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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5v5i | |||||||||
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タイトル | OTU protease of Crimean Congo Hemorrhagic Fever Virus bound to ubiquitin variant CC.1 | |||||||||
要素 |
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キーワード | hydrolase (加水分解酵素) / transferase (転移酵素) / Ovarian Tumor Domain protease / deubiquitinase (脱ユビキチン化酵素) / ubiquitin variant | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 RNA-templated viral transcription / negative stranded viral RNA replication / symbiont-mediated suppression of host ISG15-protein conjugation / symbiont-mediated perturbation of host ubiquitin-like protein modification / ubiquitinyl hydrolase 1 / cysteine-type deubiquitinase activity / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; システインプロテアーゼ / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / RNA依存性RNAポリメラーゼ / RNA-dependent RNA polymerase activity ...RNA-templated viral transcription / negative stranded viral RNA replication / symbiont-mediated suppression of host ISG15-protein conjugation / symbiont-mediated perturbation of host ubiquitin-like protein modification / ubiquitinyl hydrolase 1 / cysteine-type deubiquitinase activity / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; システインプロテアーゼ / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / RNA依存性RNAポリメラーゼ / RNA-dependent RNA polymerase activity / nucleotide binding / DNA-templated transcription / symbiont-mediated suppression of host type I interferon-mediated signaling pathway / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Crimean-Congo hemorrhagic fever virus (ウイルス) synthetic construct (人工物) | |||||||||
手法 | X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.201 Å | |||||||||
データ登録者 | Khare, B. / Mark, B.L. | |||||||||
資金援助 | カナダ, 2件
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引用 | ジャーナル: To be published タイトル: OTU protease of Crimean Congo Hemorrhagic Fever Virus bound to ubiquitin variant CC.1 著者: Zhang, W. / Bailey-Elkin, B.A. / Knaap, R.C.M. / Khare, B. / Dalebout, T.J. / Johnson, G.G. / van Kasteren, P.B. / McLeish, N.J. / Gu, J. / He, W. / Kikkert, M. / Mark, B.L. / Sidhu, S.S. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 5v5i.cif.gz | 183.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb5v5i.ent.gz | 153.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 5v5i.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/v5/5v5i ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/v5/5v5i | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 19754.096 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 詳細: NOTE: The active site CYS is oxidized to sulfenic acid 由来: (組換発現) Crimean-Congo hemorrhagic fever virus (strain Nigeria/IbAr10200/1970) (クリミア・コンゴ出血熱) 株: Nigeria/IbAr10200/1970 / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) 参照: UniProt: Q6TQR6, ubiquitinyl hydrolase 1, RNA依存性RNAポリメラーゼ #2: タンパク質 | 分子量: 12060.639 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) synthetic construct (人工物) / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.98 Å3/Da / 溶媒含有率: 37.93 % |
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 詳細: 30% (w/v) PEG6000, 1.0M lithium chloride and 0.1M sodium acetate |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.54 Å |
検出器 | タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2014年10月18日 / 詳細: Osmic VariMax HF |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.54 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.2→43.05 Å / Num. obs: 26471 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 4.9 % / CC1/2: 0.996 / Rmerge(I) obs: 0.107 / Net I/σ(I): 12.2 |
反射 シェル | 解像度: 2.2→2.27 Å / 冗長度: 4.5 % / Rmerge(I) obs: 0.615 / Mean I/σ(I) obs: 2.6 / CC1/2: 0.78 / % possible all: 96.3 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.201→40.167 Å / SU ML: 0.3 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 30.56 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.201→40.167 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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