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- PDB-5xhz: Crystal Structure Analysis of CIN85-SH3B in complex with ARAP1-P2 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5xhz
タイトルCrystal Structure Analysis of CIN85-SH3B in complex with ARAP1-P2
要素
  • Arf-GAP with Rho-GAP domain, ANK repeat and PH domain-containing protein 1
  • SH3 domain-containing kinase-binding protein 1
キーワードPROTEIN BINDING (タンパク質) / protein-protein complex
機能・相同性
機能・相同性情報


: / : / Reelin signalling pathway / PTK6 Regulates RTKs and Their Effectors AKT1 and DOK1 / Negative regulation of MET activity / EGFR downregulation / ubiquitin-dependent endocytosis / Antigen activates B Cell Receptor (BCR) leading to generation of second messengers / positive regulation of B cell activation / Cargo recognition for clathrin-mediated endocytosis ...: / : / Reelin signalling pathway / PTK6 Regulates RTKs and Their Effectors AKT1 and DOK1 / Negative regulation of MET activity / EGFR downregulation / ubiquitin-dependent endocytosis / Antigen activates B Cell Receptor (BCR) leading to generation of second messengers / positive regulation of B cell activation / Cargo recognition for clathrin-mediated endocytosis / Clathrin-mediated endocytosis / SMAD protein signal transduction / type 1 angiotensin receptor binding / positive regulation of filopodium assembly / negative regulation of stress fiber assembly / Golgi cisterna membrane / positive regulation of receptor recycling / R-SMAD binding / phosphatidylinositol-3,4,5-trisphosphate binding / transcription factor binding / endocytic vesicle / cytoskeleton organization / GTPase activator activity / transforming growth factor beta receptor signaling pathway / actin filament organization / cytoplasmic vesicle membrane / ゴルジ体 / positive regulation of GTPase activity / SH3 domain binding / 遊走 / cell-cell junction / regulation of cell shape / cytoplasmic vesicle / molecular adaptor activity / 細胞骨格 / transcription cis-regulatory region binding / neuron projection / DNA-binding transcription factor activity / focal adhesion / intracellular membrane-bounded organelle / シナプス / apoptotic process / ubiquitin protein ligase binding / positive regulation of DNA-templated transcription / ゴルジ体 / 核質 / metal ion binding / 細胞膜 / 細胞質基質 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
SH3 domain-containing kinase-binding protein 1, first SH3 domain / SH3 domain-containing kinase-binding protein 1, second SH3 domain / SH3 domain-containing kinase-binding protein 1, third SH3 domain / ARAP, RhoGAP domain / Arf GTPase activating protein / ArfGAP domain superfamily / Putative GTPase activating protein for Arf / ARF GTPase-activating proteins domain profile. / Putative GTP-ase activating proteins for the small GTPase, ARF / ARFGAP/RecO-like zinc finger ...SH3 domain-containing kinase-binding protein 1, first SH3 domain / SH3 domain-containing kinase-binding protein 1, second SH3 domain / SH3 domain-containing kinase-binding protein 1, third SH3 domain / ARAP, RhoGAP domain / Arf GTPase activating protein / ArfGAP domain superfamily / Putative GTPase activating protein for Arf / ARF GTPase-activating proteins domain profile. / Putative GTP-ase activating proteins for the small GTPase, ARF / ARFGAP/RecO-like zinc finger / Ras-associating (RA) domain profile. / Ras association (RalGDS/AF-6) domain / Ras-associating (RA) domain / Rho GTPase-activating protein domain / RhoGAP domain / Rho GTPase-activating proteins domain profile. / GTPase-activator protein for Rho-like GTPases / Variant SH3 domain / Rho GTPase activation protein / SAM domain (Sterile alpha motif) / SH3 Domains / SAM domain profile. / Sterile alpha motif. / Sterile alpha motif domain / PH domain / Sterile alpha motif/pointed domain superfamily / PH domain profile. / Pleckstrin homology domain. / Pleckstrin homology domain / SH3 type barrels. / Src homology 3 domains / SH3-like domain superfamily / Src homology 3 (SH3) domain profile. / SH3ドメイン / PH-like domain superfamily / Roll / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
酢酸塩 / Arf-GAP with Rho-GAP domain, ANK repeat and PH domain-containing protein 1 / SH3 domain-containing kinase-binding protein 1
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.319 Å
データ登録者Liu, W. / Yang, W.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2018
タイトル: Biochemical and Structural Studies of the Interaction between ARAP1 and CIN85.
著者: Li, Q. / Yang, W. / Wang, Y. / Liu, W.
履歴
登録2017年4月25日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02018年4月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年4月25日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.22023年11月22日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: SH3 domain-containing kinase-binding protein 1
B: SH3 domain-containing kinase-binding protein 1
C: Arf-GAP with Rho-GAP domain, ANK repeat and PH domain-containing protein 1
D: Arf-GAP with Rho-GAP domain, ANK repeat and PH domain-containing protein 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,9055
ポリマ－17,8464
非ポリマー591
水4,792266
1
A: SH3 domain-containing kinase-binding protein 1
C: Arf-GAP with Rho-GAP domain, ANK repeat and PH domain-containing protein 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)8,9232
ポリマ－8,9232
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1230 Å2
ΔGint-3 kcal/mol
Surface area5120 Å2
手法PISA
2
B: SH3 domain-containing kinase-binding protein 1
D: Arf-GAP with Rho-GAP domain, ANK repeat and PH domain-containing protein 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)8,9823
ポリマ－8,9232
非ポリマー591
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1270 Å2
ΔGint-5 kcal/mol
Surface area5060 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)66.162, 66.162, 34.935
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number78
Space group name H-MP43

