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- PDB-5x2b: Crystal structure of mouse sulfotransferase SULT7A1 complexed with PAP -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5x2b
タイトルCrystal structure of mouse sulfotransferase SULT7A1 complexed with PAP
要素(Sulfotransferase) x 3
キーワードTRANSFERASE (転移酵素)
機能・相同性
機能・相同性情報


転移酵素; 硫黄を含む基を移すもの; スルホトランスキナーゼ類 / sulfotransferase activity
類似検索 - 分子機能
Sulfotransferase domain / Sulfotransferase domain / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / ロスマンフォールド / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-3'-5'-DIPHOSPHATE / Sulfotransferase
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.08 Å
データ登録者Kanekiyo, M. / Teramoto, T. / Kakuta, Y.
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of mouse sulfotransferase SULT7A1 complexed with PAP
著者: Tanaka, S. / Kakuta, Y.
履歴
登録2017年1月31日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02018年3月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年3月27日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
C: Sulfotransferase
A: Sulfotransferase
B: Sulfotransferase
D: Sulfotransferase
E: Sulfotransferase
F: Sulfotransferase
G: Sulfotransferase
H: Sulfotransferase
I: Sulfotransferase
J: Sulfotransferase
K: Sulfotransferase
L: Sulfotransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)397,61546
ポリマ－391,50312
非ポリマー6,11234
水30,2471679
1
C: Sulfotransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,1323
ポリマ－32,6641
非ポリマー4672
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area790 Å2
ΔGint-4 kcal/mol
Surface area13530 Å2
手法PISA
2
A: Sulfotransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,1724
ポリマ－32,6641
非ポリマー5073
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area860 Å2
ΔGint-18 kcal/mol
Surface area13040 Å2
手法PISA
3
B: Sulfotransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,2125
ポリマ－32,6641
非ポリマー5474
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area800 Å2
ΔGint-4 kcal/mol
Surface area12980 Å2
手法PISA
4
D: Sulfotransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,0285
ポリマ－32,4801
非ポリマー5474
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area790 Å2
ΔGint-4 kcal/mol
Surface area12770 Å2
手法PISA
5
E: Sulfotransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,1323
ポリマ－32,6641
非ポリマー4672
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area780 Å2
ΔGint-4 kcal/mol
Surface area13030 Å2
手法PISA
6
F: Sulfotransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,1534
ポリマ－32,5931
非ポリマー5593
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area800 Å2
ΔGint-4 kcal/mol
Surface area13270 Å2
手法PISA
7
G: Sulfotransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,1014
ポリマ－32,5931
非ポリマー5073
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area760 Å2
ΔGint-4 kcal/mol
Surface area12880 Å2
手法PISA
8
H: Sulfotransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,0613
ポリマ－32,5931
非ポリマー4672
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area810 Å2
ΔGint-3 kcal/mol
Surface area13110 Å2
手法PISA
9
I: Sulfotransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,1323
ポリマ－32,6641
非ポリマー4672
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area790 Å2
ΔGint-4 kcal/mol
Surface area13140 Å2
手法PISA
10
J: Sulfotransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,1935
ポリマ－32,5931
非ポリマー5994
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area770 Å2
ΔGint-3 kcal/mol
Surface area12940 Å2
手法PISA
11
K: Sulfotransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,1724
ポリマ－32,6641
非ポリマー5073
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area810 Å2
ΔGint-4 kcal/mol
Surface area13020 Å2
手法PISA
12
L: Sulfotransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,1323
ポリマ－32,6641
非ポリマー4672
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area790 Å2
ΔGint-6 kcal/mol
Surface area13470 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)166.174, 81.127, 166.180
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 119.95, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

-
タンパク質 , 3種, 12分子 CABEIKLDFGHJ

#1: タンパク質
Sulfotransferase /


分子量: 32664.318 Da / 分子数: 7 / 断片: UNP residues 7-287 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Sult6b2, Gm766 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: B7ZWN4, 転移酵素; 硫黄を含む基を移すもの; スルホトランスキナーゼ類
#2: タンパク質 Sulfotransferase /


分子量: 32480.127 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 10-287 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Sult6b2, Gm766 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: B7ZWN4, 転移酵素; 硫黄を含む基を移すもの; スルホトランスキナーゼ類
#3: タンパク質
Sulfotransferase /


分子量: 32593.240 Da / 分子数: 4 / 断片: UNP residues 7-287 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Sult6b2, Gm766 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: B7ZWN4, 転移酵素; 硫黄を含む基を移すもの; スルホトランスキナーゼ類

-
非ポリマー , 4種, 1713分子

#4: 化合物
ChemComp-A3P / ADENOSINE-3'-5'-DIPHOSPHATE / アデノシン3′,5′-ビスりん酸 / アデノシン-3',5'-ビスリン酸


タイプ: RNA linking / 分子量: 427.201 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O10P2
#5: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 20 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#6: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル / グリセリン


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#7: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1679 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.48 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.38 %
結晶化温度: 294.5 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: PEG

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL38B1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2011年12月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
Reflection twin
Crystal-IDIDOperatorDomain-IDFraction
11H, K, L10.907
11H+L, -K, -L20.093
反射解像度: 2.08→50 Å / Num. obs: 229447 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 3.7 % / Rsym value: 0.085 / Net I/σ(I): 16.8

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.5.0109精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
REFMAC位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.08→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.955 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.95 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.039 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.23592 11949 5.2 %RANDOM
Rwork0.22074 ---
obs0.22153 217914 99.74 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å
原子変位パラメータBiso mean: 33.903 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.99 Å20 Å22.3 Å2
2---0.8 Å20 Å2
3---1.78 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.08→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数27172 0 356 1679 29207
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.020.02228412
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d00.0219631
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.9491.96738449
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg3.815347791
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.26153375
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.423.9861327
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg20.383155087
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg21.36615157
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.090.24147
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.0230937
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0070.025928
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it9.021.516797
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.0031.56729
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it10.946227269
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it11.146311615
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it13.4164.511168
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr10.069348043
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.079→2.133 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.226 873 -
Rwork0.212 15443 -
obs--96.16 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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