PDB-5wy2: Human Snx5 PX domain in complex with Chlamydia IncE C terminus

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5wy2

タイトル

Human Snx5 PX domain in complex with Chlamydia IncE C terminus

要素

IncE
Sorting nexin-5

キーワード

TRANSPORT PROTEIN/UNKNOWN FUNCTION /

Complex / IncE /

PX domain /

Snx5 / TRANSPORT PROTEIN-UNKNOWN FUNCTION complex

機能・相同性

機能・相同性情報

retromer, tubulation complex /

飲作用 / cytoplasmic side of early endosome membrane / tubular endosome / macropinocytic cup /

retromer complex /

retrograde transport, endosome to Golgi / phagocytic cup / Golgi Associated Vesicle Biogenesis /

dynactin binding ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

Chlamydia trachomatis (トラコーマクラミジア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.9 Å

データ登録者

Sun, Q. / Yong, X. / Jia, D.

資金援助

中国, 1件

引用

ジャーナル: Signal Transduct Target Ther / 年: 2017
タイトル: Structural and functional insights into sorting nexin 5/6 interaction with bacterial effector IncE.
著者: Sun, Q. / Yong, X. / Sun, X. / Yang, F. / Dai, Z. / Gong, Y. / Zhou, L. / Zhang, X. / Niu, D. / Dai, L. / Liu, J.J. / Jia, D.

履歴

登録	2017年1月10日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2017年11月22日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年12月25日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.page_first ..._citation.country / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.2	2023年11月22日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5wy2.cif.gz	160.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5wy2.ent.gz	125.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5wy2.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wy/5wy2 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wy/5wy2	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3hpcS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	2jva-d 6w54-d 1esl-d 5tjb-d 6od0-1 5zzk-d 5enb-d 3p3d-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#88 - 2007年4月クラスリン (Clathrin) 類似性 (1) #35 - 2002年11月フェリチンとトランスフェリン (Ferritin and Transferrin) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Sorting nexin-5

B: IncE

C: Sorting nexin-5

D: IncE

41.6 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Sorting nexin-5

B: IncE

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
20.8 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

C: Sorting nexin-5

D: IncE

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
20.8 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	37.443, 43.711, 60.070
Angle α, β, γ (deg.)	94.79, 99.81, 100.97
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	C
1	2	B
2	2	D

NCSドメイン領域:

Component-ID: 0 / Refine code: 0

Dom-ID	Ens-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	ASP	ASP	ARG	ARG	A	A	28 - 176	11 - 159
2	1	ASP	ASP	ARG	ARG	C	C	28 - 176	11 - 159
1	2	GLY	GLY	THR	THR	B	B	111 - 131	1 - 21
2	2	GLY	GLY	THR	THR	D	D	111 - 131	1 - 21

NCSアンサンブル:

ID
1
2

#1: タンパク質	Sorting nexin-5 / 分子量: 18626.916 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 20-180 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SNX5 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9Y5X3
#2: タンパク質・ペプチド	IncE 分子量: 2178.486 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 111-131 / 由来タイプ: 合成由来: (合成) Chlamydia trachomatis (トラコーマクラミジア) 参照: UniProt: B7SCI5
#3: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 245 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.43 Å³/Da / 溶媒含有率: 49.47 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 0.2M Ammonium acetate, 0.1M Sodium acetate pH 4.6, 30% w/v Polyethylene glycol 4000

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SSRF

/ ビームライン: BL17U / 波長: 0.9792 Å

検出器

タイプ: Nonius Kappa CCD / 検出器: CCD / 日付: 2015年11月12日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9792 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.9→50.01 Å / Num. obs: 27655 / % possible obs: 96.6 % / 冗長度: 2 % / R_merge(I) obs: 0.071 / R_pim(I) all: 0.069 / R_rim(I) all: 0.096 / Χ²: 1.062 / Net I/σ(I): 8.8