-
要素

#1: タンパク質 SH3 domain-containing kinase-binding protein 1 / Regulator of ubiquitous kinase / Ruk / SH3-containing / expressed in tumorigenic astrocytes


分子量: 7481.354 Da / 分子数: 2 / 断片: SH3B (UNP RESIDUES 98-157) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Sh3kbp1, Ruk, Seta / プラスミド: pET32a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q8R550
#2: タンパク質・ペプチド Arf-GAP with Rho-GAP domain, ANK repeat and PH domain-containing protein 1 / Centaurin-delta-2 / Cnt-d2


分子量: 1441.811 Da / 分子数: 2 / 断片: P2 (UNP RESIDUES 80-90) / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Mus musculus (ハツカネズミ) / 参照: UniProt: Q4LDD4
#3: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン / 酢酸塩


分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 266 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.29 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.28 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸発脱水法 / pH: 8.5
詳細: 0.2M Sodium acetate trihydrate, 0.1M TRIS hydrochloride pH 8.5, 30% w/v Polyethylene glycol 4000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.9785 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年6月19日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9785 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.319→50 Å / Num. obs: 34450 / % possible obs: 96 % / 冗長度: 9.3 % / Biso Wilson estimate: 13.91 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.081 / Rpim(I) all: 0.027 / Rrim(I) all: 0.085 / Χ2: 0.469 / Net I/σ(I): 3.2
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
1.32-1.348.70.6980.8570.2480.7410.44997.4
1.34-1.378.30.6240.8810.2260.6650.45599.5
1.37-1.399.40.5760.8990.1970.6090.45797.9
1.39-1.429.50.5180.9260.1770.5470.4699.1
1.42-1.459.40.4230.9420.1440.4470.4697.7
1.45-1.499.30.3650.9590.1260.3860.45899.3
1.49-1.529.10.320.9620.110.3390.45797
1.52-1.578.70.2870.9680.1020.3050.46699.6
1.57-1.618.80.2430.9780.0860.2580.4797.5
1.61-1.669.60.2210.9830.0750.2330.46897.3
1.66-1.729.50.1820.9860.0610.1920.4898.8
1.72-1.799.50.1590.990.0540.1680.48797.9
1.79-1.879.40.1260.9930.0430.1330.48197.2
1.87-1.978.70.1050.9940.0370.1120.47396.9
1.97-2.19.50.0870.9950.0290.0920.45997
2.1-2.269.90.0770.9960.0260.0820.4996.6
2.26-2.489.80.070.9960.0240.0740.45395
2.48-2.848.70.0630.9960.0220.0670.44394.9
2.84-3.58100.0510.9980.0170.0540.47892.2
3.58-509.30.0480.9980.0160.0510.54672.2

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
HKL-2000データスケーリング
PHENIX(1.11.1_2575)精密化
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
HKL-2000データ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3U23

3u23


解像度: 1.319→8.27 Å / SU ML: 0.13 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 18.75
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1867 1766 5.13 %0
Rwork0.1629 ---
obs0.1641 34440 96.31 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 52.95 Å2 / Biso mean: 18.761 Å2 / Biso min: 9.92 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.319→8.27 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1130 0 4 269 1403
Biso mean--25.69 29.4 -
残基数----141
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0051259
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8111719
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.078179
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005231
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.684840
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 13

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.3188-1.35440.30441240.23592536266096
1.3544-1.3940.25381430.22622554269798
1.394-1.43880.22461150.21252592270799
1.4388-1.48990.22071380.19462537267599
1.4899-1.54920.21741560.18832512266898
1.5492-1.61920.20531620.17352517267998
1.6192-1.70390.21661410.17232537267898
1.7039-1.80960.18531420.16962532267497
1.8096-1.94760.17681280.16062564269297
1.9476-2.14050.17131350.15752522265797
2.1405-2.44330.17891280.16092520264896
2.4433-3.05230.22891310.17162479261094
3.0523-8.27040.13591230.13092272239584

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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