 mM HEPES (pH 7.5), 5% glycerol |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 93.1 K / Ambient temp details: liquid nitrogen stream |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 5C (4A) / 波長: 0.987 Å |
検出器 | タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2012年3月1日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.987 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.49→50 Å / Num. obs: 43387 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 6.1 % / Net I/σ(I): 54.1 |
反射 シェル | 解像度: 1.49→1.52 Å |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 1WOM 解像度: 1.49→47.64 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.969 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.954 / SU B: 1.801 / SU ML: 0.032 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.069 / ESU R Free: 0.063 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 9.743 Å2
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精密化ステップ | サイクル: 1 / 解像度: 1.49→47.64 Å
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拘束条件 |
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