反射シェル

Diffraction-ID: 1 / 冗長度: 2 %

解像度 (Å)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	Χ²	% possible all	R_rim(I) all
1.9-1.93	0.859	1378	0.366	0.859	0.995	95.8
1.93-1.97	0.65		0.486	0.639	0.962	96.3	0.911
1.97-2.01	0.544		0.529	0.534	1.053	96.5	0.762
2.01-2.05	0.456		0.645	0.449	1.053	96.7	0.64
2.05-2.09	0.375		0.726	0.369	1.035	96.4	0.526
2.09-2.14	0.351		0.753	0.345	1.142	96.5	0.492
2.14-2.19	0.283		0.825	0.278	1.131	96.4	0.397
2.19-2.25	0.249		0.827	0.245	1.177	96.4	0.349
2.25-2.32	0.203		0.885	0.2	1.04	97	0.285
2.32-2.39	0.179		0.9	0.176	1.133	97.1	0.251
2.39-2.48	0.143		0.947	0.141	1.055	96.9	0.201
2.48-2.58	0.125		0.954	0.123	1.194	97.1	0.176
2.58-2.7	0.095		0.974	0.093	1.006	96.2	0.133
2.7-2.84	0.079		0.98	0.078	1.094	97	0.111
2.84-3.02	0.066		0.988	0.065	1.013	96.8	0.093
3.02-3.25	0.057		0.985	0.056	1.01	96.6	0.08
3.25-3.58	0.048		0.99	0.047	1.072	97.1	0.067
3.58-4.09	0.044		0.99	0.042	0.952	95.3	0.061
4.09-5.16	0.042		0.989	0.041	1.051	95.2	0.059
5.16-50	0.049		0.987	0.049	1.065	98	0.069

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0158	精密化
HKL-2000		データスケーリング
PDB_EXTRACT	3.22	データ抽出
HKL-2000		データスケーリング
HKL-2000		データ削減
MOLREP		位相決定
HKL		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3HPC

3hpc

解像度: 1.9→50.01 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.962 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.953 / SU B: 9.376 / SU ML: 0.118 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.163 / ESU R Free: 0.145 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.22274	1347	4.9 %	RANDOM
R_work	0.18736	-	-	-
obs	0.18912	26308	96.23 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 51.342 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.94 Å²	-0.24 Å²	-0.22 Å²
2-	-	-0.02 Å²	0.31 Å²
3-	-	-	0.95 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 1.9→50.01 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2654	0	0	245	2899

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.014	0.019	2715
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.02	2513
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.587	1.96	3671
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.95	3	5862
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.801	5	324
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	37.966	24.462	130
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	16.09	15	481
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	19.642	15	14
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.087	0.2	411
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.008	0.021	2954
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	540
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.664	2.614	1311
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.664	2.613	1310
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.864	3.894	1630
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.863	3.896	1631
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.488	2.734	1404
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	1.487	2.735	1405
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	2.487	4.003	2042
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	5.24	30.811	3080
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	5.238	30.807	3079
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Rms dev position (Å)
1	1	A	8826	0.09
1	2	C	8826	0.09
2	1	B	934	0.17
2	2	D	934	0.17

LS精密化シェル

解像度: 1.902→1.951 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.3	96	-
R_work	0.289	1807	-
obs	-	-	91.53 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.8461	0.5638	-1.5067	3.9039	0.7186	4.3399	0.0331	-0.3617	-0.1797	0.5305	-0.1063	0.3021	0.0536	-0.2161	0.0732	0.0789	-0.0079	0.0641	0.071	0.0067	0.108	-0.9599	0.0301	0.1713
2	9.2764	0.536	-1.1282	2.5502	0.1802	0.5955	-0.017	-0.1698	0.1678	0.0592	-0.0286	-0.0499	0.0287	0.0051	0.0456	0.1724	-0.004	0.0101	0.1719	0.0208	0.0731	-3.4293	4.4561	14.8108
3	3.1934	-0.2265	1.7846	3.4082	0.8379	5.1149	-0.0573	0.2717	0.0674	-0.6062	-0.141	0.2157	-0.1045	-0.1782	0.1983	0.1649	-0.0052	0.0428	0.0542	-0.0325	0.1464	16.5625	-17.4593	-26.8872
4	14.5931	-1.5147	2.5334	5.3889	-0.4159	3.2004	0.0201	0.6571	-0.4801	-0.0803	-0.019	-0.1376	-0.0474	0.0868	-0.0011	0.2877	0.0187	0.0111	0.2209	-0.0215	0.0798	15.1853	-22.2012	-39.9294

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	28 - 176
2	X-RAY DIFFRACTION	1	A	201 - 320
3	X-RAY DIFFRACTION	2	B	111 - 131
4	X-RAY DIFFRACTION	2	B	201 - 203
5	X-RAY DIFFRACTION	3	C	28 - 176
6	X-RAY DIFFRACTION	3	C	201 - 317
7	X-RAY DIFFRACTION	4	D	111 - 131
8	X-RAY DIFFRACTION	4	D	201 - 205

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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