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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5w3b | ||||||
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タイトル | Crystal structure of mutant CJ YCEI protein (CJ-N182C) with mercuribenzoic acid guest structure | ||||||
要素 | Polyisoprenoid-binding protein | ||||||
キーワード | UNKNOWN FUNCTION / nanotechnology (ナノテクノロジー) / nanoporous | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 Lipid/polyisoprenoid-binding, YceI-like / Lipid/polyisoprenoid-binding, YceI-like / Lipid/polyisoprenoid-binding, YceI-like superfamily / YceI-like domain / YceI-like domain / Lipocalin / Βバレル / Mainly Beta 類似検索 - ドメイン・相同性 | ||||||
生物種 | Campylobacter jejuni (カンピロバクター) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.7 Å | ||||||
データ登録者 | Huber, T.R. / Snow, C.D. | ||||||
引用 | ジャーナル: Bioconjug. Chem. / 年: 2018 タイトル: Installing Guest Molecules at Specific Sites within Scaffold Protein Crystals. 著者: Huber, T.R. / McPherson, E.C. / Keating, C.E. / Snow, C.D. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 5w3b.cif.gz | 51.6 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb5w3b.ent.gz | 34.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 5w3b.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/w3/5w3b ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/w3/5w3b | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 5w17C 5w2dC 5w2kC 5w2rC 5w2vC 5w2xC 5w2zC 5w30C 5w31C 5w32C 5w37SC 5w39C 5w3aC 5w3cC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 20188.832 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 22-190 / 変異: N182C / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Campylobacter jejuni (カンピロバクター) 遺伝子: A0L11_08945, A0M64_02260, A0M70_03345, AD53_02580 プラスミド: pSB3 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): C41(DE3) / 参照: UniProt: Q79JB5, UniProt: Q0PB90*PLUS | ||||
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#2: 化合物 | ChemComp-LFA / | ||||
#3: 化合物 | #4: 化合物 | #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 5.81 Å3/Da / 溶媒含有率: 78.81 % / Mosaicity: 0.13 ° |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6 / 詳細: 3.2 M ammonium sulfate, 0.1 M Bis-Tris |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 4.2.2 / 波長: 1 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: RDI CMOS_8M / 検出器: CMOS / 日付: 2016年12月2日 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | モノクロメーター: Si (111) double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 2.704→38.769 Å / Num. all: 13431 / Num. obs: 13431 / % possible obs: 98.8 % / 冗長度: 18.3 % / Rpim(I) all: 0.025 / Rrim(I) all: 0.112 / Rsym value: 0.109 / Net I/av σ(I): 6.1 / Net I/σ(I): 20.7 / Num. measured all: 245372 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB entry 5W37 解像度: 2.7→38.77 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.953 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.95 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.247 / ESU R Free: 0.207 / 詳細: U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 177.05 Å2 / Biso mean: 71.559 Å2 / Biso min: 43.33 Å2
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精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 2.7→38.77 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.704→2.774 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
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